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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Web Service Menu</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu is
29       dynamic, and may contain user-defined web service entries in
30       addition to any of the following ones:</em>
31   <ul>
32     <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This submenu
33                                 contains options for accessing any of the database services that
34                                 Jalview is aware of (e.g services provided by the EBI) to verify
35                                 sequence start/end positions and retrieve all database cross
36                                 references and PDB ids associated with all or just the selected
37                                 sequences in the alignment.
38                                 <ul>
39           <li>'Retrieve full Sequence' - when checked, Jalview will
40             retrieve the full sequence for any accessions associated
41             with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
42               This could cause out of memory errors when working with
43               genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
44               in Jalview 2.8.1</strong>
45           </li>
46           <li>'Standard Databases' will check sequences against the
47             EBI databases</li>
48         </ul> Other submenus allow you to pick a specific source to query -
49         sources are listed alphabetically according to their nickname.
50     </em></li>
51   </ul>
52   <p>Selecting items from the following submenus will start a remote
53     service on compute facilities at the University of Dundee, or
54     elsewhere. You need a continuous network connection in order to use
55     these services through Jalview.</p>
56   <ul>
57     <li><strong>Alignment</strong><br /> <em> Align the
58         currently selected sequences or all sequences in the alignment,
59         or re-align unaligned sequences to the aligned sequences.
60         Entries in this menu provide access to the various alignment
61         programs supported by <a href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>.
62         See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple
63           Sequence Alignment webservice client</a> entry for more
64         information.
65     </em></li>
66     <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
67       <ul>
68         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
69           <em>Secondary structure prediction by network consensus.
70             See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred</a> client
71             entry for more information. The behaviour of this
72             calculation depends on the current selection:
73             <ul>
74               <li>If nothing is selected, and the displayed
75                 sequences appear to be aligned, then a JPred prediction
76                 will be run for the first sequence in the alignment,
77                 using the current alignment. Otherwise the first
78                 sequence will be submitted for prediction.</li>
79               <li>If just one sequence (or a region on one
80                 sequence) has been selected, it will be submitted to the
81                 automatic JPred prediction server for homolog detection
82                 and prediction.</li>
83               <li>If a set of sequences are selected, and they
84                 appear to be aligned, then the alignment will be used
85                 for a JPred prediction on the <strong>first</strong>
86                 sequence in the set (that is, the one that appears first
87                 in the alignment window).
88               </li>
89             </ul>
90         </em>
91       </ul></li>
92     <li><strong>Analysis</strong><br />
93       <ul>
94         <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
95             functional residue analysis on a protein family alignment
96             with sub-families defined on it. See the <a
97             href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony
98               service</a> entry for more information.
99         </em></li>
100       </ul></li>
101   </ul>
102 </body>
103 </html>