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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>14/05/2019 (final due date !)</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-3141 -->Optional automatic backups when saving
  69             Jalview project or alignment files</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis and
  72             Viewer state is saved in Jalview Project<br />The 'Change
  73             parameters' option has also been removed from the PCA viewer</li>
  74           <li>
  75             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' (subgroup) option</li>
  76           <li>
  77             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables supported for
  78             'Translate as cDNA'</li>
  79           <li>
  80             <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each view</li>
  81           <li>
  82             <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
  83             multiple groups when working with large alignments</li>
  84           <li>
  85             <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when
  86             parsing stockholm files</li>
  87           <li>
  88             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  89           <li>
  90             <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  91             shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  92             attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  93             column 9 of GFF file)</li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide sequences</li>
  96           <li>
  97             <!-- JAL-2792 -->Popup report of a selected sequence feature's details</li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
 100             algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)</li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now by default shows
 103             only visible region of alignment (this can be changed in
 104             user preferences)</li>
 105           <li>
 106             <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after Cancel overwrite</li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when
 109           all sequences are hidden</li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a selection
 112           region, and gap count when inserting or deleting gaps</li>
 113           <li>
 114             <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation labels</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-3093 -->Show annotation tooltips and popup menus in wrapped mode</li>
 117           <li>
 118             <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in annotations</li>
 119           <li>
 120             <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings dialog</li>
 121           <li>
 122             <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels</li>
 123           <li>
 124             <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview panel</li>
 125           <li>
 126             <!-- JAL-3203  -->Overview panel default changed to not show hidden regions</li>
 127           <li>
 128             <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id popup menu</li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 131           <li>
 132             <!-- JAL-3218 -->Scale panel popup menu allows Hide selected columns adjacent
 133             to a hidden column marker</li>
 134           <li>
 135             <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image incrementally</li>
 136           <li>
 137             <!-- JAL-2965 -->PCA depth cueing with graduated colours</li>
 138         </ul>
 139         <em>Deprecations</em>
 140         <ul>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 143             capabilities removed from the Jalview Desktop
 144           </li>
 145         </ul>
 146         <em>Release Processes</em>
 147         <ul>
 148           <li>
 149           Atlassian Bamboo continuous integration server for
 150             unattended Test Suite execution</li>
 151           <li>
 152             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 153             operations</li>
 154           <li>
 155             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (new updatable NCList
 156             implementation) used for Sequence Feature collections</li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 159             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 160             and XML based data retrieval clients</li>
 161         </ul>
 162       </td>
 163     <td align="left" valign="top">
 164         <ul>
 165           <li>
 166             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 167           <li>
 168             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 169           <li>
 170             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 171           <li>
 172             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 173             Jalview project involving multiple views</li>
 174           <li>
 175             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 176             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 177             Annotation dialog hides columns</li>
 178           <li>
 179             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 180             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 181             selection in one view, then making another selection in the
 182             other view</li>
 183           <li>
 184             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 187             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 188           <li>
 189             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 190             or the overview updates with large alignments</li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 193             region if columns were selected by dragging right-to-left
 194             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 197             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 200             on export as Jalview features file</li>
 201           <li>
 202             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 203             printed when columns are hidden</li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 206           <li>
 207             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 208             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 209           <li>
 210             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 213           <li>
 214             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 215           <li>
 216             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 217           <li>
 218             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 221           <li>
 222             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 223             opening an alignment</li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 226           <li>
 227             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 228             different groups in the alignment are selected</li>
 229           <li>
 230             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 233           <li>
 234             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 237           <li>
 238             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 241           <li>
 242             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 251         </ul>
 252         <em>Editing</em>
 253         <ul>
 254           <li>
 255             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 256             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 257             via 'Edit' sequence</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 260             sequence features correctly when start of sequence is
 261             removed (Known defect since 2.10)</li>
 262         </ul>
 263         <em>New Known Defects</em>
 264         <ul>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 267           <li>
 268             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped columns within hidden columns</li>
 271         </ul>
 272       </td>
 273     </tr>
 274     <tr>
 275     <td width="60" nowrap>
 276       <div align="center">
 277         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 278       </div>
 279     </td>
 280     <td><div align="left">
 281         <em></em>
 282         <ul>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 285               InstallAnywhere increased to 1G.
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 289               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 290               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 291                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 292                 properties file.</em>
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 296               API and sequence data now imported as JSON.
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 300               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 301               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 302               property.
