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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Window Menus</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Alignment Window Colour Menu</strong>
29   </p>
30   <ul>
31     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
32     </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
33         colour will be applied to all currently defined groups.<br>
34     </em></li>
35     <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
36           Text ...</a></strong><em><br> Opens the Colour Text dialog box to
37         set a different text colour for light and dark background, and
38         the intensity threshold for transition between them. </em></li>
39     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
40         Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,
41         Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn
42         Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User
43         Defined<br>
44     </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
45         a description of all colour schemes.
46     </em><br>
47     </li>
48     <li><strong>Sequence ID<br></strong><em>Shades
49         sequences using their Sequence ID colour. Useful when performing
50         <a href="../calculations/treeviewer.html#partitioning">tree
51           based subfamily analysis</a>.
52     </em></li>
53     <li><strong>By Conservation<br>
54     </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
55           by Conservation</a>.
56     </em><br></li>
57     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
58     </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider
59         window. Useful if the window has been closed, or if the 'by
60         conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>
61     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
62     </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
63           Percentage Identity</a></em><strong>.<br>
64     </strong></li>
65     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
66     </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
67         Identity. Useful if the window has been closed.<br>
68     </em></li>
69     <li><strong>By Annotation</strong><br> <em>Colours
70         the alignment on a per-column value from a specified annotation.
71         See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
72           Colouring</a>.
73     </em><br></li>
74     <li><strong>By RNA Helices</strong><br> <em>Colours
75         the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file.
76         See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA
77           Helices Colouring</a>.
78     </em><br></li>
79   </ul>
80 </body>
81 </html>