help/help/html/features/uniprotqueryfields.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>UniProtKB query fields</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>UniProtKB query fields</strong>
  29   </p>
  30   <p>
  31     Supported query fields for searching specific data in UniProtKB (see
  32     also <a href="uniprotsequencefetcher.html#text-search">query
  33       syntax</a>).
  34   </p>
  35
  36 <table border="1" width="95%">
  37 <thead>
  38 <tr>
  39 <th>rest.uniprot.org field</th>
  40 <th>rest.uniprot.org example</th>
  41 <th>Description</th>
  42 </tr>
  43 </thead>
  44 <tbody>
  45 <tr>
  46 <td>accession</td>
  47 <td>accession:P62988</td>
  48 <td>The old behaviour was to list all entries with primary or secondary accession number P62988. The new behaviour will list all primary / canonical isoform accessions P62988. To search over secondary accessions, we have introduced the <code>sec_acc</code> field.</td>
  49 </tr>
  50 <tr>
  51 <td>active</td>
  52 <td>active:false</td>
  53 <td>Lists all obsolete entries.</td>
  54 </tr>
  55 <tr>
  56 <td>Refer to the page: Sequence Annotations</td>
  57 <td></td>
  58 <td>Lists all entries with:<ol><li>any general annotation (comments [CC])</li> <li>any sequence annotation (features [FT])</li><li>at least one amino acid modified with a Pyrrolidone carboxylic acid group</li></ol></td>
  59 </tr>
  60 <tr>
  61 <td>lit_author</td>
  62 <td>lit_author:ashburner</td>
  63 <td>Lists all entries with at least one reference co-authored by Michael Ashburner.</td>
  64 </tr>
  65 <tr>
  66 <td>protein_name</td>
  67 <td>protein_name:CD233</td>
  68 <td>Lists all entries whose cluster of differentiation number is CD233 (see cdlist.txt).</td>
  69 </tr>
  70 <tr>
  71 <td>chebi</td>
  72 <td>chebi:18420</td>
  73 <td>Lists all entries which are associated with the small molecule corresponding to ChEBI identifier 18420, Mg(2+) (see How can I search UniProt for chemical or reaction data?).</td>
  74 </tr>
  75 <tr>
  76 <td>uniprot_id (/uniref), then uniref_cluster_90 (/uniprotkb)</td>
  77 <td><ol><li>uniprot_id:A5YMT3 to find cluster UniRef90_P00395</li><li>uniref_cluster_90:UniRef90_P00395</li></ol></td>
  78 <td>Find all entries in the UniRef 90% identity cluster whose representative sequence is UniProtKB entry A5YMT3 (about UniRef).</td>
  79 </tr>
  80 <tr>
  81 <td>xref<em>count_pdb (or xref_count</em>)</td>
  82 <td>xref_count_pdb:[20 TO *]</td>
  83 <td>Lists all entries with 20 or more cross-references to PDB</td>
  84 </tr>
  85 <tr>
  86 <td>date_created</td>
  87 <td>date_created:[2012-10-01 TO *]</td>
  88 <td>Lists all entries created since October 1st 2012.</td>
  89 </tr>
  90 <tr>
  91 <td>database, xref</td>
  92 <td><ol><li>database:pfam</li><li>xref:pdb-1aut</li></ol></td>
  93 <td>Lists all entries with:<ol><li>a cross-reference to the Pfam database</li><li>a cross-reference to the PDB database entry 1aut</li></ol> (see Databases cross-referenced in UniProtKB and Database mapping)</td>
  94 </tr>
  95 <tr>
  96 <td>ec</td>
  97 <td>ec:3.2.1.23</td>
  98 <td>Lists all beta-galactosidases (Enzyme nomenclature database).</td>
  99 </tr>
 100 <tr>
 101 <td>Refer to the pages: Comments or Sequence Annotations</td>
 102 <td></td>
 103 <td>Lists all entries with: <ol><li>a signal sequence whose positions have been experimentally proven</li> <li>experimentally proven phosphoserine sites</li> <li>a function manually asserted according to rules</li></ol>(see Evidence attribution)</td>