 303             </li>
 304           </ul>
 305           <em>Development</em>
 306           <ul>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 309               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 310                 Clover</a>
 311             </li>
 312           </ul>
 313         </div></td>
 314     <td><div align="left">
 315         <em></em>
 316         <ul>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 319               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 320               alignment.
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 324               annotation displayed.
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 328               for newly created group when 'Apply to all groups'
 329               selected
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 333               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 334               visible.
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 338               when sequences are selected in exported view.</em>
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 342               aren't rendered with correct colour.
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 346               types of knotted RNA secondary structure.
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 350               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 351               do not start at 1.
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 355               annotation when columns are inserted into an alignment,
 356               and when exporting as Stockholm flatfile.
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 360               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 361               treated as RNA secondary structure.
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 365               (not .jar) when saving a jalview project file.
 366             </li>
 367             <li>
 368               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 369               transfers focus to previous window on OSX
 370             </li>
 371           </ul>
 372           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 373           <ul>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 376               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 377               box.
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 381               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 382               'look and feel' which has improved compatibility with the
 383               latest version of OSX.
 384             </li>
 385           </ul>
 386         </div>
 387     </td>
 388     </tr>
 389     <tr>
 390       <td width="60" nowrap>
 391         <div align="center">
 392           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 393             <em>7/06/2018</em></strong>
 394         </div>
 395       </td>
 396       <td><div align="left">
 397           <em></em>
 398           <ul>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 401               annotation retrieved from Uniprot
 402             </li>
 403             <li>
 404               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 405               onto the Jalview Desktop
 406             </li>
 407           </ul>
 408         </div></td>
 409       <td><div align="left">
 410           <em></em>
 411           <ul>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 414               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 418               right-hand column parsed correctly
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 422               not alignment area in exported graphic
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 426               window has input focus
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 430               annotation added to view (Windows)
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 434               network connectivity is poor
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 438               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 439                 the currently open URL and links from a page viewed in
 440                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 441                 you are using Edge, only links in the page can be
 442                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 443                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 444             </li>
 445           </ul>
 446         </div></td>
 447     </tr>
 448     <tr>
 449       <td width="60" nowrap>
 450         <div align="center">
 451           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 452         </div>
 453       </td>
 454       <td><div align="left">
 455           <em></em>
 456           <ul>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 459               for disabling automatic superposition of multiple
 460               structures and open structures in existing views
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 464               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 465               adjust them.
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 469               Ensembl services
 470             </li>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 473               and lots of hidden columns
 474             </li>
 475             <li>
 476               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 477               of features (particularly when transparency is disabled)
 478             </li>
 479           </ul>
 480           </div>
 481       </td>
 482       <td><div align="left">
 483           <ul>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 486               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 490               overlapping alignment panel
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 494               sequence as gaps
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 498               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 499               UTR
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 503               factor annotation not added to sequence when local PDB
 504               file associated with it by drag'n'drop or structure
 505               chooser
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 509               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 513               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 517               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 521               columns in annotation row
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 525               honored in batch mode
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 529               for structures added to existing Jmol view
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 533               entries after importing project with multiple views
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 537               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 538               with negative residue numbers or missing residues fails
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 542               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 543               as generated by CONSURF)
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 547               tooltip doesn't include a text description of mutation
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 551               structure and/or overview windows are also shown
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 555               very slow for alignments with large numbers of sequences
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 559               with 'StringIndexOutOfBounds'
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 563               platforms running Java 10
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 567               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 568             </li>
 569           </ul>
 570           <em>Applet</em>
 571           <ul>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 574               should copy the group consensus when popup is opened on it
 575             </li>
 576           </ul>
 577           <em>Batch Mode</em>
 578           <ul>
 579           <li>
 580             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 581           </li>
 582           </ul>
 583           <em>New Known Defects</em>
 584           <ul>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 587               editing a large alignment and overview is displayed
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 591               repeatedly after a series of edits even when the overview
 592               is no longer reflecting updates
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 596               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 597               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 598               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 599             </li>
 600           </ul>
 601         </div>
 602           </td>
 603     </tr>
 604     <tr>
 605       <td width="60" nowrap>
 606         <div align="center">
 607           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 608         </div>
 609       </td>
 610       <td><div align="left">
 611           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 612               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 613       <td><div align="left">
 614           <em>Desktop</em><ul>
 615           <ul>
 616             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 617             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 618             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 619             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 620             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 621             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 622             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 623           </ul>
