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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Key Strokes</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Key Strokes</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview has two distinct modes of keyboard operation - in 'Normal'
  31     mode, single keystrokes (including those shown next to menu items)
  32     provide short cuts to common commands. In <a
  33       href="features/cursorMode.html">'Cursor'</a> mode (enabled by
  34     <em>F2</em>), some of these are disabled and more complex 'Compound
  35     Keystrokes' can be entered to perform precise navigation, selection
  36     and editing operations.
  37   </p>
  38   <table border="1">
  39     <tr>
  40       <td><strong>Key</strong></td>
  41       <td><strong>Which Mode</strong></td>
  42       <td><strong>Action</strong></td>
  43     </tr>
  44     <!--<tr>
  45 <td><strong>Escape</strong></td><td>Both</td>
  46 <td>The Panic button.</td></tr>
  47 <tr> -->
  48     <tr>
  49       <td><strong> Escape</strong></td>
  50       <td>Normal</td>
  51       <td>Clears the current selection region, highlighted columns
  52         and highlghted residues.</td>
  53     </tr>
  54     <tr>
  55       <td><strong>Escape</strong></td>
  56       <td>Cursor</td>
  57       <td>As in normal mode, but also cancels any partially entered
  58         commands</td>
  59     </tr>
  60     <tr>
  61       <td><strong><em>F1</em></strong></td>
  62       <td>Both</td>
  63       <td>Show Help Documentation</td>
  64     </tr>
  65     <tr>
  66       <td><strong><em>F2</em></strong></td>
  67       <td></td>
  68       <td>Toggle Cursor mode on / off</td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td><strong>Control 'Z'</strong></td>
  72       <td>Both</td>
  73       <td>Undoes the last sequence edit</td>
  74     </tr>
  75     <tr>
  76       <td><strong>Control 'Y'</strong></td>
  77       <td>Both</td>
  78       <td>Redo the last sequence edit undone.</td>
  79     </tr>
  80     <tr>
  81       <td><strong>Up Arrow</strong></td>
  82       <td>Normal</td>
  83       <td>Moves selected sequence(s) up the alignment</td>
  84     </tr>
  85     <tr>
  86       <td><strong>Down Arrow</strong></td>
  87       <td>Normal</td>
  88       <td>Moves selected sequence(s) down the alignment.</td>
  89     </tr>
  90     <tr>
  91       <td><strong>Left Arrow</strong></td>
  92       <td>Normal</td>
  93       <td>Slides selected sequence(s) left. Press Alt key to slide
  94         in cursor mode</td>
  95     </tr>
  96     <tr>
  97       <td><strong>Right Arrow</strong></td>
  98       <td>Normal</td>
  99       <td>Slides selected sequence(s) right. Press Alt key to slide
 100         in cursor mode</td>
 101     </tr>
 102     <tr>
 103       <td><strong>Cursor Keys<br> (Arrow Keys)
 104       </strong></td>
 105       <td>Cursor</td>
 106       <td>Move cursor around alignment</td>
 107     </tr>
 108     <tr>
 109       <td><strong>Page Up</strong></td>
 110       <td>Both</td>
 111       <td>Scroll up the alignment view</td>
 112     </tr>
 113     <tr>
 114       <td><strong>Page Down</strong></td>
 115       <td>Both</td>
 116       <td>Scroll down the alignment view</td>
 117     </tr>
 118     <tr>
 119       <td><strong>Control 'A'</strong></td>
 120       <td>Both</td>
 121       <td>Selects all sequences in the alignment</td>
 122     </tr>
 123     <tr>
 124       <td><strong>Control 'I'</strong></td>
 125       <td>Both</td>
 126       <td>Invert sequence selection.</td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td><strong>Control Alt 'I'</strong></td>
 130       <td>Both</td>
 131       <td>Invert column selection.</td>
 132     </tr>
 133     <tr>
 134       <td><strong>Control 'C'</strong></td>
 135       <td>Both</td>
 136       <td>Copies the selected region into the clipboard as a Fasta
 137         format file<br> <em>nb. not available in applet, as no
 138           clipboard is available</em>