 104 </tr>
 105 <tr>
 106 <td>existence</td>
 107 <td>existence:3</td>
 108 <td>See Protein existence criteria.</td>
 109 </tr>
 110 <tr>
 111 <td>family</td>
 112 <td>family:serpin</td>
 113 <td>Lists all entries belonging to the Serpin family of proteins (Index of protein domains and families).</td>
 114 </tr>
 115 <tr>
 116 <td>fragment</td>
 117 <td>fragment:true</td>
 118 <td>Lists all entries with an incomplete sequence.</td>
 119 </tr>
 120 <tr>
 121 <td>gene</td>
 122 <td>gene:HPSE</td>
 123 <td>Lists all entries for proteins encoded by gene HPSE, but also by HPSE2.</td>
 124 </tr>
 125 <tr>
 126 <td>gene_exact</td>
 127 <td>gene_exact:HPSE</td>
 128 <td>Lists all entries for proteins encoded by gene HPSE, but excluding variations like HPSE2 or HPSE_0.</td>
 129 </tr>
 130 <tr>
 131 <td>go</td>
 132 <td>go:0015629)</td>
 133 <td>Lists all entries associated with the GO term Actin cytoskeleton and any subclasses</td>
 134 </tr>
 135 <tr>
 136 <td>virus_host_name, virus_host_id</td>
 137 <td>virus_host_id:10090</td>
 138 <td>Lists all entries for viruses infecting Mus musculus (Mouse)</td>
 139 </tr>
 140 <tr>
 141 <td>accession_id</td>
 142 <td>accession_id:P00750</td>
 143 <td>Returns the entry with the primary accession number P00750.</td>
 144 </tr>
 145 <tr>
 146 <td>inchikey</td>
 147 <td>inchikey:WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N</td>
 148 <td>Returns entries associated with the small molecule identified by the InChIKey WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N, i.e. D-glucopyranose (see How can I search UniProt for chemical or reaction data?). To get the CHEBI identifier for an Inchikey value, one can now use the advanced search builder.</td>
 149 </tr>
 150 <tr>
 151 <td>protein_name</td>
 152 <td>protein_name:Anakinra</td>
 153 <td>Lists all entries whose protein name includes the "International Nonproprietary Name" is Anakinra.</td>
 154 </tr>
 155 <tr>
 156 <td>interactor</td>
 157 <td>interactor:P00520</td>
 158 <td>Lists all entries describing interactions with the protein described by entry P00520.</td>
 159 </tr>
 160 <tr>
 161 <td>keyword</td>
 162 <td><ol><li>keyword:toxin</li><li>keyword:KW-0800</li></ol></td>
 163 <td><ol><li>Lists all entries associated with a keyword matching "Toxin" in its name or description (UniProtKB Keywords).</li> <li>Lists all entries associated with the UniProtKB keyword Toxin.</li></ol></td>
 164 </tr>
 165 <tr>
 166 <td>length</td>
 167 <td>length:[500 TO 700]</td>
 168 <td>Lists all entries describing sequences of length between 500 and 700 residues.</td>
 169 </tr>
 170 <tr>
 171 <td>mass</td>
 172 <td>mass:[500000 TO *]</td>
 173 <td>Lists all entries describing sequences with a mass of at least 500,000 Da.</td>
 174 </tr>
 175 <tr>
 176 <td>cc_mass_spectrometry</td>
 177 <td>cc_mass_spectrometry:maldi</td>
 178 <td>Lists all entries for proteins identified by: matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI), crystallography (X-Ray). The <code>method</code> field searches names of physico-chemical identification methods in the 'Biophysicochemical properties' subsection of the 'Function' section, the 'Publications' and 'Cross-references' sections.</td>
 179 </tr>
 180 <tr>
 181 <td>date_modified</td>
 182 <td>modified:[2012-01-01 TO 2019-03-01] AND active:true</td>
 183 <td>Lists all active entries that were last modified between January and March 2019.</td>
 184 </tr>
 185 <tr>
 186 <td>protein_name</td>
 187 <td>protein_name:"prion protein"</td>