 624           </div>
 625       </td>
 626     </tr>
 627     <tr>
 628       <td width="60" nowrap>
 629         <div align="center">
 630           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 631         </div>
 632       </td>
 633       <td><div align="left">
 634           <em></em>
 635           <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 638               rendering of sequence features
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 642               429 rate limit request hander
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 646               their colours have changed
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 650               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 654               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 658               view from Ensembl locus cross-references
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 662               Alignment report
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 666               feature can be disabled
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 670               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 674               Uniprot
 675             </li>
 676           </ul>
 677           <em>Scripting</em>
 678           <ul>
 679             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 680             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 681               percent identity scores for current alignment.</li>
 682           </ul>
 683           <em>Testing and Deployment</em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 687             </li>
 688           </ul>
 689         </div></td>
 690       <td><div align="left">
 691           <em>General</em>
 692           <ul>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 695               threshold text field doesn't trigger an update to the
 696               alignment view
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 700               strings in parallel
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 704               alignment window is closed
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 708               group visibility
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 712               takes a long time in Cursor mode
 713             </li>
 714           </ul>
 715           <em>Desktop</em>
 716           <ul>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 719               cannot be viewed in Chimera
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 723               CDS/Protein view
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 727               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 728               Search Dialogs
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 738               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 742               scrolling right in unwapped alignment view
 743             </li>
 744             <li>
 745               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 746               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 747               database
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 751               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 755               features of same type and group to be selected for
 756               amending
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 760               alignments when hidden columns are present
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 764               displaying several structures
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 768               moving a window
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 772               within the Jalview desktop on OSX
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 776               when in wrapped alignment mode
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 780               hand end of alignment
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 784               each selected sequence do not have correct start/end
 785               positions
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 789               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 793               restoring project until a new view is created
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 797               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 798               configured (since 2.10.2b2)
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 802               position is adjusted
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 806               in a multi-chain structure when viewing alignment
 807               involving more than one chain (since 2.10)
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 811               if new selection moves alignment window
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 815               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 819               that produces correctly annotated transcripts and products
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 823               doesn't update associated structure view
 824             </li>
 825           </ul>
 826           <em>Applet</em><br />
 827           <ul>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 830               closing alignment panel
 831             </li>
 832           </ul>
 833           <em>BioJSON</em><br />
 834           <ul>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 837               non-positional features
 838             </li>
 839           </ul>
 840           <em>New Known Issues</em>
 841           <ul>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 844               sequence features correctly (for many previous versions of
 845               Jalview)
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 849               using cursor in wrapped panel other than top
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 853               graduated colour threshold
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 857               always preserve numbering and sequence features
 858             </li>
 859           </ul>
 860           <em>Known Java 9 Issues</em>
 861           <ul>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 864               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 865               9.01, OSX 10.10)
 866             </li>
 867           </ul>
 868         </div></td>
 869     </tr>
 870     <tr>
 871       <td width="60" nowrap>
 872         <div align="center">
 873           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 874             <em>2/10/2017</em></strong>
 875         </div>
 876       </td>
 877       <td><div align="left">
 878           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 879           <ul>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 882             </li>
 883             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 884             </li>
 885           </ul>
 886         </div></td>
 887       <td><div align="left">
 888         </div></td>
 889     </tr>
 890     <tr>
 891       <td width="60" nowrap>
 892         <div align="center">
 893           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 894             <em>7/9/2017</em></strong>
 895         </div>
 896       </td>
 897       <td><div align="left">
 898           <em></em>
 899           <ul>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 902               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 903               white)
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 907               Preferences
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 911               in size and progress bar shown as higher resolution
 912               overview is recalculated
 913             </li>
 914
 915           </ul>
 916         </div></td>
 917       <td><div align="left">
 918           <em></em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 922               column region row by row
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 926               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 930               format setting is unticked
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 934               if group has show boxes format setting unticked
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 938               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 939               include sequences and columns not currently displayed
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 943               assemblies are imported via CIF file
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 947               displayed when threshold or conservation colouring is also
 948               enabled.
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 952               server version
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 956               dragging a selected region off the visible region of the
 957               alignment
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 961               colourscheme to all groups in a view
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 965               initially after font size change using the Font chooser or
 966               middle-mouse zoom
 967             </li>
 968           </ul>
 969         </div></td>
 970     </tr>
 971     <tr>
 972       <td width="60" nowrap>
 973         <div align="center">
 974           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 975         </div>
 976       </td>
 977       <td><div align="left">
 978           <em>Calculations</em>
 979           <ul>
 980
 981             <li>
 982               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 983               ungapped positions in each column of the alignment.
