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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>PDB Viewing</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Discovering and Viewing PDB and 3D-Beacons structures</strong>
  28   </p>
  29   Jalview can be used to explore the 3D structures of sequences in an
  30   alignment by following the steps below:
  31   <ol>
  32     <li>Select the <strong>"3D Structure Data..."</strong> option
  33       from a sequence's <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
  34         menu</a> to open the <a href="structurechooser.html">Structure
  35         Chooser</a> dialog box.
  36       <ul>
  37         <li>If one or more structures exist in the PDB for the given
  38           sequence, the <a href="structurechooser.html">Structure
  39             Chooser</a> dialog will open with them listed in the results
  40           pane.
  41         </li>
  42         <li>However, if no structure was found, the <a
  43           href="structurechooser.html">Structure Chooser</a> interface
  44           will present options for manual association of PDB structures.
  45         </li>
  46         <li>
  47           Since Jalview 2.11.2 you can also search the 3D-Beacons Network
  48           for structures.  The 3D-Beacons Network acts as a one-stop shop for protein
  49           structures by combining and standardising data from several providers.
  50           See <a href="structurechooser.html#3dbeaconssearch">3D-Beacons Search</a> for
  51           instructions.
  52         </li>
  53       </ul>
  54     </li>
  55     <li><strong>Selecting PDB Structures</strong><br />
  56       If one or more structures have been found from the PDB, you can select
  57       the structures that you want to open and view by selecting them
  58       with the mouse and keyboard.<br />By default, if structures were
  59       discovered, then some will already be selected according to the
  60       criteria shown in the drop-down menu. The default criteria is
  61       'highest resolution', simply choose another to pick structures in
  62       a different way.<br />
  63       <ul>
  64         <li><strong>Viewing Cached Structures</strong><br />If
  65           previously downloaded structures are available for your
  66           sequences, the structure chooser will automatically offer them
  67           via the <strong>Cached Structures</strong> view. If you wish
  68           to download new structures, select one of the PDBe selection
  69           criteria from the drop-down menu.</li>
  70       </ul></li>
  71     <li><strong>To view selected structures, click the <strong>"View"</strong>
  72         button.
  73     </strong><br />
  74       <ul>
  75         <li>Additional structure data will be downloaded with the
  76           EMBL-EBI's dbfetch service</li>
  77         <li><a href="siftsmapping.html">SIFTS</a> records will also
  78           be downloaded for mapping UniProt protein sequence data to PDB
  79           coordinates.</li>
  80         <li>A new structure viewer will open, or you will be
  81           prompted to add structures to existing viewers (see <a
  82           href="#afterviewbutton">below</a> for details).
  83         </li>
  84       </ul></li>
  85   </ol>
  86   <p>
  87     <strong>Structure Viewers in the Jalview Desktop</strong><br /> The
  88     <a href="jmol.html">Jmol viewer</a> has been included since Jalview
  89     2.3. Jalview 2.8.2 included support for <a href="chimera.html">Chimera</a>,
  90     provided it is installed and can be launched by Jalview. ChimeraX and PyMOL
  91     support is included from Jalview 2.11.2. The default
  92     viewer can be configured in the <a href="preferences.html#structure">Structure
  93       tab</a> in the <strong>Tools&rarr;Preferences</strong> dialog box.
  94
  95   <p>
  96     Structure data imported into Jalview can also be processed to
  97     display secondary structure and temperature factor annotation. See
  98     the <a href="xsspannotation.html">Annotation from Structure</a> page
  99     for more information.
 100   </p>
 101   <p>
 102     <strong><a
 103       name="afterviewbutton">Controlling where the new structures
 104         will be shown</a></strong>
 105     <br/>
 106     <img src="schooser_viewbutton.png" />
 107         <br />The Structure Chooser offers several options
 108     for viewing a structure. <br/>
 109     The <strong>Open new structure view</strong> button will open a new
 110     structure viewer for the selected structures, but if there are views
 111     already open, you can select which one to use, and press the <strong>Add</strong>
 112     button. Jalview can automatically superimpose new structures based
 113     on the linked alignments - but if this is not desirable, simple
 114     un-tick the <strong>Superpose Structures</strong> checkbox.