 188 <td>Lists all entries for prion proteins.</td>
 189 </tr>
 190 <tr>
 191 <td>organelle</td>
 192 <td>organelle:Mitochondrion</td>
 193 <td>Lists all entries for proteins encoded by a gene of the mitochondrial chromosome.</td>
 194 </tr>
 195 <tr>
 196 <td>organism_name, organism_id</td>
 197 <td><ol><li>organism_name:"Ovis aries"</li><li>organism_id:9940</li><li>organism_name:sheep</li></ol></td>
 198 <td>Lists all entries for proteins expressed in sheep (first 2 examples) and organisms whose name contains the term "sheep" (UniProt taxonomy).</td>
 199 </tr>
 200 <tr>
 201 <td>plasmid</td>
 202 <td>plasmid:ColE1</td>
 203 <td>Lists all entries for proteins encoded by a gene of plasmid ColE1 (Controlled vocabulary of plasmids).</td>
 204 </tr>
 205 <tr>
 206 <td>proteome</td>
 207 <td>proteome:UP000005640</td>
 208 <td>Lists all entries from the human proteome.</td>
 209 </tr>
 210 <tr>
 211 <td>proteomecomponent</td>
 212 <td>proteomecomponent:"chromosome 1" AND organism_id:9606</td>
 213 <td>Lists all entries from the human chromosome 1.</td>
 214 </tr>
 215 <tr>
 216 <td>sec_acc</td>
 217 <td>sec_acc:P02023</td>
 218 <td>Lists all entries that were created from a merge with entry P02023 (see FAQ).</td>
 219 </tr>
 220 <tr>
 221 <td>reviewed</td>
 222 <td>reviewed:true</td>
 223 <td>Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries (about UniProtKB).</td>
 224 </tr>
 225 <tr>
 226 <td>scope</td>
 227 <td>scope:mutagenesis</td>
 228 <td>Lists all entries containing a reference that was used to gather information about mutagenesis (Entry view: "Cited for", See 'Publications' section of the user manual).</td>
 229 </tr>
 230 <tr>
 231 <td>sec_acc</td>
 232 <td>sec_acc:P62988</td>
 233 <td>Lists all entries containing a secondary accession P62988.</td>
 234 </tr>
 235 <tr>
 236 <td>sequence</td>
 237 <td>accession:P05067-9 AND is_isoform:true</td>
 238 <td>Lists all entries containing a link to isoform 9 of the sequence described in entry P05067. Allows searching by specific sequence identifier.</td>
 239 </tr>
 240 <tr>
 241 <td>date_sequence_modified</td>
 242 <td><ol><li>date_sequence_modified:[2012-01-01 TO 2012-03-01]</li><li>date_sequence_modified:[2012-01-01 TO 2012-03-01]</li></ol></td>
 243 <td><ol><li>Lists all entries whose sequences were last modified between January and March 2012.</li><li>Lists all UniProtKB/Swiss-Prot entries whose sequences were modified after the start of 2012.</li></ol></td>
 244 </tr>
 245 <tr>
 246 <td>strain</td>
 247 <td>strain:wistar</td>
 248 <td>Lists all entries containing a reference relevant to strain wistar (Lists of strains in reference comments and Taxonomy help: organism strains).</td>
 249 </tr>
 250 <tr>
 251 <td>taxonomy_name, taxonomy_id</td>
 252 <td><ol><li>taxonomy_name:mammal</li><li>taxonomy_id:40674</li></ol></td>
 253 <td>Lists all entries for proteins expressed in Mammals. This field is used to retrieve entries for all organisms classified below a given taxonomic node (taxonomy classification).</td>
 254 </tr>
 255 <tr>
 256 <td>tissue</td>
 257 <td>tissue:liver</td>
 258 <td>Lists all entries containing a reference describing the protein sequence obtained from a clone isolated from liver (Controlled vocabulary of tissues).</td>
 259 </tr>
 260 <tr>
 261 <td>cc_webresource</td>
 262 <td>cc_webresource:wikipedia</td>
 263 <td>Lists all entries for proteins that are described in Wikipedia.</td>
 264 </tr>
 265 </tbody>
 266 </table>
 267
 268
 269 </body>
 270 </html>