 984             </li>
 985             <li>
 986               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 987               a calculation dialog box
 988             </li>
 989             <li>
 990               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 991               and memory efficiency (~30x faster)
 992             </li>
 993             <li>
 994               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 995               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 996               and other calculations
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1000               files within the Jalview codebase
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1004               Similarity may have different topology due to increased
1005               precision
1006             </li>
1007           </ul>
1008           <em>Rendering</em>
1009           <ul>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1012               model for alignments and groups
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1016               scripts
1017             </li>
1018           </ul>
1019           <em>Overview</em>
1020           <ul>
1021             <li>
1022               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1023               with alignment and overview windows
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1027               overview
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1031               omitted in Overview
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1035               adjustment of visible position
1036             </li>
1037           </ul>
1038
1039           <em>Data import/export</em>
1040           <ul>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1043               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1047               annotation input/output via stockholm flatfile
1048             </li>
1049             <li>
1050               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1051               extension when importing structure files without embedded
1052               names or PDB accessions
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1056               format sequence substitution matrices
1057             </li>
1058           </ul>
1059           <em>User Interface</em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1063               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1064               the application.
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1068               via Overview or sequence motif search operations
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1072               opened by double clicking gaps within sequence feature
1073               extent
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1077               aligned positions were available to create a 3D structure
1078               superposition.
1079             </li>
1080           </ul>
1081           <em>3D Structure</em>
1082           <ul>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1085               coloured in linked structure views
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1089               file-based command exchange
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1093               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1094               structures are already available for sequences
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1098               the Jalview project rather than downloaded again when the
1099               project is reopened.
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1103               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1104               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1105                 Feature</strong>)
1106             </li>
1107           </ul>
1108           <em>Web Services</em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1112             </li>
1113             <li>
1114               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1115               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1116               Analysis services
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1120               cross-references provided by identifiers.org and the
1121               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1122             </li>
1123           </ul>
1124
1125           <em>Scripting</em>
1126           <ul>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1129               identifying file formats (instead of String constants)
1130             </li>
1131             <li>
1132               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1133               efficiency when counting all displayed features (not
1134               backwards compatible with 2.10.1)
1135             </li>
1136           </ul>
1137           <em>Example files</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1141               included in the example feature file
1142             </li>
1143           </ul>
1144           <em>Documentation</em>
1145           <ul>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1148               with the built-in Java help viewer
1149             </li>
1150             <li>
1151               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1152               sequence description' option
1153             </li>
1154           </ul>
1155           <em>Test Suite</em>
1156           <ul>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1159               Uniprot REST Free Text Search Client
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1166               during tests
1167             </li>
1168           </ul>
1169         </div></td>
1170       <td><div align="left">
1171           <em>Calculations</em>
1172           <ul>
1173             <li>
1174               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1175               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1176               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1177             </li>
1178             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1179               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1180               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1181               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1182               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1183               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1184               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1185               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1186               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1187               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1188               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1189               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1190               // for 2.10.1 mode <br />
1191               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1192               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1193                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1194                 calculations (not recommended)</em></li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1197               scaling of branch lengths for trees computed using
1198               Sequence Feature Similarity.
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1202               generating output report when working with highly
1203               redundant alignments
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1207               right of selected region when gaps present on right-hand
1208               boundary
1209             </li>
1210           </ul>
1211           <em>User Interface</em>
1212           <ul>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1215               doesn't reselect a specific sequence's associated
1216               annotation after it was used for colouring a view
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1220               opened on a region of alignment without groups
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1224               of an alignment with overlapping groups
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1228               name and description match
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1232               hidden regions results in incorrect hidden regions
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1236               changing colour does not apply Conservation slider value
1237               to all groups
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1241               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1245               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1249               gaps before start of features
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1253               restored to UI when feature colour is edited
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1257               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1261               as graduate feature colour settings are modified via the
1262               dialog box
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1266               when a group defined on the alignment is resized
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1270               wrapped view result in positional status updates
1271             </li>
1272
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1275               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1279               alignment included gapped columns
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1283               widgets don't permanently disappear
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1287               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1288               T-Coffee column reliability scores)
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1292               sequence feature on gaps only
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1296               button from a Find inherit previously defined feature type
1297               rather than the Find query string
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1301               exporting tree calculated in Jalview
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1305               and then revealing them reorders sequences on the
1306               alignment
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1310               doesn't update to reflect available set of groups after
1311               interactively adding or modifying features
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1315               Linux
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1319               only excluded gaps in current sequence and ignored
1320               selection.