 139       </td>
 140     </tr>
 141     <tr>
 142       <td><strong>Control 'V'</strong></td>
 143       <td>Both</td>
 144       <td>Paste the contents of the clipboard to the current
 145         alignment window. (Alignment Window->Edit->Paste->Add to this
 146         Alignment)<br> <em>nb. if the paste is from a Jalview
 147           alignment, any sequence and alignment annotations will also be
 148           copied over.</em>
 149       </td>
 150     </tr>
 151     <tr>
 152       <td><strong>Control Shift 'V'</strong></td>
 153       <td>Both</td>
 154       <td>Paste the contents of the clipboard to a new alignment
 155         window. (Alignment Window->Edit->Paste->To New Alignment)</td>
 156     </tr>
 157     <tr>
 158       <td><strong>Control 'X'</strong></td>
 159       <td>Both</td>
 160       <td>Cuts the (fully) selected sequences from the alignment. <!-- not yet in this version
 161 This will not happen if only some
 162 columns are selected, you should use the <a href="features/hiddenRegions.html">Hide Regions feature</a> instead.-->
 163       </td>
 164     </tr>
 165     <tr>
 166       <td><strong>Control 'F'</strong></td>
 167       <td>Both</td>
 168       <td>Launches the search window</td>
 169     </tr>
 170     <tr><td><strong>B</strong></td>
 171       <td>Both</td>
 172       <td>Add highlighted columns to current column selection</td>
 173     </tr>
 174     <tr><td><strong>Alt 'B'</strong></td>
 175       <td>Both</td>
 176       <td>Add all but the currently highlighted columns to current selection</td>
 177     </tr>
 178     <tr><td><strong>Control 'B'</strong></td>
 179       <td>Both</td>
 180       <td>Toggle the column selection marks for the currently highlighted
 181           columns (or all others if Alt is also pressed)</td>
 182     </tr>
 183     <tr>
 184       <td><strong>H</strong></td>
 185       <td>Both</td>
 186       <td>Hides / Reveals selected columns and sequences</td>
 187     </tr>
 188     <tr>
 189       <td><strong>Control 'H'</strong></td>
 190       <td>Both</td>
 191       <td>Hides / Reveals selected columns</td>
 192     </tr>
 193     <tr>
 194       <td><strong>Shift 'H'</strong></td>
 195       <td>Both</td>
 196       <td>Hides / Reveals selected sequences</td>
 197     </tr>
 198     <tr>
 199       <td><strong>Control + Shift 'H'</strong></td>
 200       <td>Both</td>
 201       <td>Hides everything but the current selection</td>
 202     </tr>
 203     <tr>
 204       <td><strong>Control 'O'</strong></td>
 205       <td>Both</td>
 206       <td>Input new alignment from file</td>
 207     </tr>
 208     <tr>
 209       <td><strong>Control 'S'</strong></td>
 210       <td>Both</td>
 211       <td>Save alignment with current filename and format</td>
 212     </tr>
 213     <tr>
 214       <td><strong>Control Shift 'S'</strong></td>
 215       <td>Both</td>
 216       <td>Save alignment as a new file or with a different format</td>
 217     </tr>
 218     <tr>
 219       <td><strong>Control 'P'</strong></td>
 220       <td>Both</td>
 221       <td>Opens the print dialog box to print the current view</td>
 222     </tr>
 223     <tr>
 224       <td><strong>Control 'W'</strong></td>
 225       <td>Both</td>
 226       <td>Closes the current view or the current alignment</td>
 227     </tr>
 228     <tr>
 229       <td><strong>Backspace</strong></td>
 230       <td>Normal</td>
 231       <td>Delete the currently selected rows or columns from the
 232         alignment.</td>
 233     </tr>
 234     <tr>
 235       <td><strong>Control 'L'</strong></td>
 236       <td>Left</td>
 237       <td>Remove columns to left of left-most column marker.</td>
 238     </tr>
 239     <tr>
 240       <td><strong>Control 'R'</strong></td>
 241       <td>Both</td>
 242       <td>Remove columns to right of right-most column marker.</td>
 243     </tr>
 244     <tr>
 245       <td><strong>Control 'E'</strong></td>
 246       <td>Both</td>
 247       <td>Remove gapped columns</td>
