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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Key Strokes</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Key Strokes</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  31     mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  32     provide short cuts to common commands. In <a
  33       href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  34     <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  35     Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  36     and editing operations.
  37   </p>
  38   <table border="1">
  39     <tr>
  40       <td><strong>Key</strong></td>
  41       <td><strong>Which Mode</strong></td>
  42       <td><strong>Action</strong></td>
  43     </tr>
  44     <!--<tr>
  45 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  46 <td>The Panic button.</td></tr>
  47 <tr> -->
  48     <tr>
  49       <td><strong> Escape</strong></td>
  50       <td>Normal</td>
  51       <td>Clears the current selection region, highlighted columns
  52         and highlghted residues.</td>
  53     </tr>
  54     <tr>
  55       <td><strong>Escape</strong></td>
  56       <td>Cursor</td>
  57       <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered
  58         commands</td>
  59     </tr>
  60     <tr>
  61       <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  62       <td>Both</td>
  63       <td>Show Help Documentation</td>
  64     </tr>
  65     <tr>
  66       <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  67       <td></td>
  68       <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  72       <td>Both</td>
  73       <td>Undoes the last sequence edit</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  77       <td>Both</td>
  78       <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  79     </tr>
  80     <tr>
  81       <td><strong>Cursor Keys<br> (Arrow Keys)
  82       </strong></td>
  83       <td>Cursor</td>
  84       <td>Move cursor around alignment.<br /> Press SHIFT to move
  85         cursor from an aligned region to next gap, or to the next
  86         aligned region when at a gap.
  87       </td>
  88     </tr>
  89     <tr>
  90       <td><strong>Cursor Keys<br> (Arrow Keys)
  91       </strong></td>
  92       <td>Normal<br />
  93       <em>(+Alt in Cursor)</em></td>
  94       <td>Moves selected sequence(s) up, down, left, or right
  95         according to the direction pressed.<br>
  96       <br>
  97       <em>Alt+Arrow key to move selection or sequence under cursor
  98           in cursor mode.</em>
  99       </td>
 100     </tr>
 101     <tr>
 102       <td><strong>Page Up</strong></td>
 103       <td>Both</td>
 104       <td>Scroll up the alignment view</td>
 105     </tr>
 106     <tr>
 107       <td><strong>Page Down</strong></td>
 108       <td>Both</td>
 109       <td>Scroll down the alignment view</td>
 110     </tr>
 111     <tr>
 112       <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 113       <td>Both</td>
 114       <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 115     </tr>
 116     <tr>
 117       <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 118       <td>Both</td>
 119       <td>Invert sequence selection.</td>
 120     </tr>
 121     <tr>
 122       <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 123       <td>Both</td>
 124       <td>Invert column selection.</td>
 125     </tr>
 126     <tr>
 127       <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 128       <td>Both</td>
 129       <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta
 130         format file<br> <em>nb. not available in applet, as no
 131           clipboard is available</em>
 132       </td>
 133     </tr>
 134     <tr>
 135       <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 136       <td>Both</td>
 137       <td>Paste the contents of the clipboard to the current
 138         alignment window. (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this
 139         Alignment)<br> <em>nb. if the paste is from a Jalview
 140           alignment, any sequence and alignment annotations will also be
 141           copied over.</em>
 142       </td>
 143     </tr>
 144     <tr>
 145       <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 146       <td>Both</td>
 147       <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment
 148         window. (Alignment Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 149     </tr>
 150     <tr>
 151       <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 152       <td>Both</td>
 153       <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. <!-- not yet in this version
 154 This will not happen if only some
 155 columns are selected, you should use the <a href="features/hiddenRegions.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 156       </td>
 157     </tr>
 158     <tr>
 159       <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 160       <td>Both</td>
 161       <td>Launches the search window</td>
 162     </tr>
 163     <tr><td><strong>B</strong></td>
 164       <td>Both</td>
 165       <td>Add highlighted columns to current column selection</td>
 166     </tr>
 167     <tr><td><strong>Alt 'B'</strong></td>
 168       <td>Both</td>
 169       <td>Add all but the currently highlighted columns to current selection</td>
 170     </tr>
 171     <tr><td><strong>Control 'B'</strong></td>
 172       <td>Both</td>
 173       <td>Toggle the column selection marks for the currently highlighted
 174           columns (or all others if Alt is also pressed)</td>
 175     </tr>
 176     <tr>
 177       <td><strong>H</strong></td>
 178       <td>Both</td>
 179       <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 180     </tr>
 181     <tr>
 182       <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 183       <td>Both</td>
 184       <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 185     </tr>