1321             </li>
1322           </ul>
1323           <em>Rendering</em>
1324           <ul>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1327               erratically when hidden rows or columns are present
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1331               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1332               sequence colouring
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1336               colour and group colour menu for protein alignments
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1340               reflect currently selected view or group's shading
1341               thresholds
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1345               when rendered on overview and structures when opacity at
1346               100%
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1350               overview when features overlaid on alignment
1351             </li>
1352           </ul>
1353           <em>Data import/export</em>
1354           <ul>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1357               load
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1361               added after a sequence was imported are not written to
1362               Stockholm File
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1366               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1370               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1374               with lightGray or darkGray via features file (but can
1375               specify lightgray)
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1379               when alignment view imported from project
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1383               structure and sequences extracted from structure files
1384               imported via URL and viewed in Jmol
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1388               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1389               the project is loaded and the structure viewed
1390             </li>
1391           </ul>
1392           <em>Web Services</em>
1393           <ul>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1396               release of Ensembl v.88
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1400               appear enabled in Preferences->Connections
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1404               removed from console output
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1408               Ensembl by Peptide ID
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1412               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1413               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1414               due to 'null' string rather than empty string used for
1415               residues with no corresponding PDB mapping).
1416             </li>
1417           </ul>
1418           <em>Application UI</em>
1419           <ul>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1422               menu
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1426               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1427               new documentation and tooltips added)
1428             </li>
1429             <li>
1430               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1431               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1432             </li>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1435               new features are added to alignment
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1439               changes to feature colours via the Amend features dialog
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1443               edit graduated feature colour via amend features dialog
1444               box
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1448               selection menu changes colours of alignment views
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1452               from alignment calculation workers after alignment has
1453               been closed
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1457               groups now 'Create Group'
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1461               Create/Undefine group doesn't always work
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1465               shown again after pressing 'Cancel'
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1469               adjusts start position in wrap mode
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1473               ambiguous amino acids
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1477               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1478               proteins
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1482               Defined' don't appear in Colours menu
1483             </li>
1484           </ul>
1485           <em>Applet</em>
1486           <ul>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1489               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1490             </li>
1491             <li>
1492               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1493               overview or linked structure view
1494             </li>
1495             <li>
1496               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1497               work (since 2.8)
1498             </li>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1501               user-defined colourscheme doesn't restore original
1502               colourscheme
1503             </li>
1504           </ul>
1505           <em>Test Suite</em>
1506           <ul>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1509               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1513               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1514               problems with deep array comparison equality asserts in
1515               successive versions of TestNG
1516             </li>
1517             <li>
1518               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1519               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1520             </li>
1521           </ul>
1522           <em>New Known Issues</em>
1523           <ul>
1524             <li>
1525               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1526               phase after a sequence motif find operation
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1530               containing just upper and lower case letters are
1531               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1535               reliably from eggnog Ortholog database
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1539               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1540               to mark columns containing highlighted regions.
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1544               doesn't always add secondary structure annotation.
1545             </li>
1546           </ul>
1547         </div>
1548     <tr>
1549       <td width="60" nowrap>
1550         <div align="center">
1551           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1552         </div>
1553       </td>
1554       <td><div align="left">
1555           <em>General</em>
1556           <ul>
1557             <li>
1558               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1559               for all consensus calculations
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1563               3rd Oct 2016)
1564             </li>
1565             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1566               for 2016-2017</li>
1567           </ul>
1568           <em>Application</em>
1569           <ul>
1570             <li>
1571               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1572               set of database cross-references, sorted alphabetically
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1576               from database cross references. Users with custom links
1577               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1578                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1579             </li>
1580             <li>
1581               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1582               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1583               Chimera session
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1587               the Chimera it is connected to is shut down
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1591               columns menu item to mark columns containing highlighted
1592               regions (e.g. from structure selections or results of a
1593               Find operation)
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1597               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1598               MSAviewer
1599             </li>
1600           </ul>
1601         </div></td>
1602       <td>
1603         <div align="left">
1604           <em>General</em>
1605           <ul>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1608               are not coloured or thresholded according to percent
1609               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1613               hydrophobic
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1617               threshold, amino acid properties)
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1621               reported as mapped to residues in a structure file in the
1622               View Mapping report
1623             </li>
1624             <li>
1625               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1626               could be added multiple times to a sequence
1627             </li>
1628             <li>
1629               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1630               bond features shown as two highlighted residues rather
1631               than a range in linked structure views, and treated
1632               correctly when selecting and computing trees from features
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1636               cross-references are matched to database name regardless
