help/help/html/index.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Jalview Documentation</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <IMG src="Jalview_Logo.png">
  28   <p>
  29     <strong>Welcome to Jalview's built in documentation.</strong>
  30   </p>
  31   <p>Here are some good places to start:</p>
  32   <ul>
  33     <li><a href="whatsNew.html">What's New</a> summarises the new
  34       features in this release of Jalview.</li>
  35     <li>Learn how to <a href="editing/index.html">edit
  36         alignments</a> with Jalview.
  37     </li>
  38     <li><a href="features/seqfeatures.html">Import and display
  39         sequence features on your alignment</a></li>
  40     <li>Use <a href="features/viewingpdbs.html">Jmol to view
  41         and superpose 3D structures</a> associated with sequences in the
  42       alignment
  43     </li>
  44   </ul>
  45   <p>
  46     For more information, you might also want to take a look at the
  47     documentation section of the Jalview website (<a
  48       href="https://www.jalview.org/about/documentation">https://www.jalview.org/about/documentation</a>).
  49   </p>
  50   <p>
  51     If you are using the Jalview Desktop application and are looking for
  52     something specific, then try the search box (next to the print
  53     icon). If you're already viewing this in your web browser, then
  54     google the online version of these pages. If you don't find what you
  55     are looking for, or want to report a bug or make a feature request,
  56     then get in contact over at <a
  57       href="https://www.jalview.org/community">https://www.jalview.org/community</a>
  58   </p>
  59   <p>
  60     <strong>Logging, troubleshooting and reporting bugs</strong><br />If
  61     something seems to be wrong with your Jalview installation, or you
  62     think you've found a problem, take a look at <a href="logging.html">Jalview's
  63       logging and bug reporting</a> documentation.
  64   </p>
  65   <p>
  66     <strong>Citing Jalview</strong><br />If you use Jalview in your
  67     work, please cite the Jalview 2 paper in Bioinformatics:
  68   </p>
  69   <p>
  70     Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M., Barton,
  71     G.J (2009), <br> &quot;Jalview version 2: A Multiple Sequence
  72     Alignment and Analysis Workbench,&quot;<br> <em>Bioinformatics</em>
  73     <strong>25</strong> (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
  74   </p>
  75   <p>
  76     <strong>The Jalview Authors</strong><br /> The following people
  77     have contributed to Jalview's development:
  78   <ul>
  79     <li>Jalview 1
  80       <ul>
  81         <li>Michele Clamp</li>
  82         <li>James Cuff</li>
  83         <li>Steve Searle</li>
  84         <li>David Martin</li>
  85         <li>Geoff Barton</li>
  86       </ul>
  87     </li>
  88     <li>Jalview 2
  89       <ul>
  90         <li>Jim Procter</li>
  91         <li>Mungo Carstairs</li>
  92         <li>Ben Soares</li>
  93         <li>Kira Mour&atilde;o</li>
  94         <li>Tochukwu 'Charles' Ofoegbu</li>
  95         <li>Andrew Waterhouse</li>
  96         <li>Jan Engelhardt</li>
  97         <li>Lauren Lui</li>
  98         <li>Anne Menard</li>
  99         <li>Natasha Sherstnev</li>
 100         <li>Daniel Barton</li>
 101         <li>David Roldan-Martinez</li>
 102         <li>David Martin</li>
 103         <li>Geoff Barton</li>
 104       </ul>
 105     </li>
 106   </ul>
 107   </p>
 108 </body>
 109 </html>