 115
 116   </p>
 117   <p>
 118     <em>Superposing structures</em><br/>Jalview superposes structures using
 119     the visible portions of any associated sequence alignments. A
 120     message in the structure viewer's status bar will be shown if not
 121     enough aligned columns were available to perform a superposition.
 122   </p>
 123   <p>
 124   See the <a href="jmol.html">Jmol
 125     </a> and <a href="chimera.html">Chimera</a> help pages for
 126       more information about their capabilities.</p>
 127
 128
 129   <p>
 130     <strong>Retrieving sequences from the PDB</strong><br>You can
 131     retrieve sequences from the PDB using the <a
 132       href="pdbsequencefetcher.html">Sequence Fetcher</a>. The sequences
 133     retrieved with this service are derived directly from the PDB 3D
 134     structure data, which can be viewed in the same way above. Secondary
 135     structure and temperature factor annotation can also be added. <br />
 136
 137     <br>Jalview will also read PDB files directly - either in PDB
 138     format, or <a href="mmcif.html">mmCIF</a>. Simply load in the file
 139     as you would an alignment file. The sequences of any protein or
 140     nucleotide chains will be extracted from the file and viewed in the
 141     alignment window.
 142   </p>
 143
 144   <p>
 145     <strong>Associating a large number of PDB files to
 146       sequences in an alignment</strong><br /> It is often the case when working
 147     with structure alignments that you will have a directory of PDB
 148     files, and an alignment involving one or more of the structures. If
 149     you drag a number of PDB files onto an alignment in the Jalview
 150     desktop, Jalview will give you the option of associating PDB files
 151     with sequences that have the same filename. This means, for example,
 152     you can automatically associate PDB files with names like '1gaq.pdb'
 153     with sequences that have an ID like '1gaq'. <br /> <em>Note:
 154       This feature was added in Jalview 2.7</em>
 155   </p>
 156   <p>
 157     <em>Note for Jalview applet users:<br> Due to the applet
 158       security constraints, PDB Files can currently only be imported by
 159       cut and paste of the PDB file text into the text box opened by the
 160       'From File' entry of the structure menu.
 161     </em>
 162   </p>
 163
 164   <p>
 165     <strong>Viewing the PDB Residue Numbering</strong><br>
 166     Sequences which have PDB entry or PDB file associations are
 167     annotated with sequence features from a group named with the
 168     associated PDB accession number or file name. Each feature gives the
 169     corresponding PDB Residue Number for each mapped residue in the
 170     sequence. The display of these features is controlled through the <strong>"View&rarr;Sequence
 171       Features"</strong> menu item and the <a href="featuresettings.html">Feature
 172       Settings dialog box</a>.
 173   </p>
 174   <br />
 175   <hr>
 176   <p>
 177     <strong>Switching between mmCIF and PDB format for
 178       downloading files from the PDB</strong><br /> Jalview now employs the <a
 179       href="mmcif.html">mmCIF format</a> for importing 3D structure data
 180     from flat file and EMBL-PDBe web-service, as recommended by the
 181     wwwPDB. If you prefer (for any reason) to download data as PDB files
 182     instead, then first close Jalview, and add the following line to
 183     your .jalview_properties file:<br />
 184     <code> PDB_DOWNLOAD_FORMAT=PDB </code>
 185     <br /> When this setting is configured, Jalview will only request
 186     PDB format files from EMBL-EBI's PDBe.<br /> <em>mmCIF format
 187       file support was added in Jalview 2.10.</em>
 188   </p>
 189
 190   <p>
 191     <em><strong>Outstanding problem with cut'n'pasted
 192         files in Jalview 2.6 and Jalview 2.7</strong><br>Structures imported
 193       via the cut'n'paste dialog box will not be correctly highlighted
 194       or coloured when they are displayed in structure views, especially
 195       if they contain more than one PDB structure. See the bug report at
 196       http://issues.jalview.org/browse/JAL-623 for news on this problem.</em>
 197   </p>
 198
 199 </body>
 200 </html>
 201