1637               of case
1638             </li>
1639
1640           </ul>
1641           <em>Application</em>
1642           <ul>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1645               names without regular expressions also offer links from
1646               Sequence ID
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1650               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1651               update Jalview configuration
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1655               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1659               files with similarly named sequences if dropped onto the
1660               alignment
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1664               entries where more chains exist in the PDB accession than
1665               are reported in the SIFTS file
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1669               the structure view when displayed with Chimera
1670             </li>
1671             <li>
1672               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1673               panel's View->Show Chains submenu
1674             </li>
1675             <li>
1676               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1677               work for wrapped alignment views
1678             </li>
1679             <li>
1680               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1681               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1685               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1686               first annotation row
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1690               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1694               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1695             </li>
1696             <!-- JAL-2319 -->
1697             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1698             coordindate data
1699             </li>
1700           </ul>
1701           <!--           <em>New Known Issues</em>
1702           <ul>
1703             <li></li>
1704           </ul> -->
1705         </div>
1706       </td>
1707     </tr>
1708     <td width="60" nowrap>
1709       <div align="center">
1710         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1711           <em>25/10/2016</em></strong>
1712       </div>
1713     </td>
1714     <td><em>Application</em>
1715       <ul>
1716         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1717           view if structures already loaded</li>
1718         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1719           structure views</li>
1720       </ul></td>
1721     <td>
1722       <div align="left">
1723         <em>General</em>
1724         <ul>
1725           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1726             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1727           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1728             example sequences/projects/trees</li>
1729         </ul>
1730         <em>Application</em>
1731         <ul>
1732           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1733             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1734           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1735             without timeout for structures with multiple models or
1736             multiple sequences in alignment</li>
1737           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1738             PDB ID HEADER line</li>
1739           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1740             is performed</li>
1741           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1742             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1743           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1744           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1745             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1746             option</li>
1747           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1748             is created on the alignment</li>
1749           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1750             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1751             pop-up menu</li>
1752         </ul>
1753         <em>Build and deployment</em>
1754         <ul>
1755           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1756             tags</li>
1757         </ul>
1758         <em>New Known Issues</em>
1759         <ul>
1760           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1761             on Windows</li>
1762         </ul>
1763       </div>
1764     </td>
1765     </tr>
1766     <tr>
1767       <td width="60" nowrap>
1768         <div align="center">
1769           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1770         </div>
1771       </td>
1772       <td><em>General</em>
1773         <ul>
1774           <li>
1775             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1776           </li>
1777           <li>
1778             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1779             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1780             better PDB parsing.
1781           </li>
1782           <li>
1783             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1784             reference sequence
1785           </li>
1786           <li>
1787             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1788             mousing over sequence associated annotation
1789           </li>
1790           <li>
1791             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1792             for manual entry
1793           </li>
1794           <li>
1795             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1796             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1797             for each column
1798           </li>
1799           <li>
1800             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1801             showing or hiding columns containing a feature
1802           </li>
1803           <li>
1804             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1805             group and sequence associated annotation labels
1806           </li>
1807           <li>
1808             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1809             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1810             dialogs
1811           </li>
1812
1813         </ul> <em>Application</em>
1814         <ul>
1815           <li>
1816             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1817             gene/transcript view
1818           </li>
1819           <li>
1820             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1821             dialog
1822           </li>
1823           <li>
1824             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1825             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1826           </li>
1827           <li>
1828             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1829             Pfam sources to xfam.org
1830           </li>
1831           <li>
1832             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1833           </li>
1834           <li>
1835             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1836             over sequences in Jalview
1837           </li>
1838           <li>
1839             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1840             regions in ENA and EMBL
1841           </li>
1842           <li>
1843             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1844             for record retrieval via ENA rest API
1845           </li>
1846           <li>
1847             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1848             complement operator
1849           </li>
1850           <li>
1851             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1852             groovy script execution
1853           </li>
1854           <li>
1855             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1856             alignment window's Calculate menu
1857           </li>
1858           <li>
1859             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1860             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1861           </li>
1862           <li>
1863             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1864             calculation workers from groovy scripts
1865           </li>
1866           <li>
1867             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1868             Jalview projects
1869           </li>
1870           <li>
1871             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1872             associations are now saved/restored from project
1873           </li>
1874           <li>
1875             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1876             before sequence fetcher is opened
1877           </li>
1878           <li>
1879             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1880             database chooser opens a sequence fetcher
1881           </li>
1882           <li>
1883             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1884             the UniProt REST API
1885           </li>
1886           <li>
1887             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1888             the news reader opening
1889           </li>
1890           <li>
1891             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1892             querying stored in preferences
1893           </li>
1894           <li>
1895             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1896             search results
1897           </li>
1898           <li>
1899             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1900           </li>
1901           <li>
1902             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1903             menu for nucleotide sequences
1904           </li>
1905           <li>
1906             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1907             and feature counts preserves alignment ordering (and
1908             debugged for complex feature sets).