 186     <tr>
 187       <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 188       <td>Both</td>
 189       <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 190     </tr>
 191     <tr>
 192       <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 193       <td>Both</td>
 194       <td>Hides everything but the current selection</td>
 195     </tr>
 196     <tr>
 197       <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 198       <td>Both</td>
 199       <td>Input new alignment from file</td>
 200     </tr>
 201     <tr>
 202       <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 203       <td>Both</td>
 204       <td>Save alignment with current filename and format</td>
 205     </tr>
 206     <tr>
 207       <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 208       <td>Both</td>
 209       <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 210     </tr>
 211     <tr>
 212       <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 213       <td>Both</td>
 214       <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 215     </tr>
 216     <tr>
 217       <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 218       <td>Both</td>
 219       <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 220     </tr>
 221     <tr>
 222       <td><strong>Backspace</strong></td>
 223       <td>Normal</td>
 224       <td>Delete the currently selected rows or columns from the
 225         alignment.</td>
 226     </tr>
 227     <tr>
 228       <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 229       <td>Left</td>
 230       <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 231     </tr>
 232     <tr>
 233       <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 234       <td>Both</td>
 235       <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 236     </tr>
 237     <tr>
 238       <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 239       <td>Both</td>
 240       <td>Remove gapped columns</td>
 241     </tr>
 242     <tr>
 243       <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 244       <td>Both</td>
 245       <td>Remove all gaps</td>
 246     </tr>
 247     <tr>
 248       <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 249       <td>Both</td>
 250       <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 251     </tr>
 252     <tr>
 253       <td><strong></strong></td>
 254       <td>Normal</td>
 255       <td></td>
 256     </tr>
 257   </table>
 258   <p>The compound commands available in the Cursor mode are
 259     summarised below. Single letter commands can be prefixed by digits
 260     to specify a repetition number, and some more complex commands take
 261     one or more numeric parameters (prefixing the command key and
 262     separated by commas).</p>
 263   <table border=1>
 264     <tr>
 265       <td><strong>Compound Command</strong></td>
 266       <td>Mode</td>
 267       <td>Action (and parameter description)</td>
 268     </tr>
 269     <tr>
 270       <td><strong>0-9</strong></td>
 271       <td>Cursor</td>
 272       <td>Begin entering a numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>)
 273         or repetition number for a cursor movement or edit command.
 274       </td>
 275     </tr>
 276     <tr>
 277       <td><strong>,</strong></td>
 278       <td>Cursor</td>
 279       <td>Separates one or more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>)
 280         for a command.
 281       </td>
 282     </tr>
 283     <tr>
 284       <td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td>
 285       <td>Cursor</td>
 286       <td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>)
 287         and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br>
 288         <em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th
 289           column in the 6th sequence.</em></td>
 290     </tr>
 291     <tr>
 292       <td><strong><em>p</em>S</strong></td>
 293       <td>Cursor</td>
 294       <td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in
 295         the alignment.
 296       </td>
 297     </tr>
 298     <tr>
 299       <td><strong><em>p</em>P</strong></td>
 300       <td>Cursor</td>
 301       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in
 302         current sequence.
 303       </td>
 304     </tr>
 305     <tr>
 306       <td><strong><em>p</em>C</strong></td>
 307       <td>Cursor</td>
 308       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the
 309         alignment.
 310       </td>
 311     </tr>
 312     <tr>
 313       <td><strong>Q</strong></td>
 314       <td>Cursor</td>
 315       <td>Marks the top left corner of the selection area</td>
 316     </tr>
 317     <tr>
 318       <td><strong>M</strong></td>
 319       <td>Cursor</td>
 320       <td>Marks the bottom right corner of the selection area</td>
 321     </tr>
 322     <tr>
 323       <td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td>
 324       <td>Cursor</td>
 325       <td>Inserts one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 326         gaps at the current position.<br> <em>Hold down
 327           Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 328     </tr>
 329     <tr>
 330       <td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td>
 331       <td>Cursor</td>
 332       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 333         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 334           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 335     </tr>
 336     <tr>
 337       <td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td>
 338       <td>Cursor</td>
 339       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 340         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 341           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 342     </tr>
 343   </table>
 344   <p>&nbsp;</p>
 345   <p>&nbsp;</p>
 346 </body>
 347 </html>