 248     </tr>
 249     <tr>
 250       <td><strong>Control Shift 'E'</strong></td>
 251       <td>Both</td>
 252       <td>Remove all gaps</td>
 253     </tr>
 254     <tr>
 255       <td><strong>Control 'D'</strong></td>
 256       <td>Both</td>
 257       <td>Open the 'Remove redundancy' Dialog box.</td>
 258     </tr>
 259     <tr>
 260       <td><strong></strong></td>
 261       <td>Normal</td>
 262       <td></td>
 263     </tr>
 264   </table>
 265   <p>The compound commands available in the Cursor mode are
 266     summarised below. Single letter commands can be prefixed by digits
 267     to specify a repetition number, and some more complex commands take
 268     one or more numeric parameters (prefixing the command key and
 269     separated by commas).</p>
 270   <table border=1>
 271     <tr>
 272       <td><strong>Compound Command</strong></td>
 273       <td>Mode</td>
 274       <td>Action (and parameter description)</td>
 275     </tr>
 276     <tr>
 277       <td><strong>0-9</strong></td>
 278       <td>Cursor</td>
 279       <td>Begin entering a numeric parameter (<strong><em>p</em></strong>)
 280         or repetition number for a cursor movement or edit command.
 281       </td>
 282     </tr>
 283     <tr>
 284       <td><strong>,</strong></td>
 285       <td>Cursor</td>
 286       <td>Separates one or more numeric parameters (<em>e.g. <strong>p1</strong>,<strong>p2</strong></em>)
 287         for a command.
 288       </td>
 289     </tr>
 290     <tr>
 291       <td><strong><strong><em>p1</em></strong>,<strong><em>p2</em></strong><br>Return</strong></td>
 292       <td>Cursor</td>
 293       <td>Move cursor to a particular column (<strong><em>p1</em></strong>)
 294         and row (<strong><em>p2</em></strong>) in the alignment.<br>
 295         <em>e.g. '5,6&lt;Return&gt;' moves the cursor to the 5th
 296           column in the 6th sequence.</em></td>
 297     </tr>
 298     <tr>
 299       <td><strong><em>p</em>S</strong></td>
 300       <td>Cursor</td>
 301       <td>Jump to the <strong><em>p</em></strong>'th sequence in
 302         the alignment.
 303       </td>
 304     </tr>
 305     <tr>
 306       <td><strong><em>p</em>P</strong></td>
 307       <td>Cursor</td>
 308       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th amino acid in
 309         current sequence.
 310       </td>
 311     </tr>
 312     <tr>
 313       <td><strong><em>p</em>C</strong></td>
 314       <td>Cursor</td>
 315       <td>Jump to <em><strong>p</strong></em>'th column in the
 316         alignment.
 317       </td>
 318     </tr>
 319     <tr>
 320       <td><strong>Q</strong></td>
 321       <td>Cursor</td>
 322       <td>Marks the top left corner of the selection area</td>
 323     </tr>
 324     <tr>
 325       <td><strong>M</strong></td>
 326       <td>Cursor</td>
 327       <td>Marks the bottom right corner of the selection area</td>
 328     </tr>
 329     <tr>
 330       <td><strong><em>[p]</em><br>Space</strong></td>
 331       <td>Cursor</td>
 332       <td>Inserts one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 333         gaps at the current position.<br> <em>Hold down
 334           Control or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 335     </tr>
 336     <tr>
 337       <td><strong><em>[p]</em><br>Delete<br></strong></td>
 338       <td>Cursor</td>
 339       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 340         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 341           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 342     </tr>
 343     <tr>
 344       <td><strong><em>[p]</em><br>Backspace<br></strong></td>
 345       <td>Cursor</td>
 346       <td>Removes one (or optionally <strong><em>p</em></strong>)
 347         gaps at the cursor position.<br> <em>Hold down Control
 348           or Shift to insert gaps over a sequence group</em></td>
 349     </tr>
 350   </table>
 351   <p>&nbsp;</p>
 352   <p>&nbsp;</p>
 353 </body>
 354 </html>