1909           </li>
1910           <li>
1911             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1912             viewing structures with Jalview 2.10
1913           </li>
1914           <li>
1915             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1916             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1917             Ensembl Genomes REST API
1918           </li>
1919           <li>
1920             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1921             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1922             (Ensembl)
1923           </li>
1924           <li>
1925             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1926             sequences
1927           </li>
1928           <li>
1929             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1930             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1931             data from external database records.
1932           </li>
1933           <li>
1934             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1935             efficient recovery of sequence coding and alignment
1936             annotation relationships.
1937           </li>
1938         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1939         <ul>
1940           <li>
1941             -- JAL---
1942           </li>
1943         </ul> --></td>
1944       <td>
1945         <div align="left">
1946           <em>General</em>
1947           <ul>
1948             <li>
1949               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1950               menu on OSX
1951             </li>
1952             <li>
1953               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1954               includes graduated colourschemes
1955             </li>
1956             <li>
1957               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1958               working with big alignments and lots of hidden columns
1959             </li>
1960             <li>
1961               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1962               at right of alignment window
1963             </li>
1964             <li>
1965               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1966               contents
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1970               for DNA alignments
1971             </li>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1974               based tree calculation
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1978               unconserved enabled for group on alignment
1979             </li>
1980             <li>
1981               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1982               set as reference
1983             </li>
1984             <li>
1985               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1986               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1987               annotation
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1991               hidden columns present
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1995               user created annotation added to alignment
1996             </li>
1997             <li>
1998               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1999               '()' base pair annotation
2000             </li>
2001             <li>
2002               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2003               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2004               Consensus
2005             </li>
2006             <li>
2007               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2008               feature not working
2009             </li>
2010             <li>
2011               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2012               beginning of sequence
2013             </li>
2014             <li>
2015               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2016               entry 3a6s
2017             </li>
2018             <li>
2019               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2020               from a tree when t-coffee scores are shown
2021             </li>
2022             <li>
2023               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2024               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2025             </li>
2026             <li>
2027               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2028               some structures
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2032               to Clustal, PIR and PileUp output
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2036               not visible causes alignment window to repaint
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2040               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2041               scores associated with features and annotation rows
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2045               calculation should be case independent
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2049               columns
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2053               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2054               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2055             </li>
2056             <li>
2057               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2058               problems when reference sequence defined and 'show
2059               non-conserved' enabled
2060             </li>
2061             <li>
2062               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2063               load even when Consensus calculation is disabled
2064             </li>
2065             <li>
2066               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2067               alignment does nothing
2068             </li>
2069           </ul>
2070           <em>Application</em>
2071           <ul>
2072             <li>
2073               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2074               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2075               yet fixed for El Capitan)
2076             </li>
2077             <li>
2078               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2079               output when running on non-gb/us i18n platforms
2080             </li>
2081             <li>
2082               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2083               hidden sequences as flat-file alignment
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2087               launching Chimera
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2091               (also hotfix for 2.9.0b2)
2092             </li>
2093             <li>
2094               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2095               reference sequence defined
2096             </li>
2097             <li>
2098               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2099               alignments and views when revealing hidden columns
2100             </li>
2101             <li>
2102               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2103               view in a cDNA/Protein splitframe
2104             </li>
2105             <li>
2106               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2107               sequence from project when only one sequence is
2108               represented
2109             </li>
2110             <li>
2111               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2112               in Structure Chooser
2113             </li>
2114             <li>
2115               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2116               structure consensus didn't refresh annotation panel
2117             </li>
2118             <li>
2119               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2120               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2121             </li>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2124               dialogs format columns correctly, don't display array
2125               data, sort columns according to type
2126             </li>
2127             <li>
2128               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2129               file chooser is cancelled during an image export
2130             </li>
2131             <li>
2132               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2133               sequence name containing special characters
2134             </li>
2135             <li>
2136               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2137               case insensitive
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2141               formatting don't wrap
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2145               truncated so L looks like I in consensus annotation
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2149               currently displayed features for the current selection or
2150               view
2151             </li>
2152             <li>
2153               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2154               after fetching cross-references, and restoring from
2155               project
2156             </li>
2157             <li>
2158               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2159               followed in the structure viewer
2160             </li>
2161             <li>
2162               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2163               splitframe not restored from project
2164             </li>
2165             <li>
2166               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2167               trailing end of protein alignment in transcript/product
2168               splitview when pad-gaps not enabled by default
2169             </li>
2170             <li>
2171               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2172               is case dependent
2173             </li>
2174             <li>
2175               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2176               article has been read (reopened issue due to
2177               internationalisation problems)
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2181               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2182               cross-references
2183             </li>
2184
2185             <li>
2186               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2187               alignment as HTML
2188             </li>
2189             <li>
2190               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2191               multiple structures are shown for one or more sequences.
2192             </li>
2193             <li>
2194               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2195               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2196               is enabled.
2197             </li>
2198             <li>
2199               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2200               specific PDB id for sequence
2201             </li>
2202             <li>
2203               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2204               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2205               columns' is disabled.
2206             </li>
2207             <li>
2208               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2209               selects lowest rather than highest resolution structures
2210               for each sequence
2211             </li>
2212             <li>
2213               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2214               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2215             </li>
2216             <li>
2217               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2218               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2219             </li>
2220             <li>
2221               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2222               after clicking on it to create new annotation for a
2223               column.
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2227               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2228             </li>
2229             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2230             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2231           </ul>
2232           <em>Applet</em>
2233           <ul>
2234             <li>
2235               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2236               hidden columns present before start of sequence
2237             </li>
2238             <li>
2239               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2240               (JSON jars)
2241             </li>
2242             <li>
2243               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2244               sequences are hidden in applet
2245             </li>
2246             <li>
2247               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2248               deployment on examples pages.
2249             </li>
2250           </ul>
2251         </div>
2252       </td>
2253     </tr>
2254     <tr>
2255       <td width="60" nowrap>
2256         <div align="center">
2257           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2258             <em>16/10/2015</em></strong>
2259         </div>
2260       </td>
2261       <td><em>General</em>
2262         <ul>
2263           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2264             jars</li>
2265         </ul></td>
2266       <td>
2267         <div align="left">
2268           <em>Application</em>
2269           <ul>
2270             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2271               shown when tree is partitioned</li>
2272             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2273               multiple cDNA/Protein split views</li>
2274           </ul>
2275         </div>
2276       </td>
2277     </tr>
2278     <tr>
2279       <td width="60" nowrap>
2280         <div align="center">
2281           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2282             <em>8/10/2015</em></strong>
2283         </div>
2284       </td>
2285       <td><em>General</em>
2286         <ul>
2287           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2288             2.9</li>
2289         </ul> <em>Application</em>
2290         <ul>
2291           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2292           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2293           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2294         </ul> <em>Applet</em>
2295         <ul>
2296           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2297         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2298         <ul>
2299           <li>
2300             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2301             suite
2302           </li>
2303         </ul></td>
2304       <td>
2305         <div align="left">
2306           <em>General</em>
2307           <ul>
2308             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2309               incorrect when sequence start > 1</li>
2310             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2311               documentation</li>
2312             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2313             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2314               loading a features file containing HTML tags in feature
2315               description</li>
2316
2317           </ul>
2318           <em>Application</em>
2319           <ul>
2320             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2321               reimport</li>
2322             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2323               with 'trim retrieved sequences'</li>
2324             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2325               deleting selected columns</li>
2326             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2327               JNLP templates for webstart launch</li>
2328             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2329               unreleased structures for download or viewing</li>
2330             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2331               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2332             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2333               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2334             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2335               recovered from jalview project</li>
2336             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2337               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2338               alignment view</li>
2339             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2340               color schemes from BioJSON</li>
2341           </ul>
2342           <em>Applet</em>
2343           <ul>
2344             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2345               frame</li>
2346             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2347           </ul>
2348         </div>
2349       </td>
2350     </tr>
2351     <tr>
2352       <td><div align="center">
2353           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2354         </div></td>
2355       <td><em>General</em>
2356         <ul>
2357           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2358             alignments:
2359             <ul>
2360               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2361                 and DNA alignment views</li>
2362               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2363                 cDNA alignment views</li>
2364               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2365                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2366               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2367                 protein sequences</li>
2368             </ul>
2369           </li>
2370           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2371           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2372             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2373           <li>New alignment annotation file statements for
2374             reference sequences and marking hidden columns</li>
2375           <li>Reference sequence based alignment shading to
2376             highlight variation</li>
2377           <li>Select or hide columns according to alignment
2378             annotation</li>
2379           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2380           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2381             acid conservation row</li>
2382           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2383         </ul> <em>Application</em>
2384         <ul>
2385           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2386             <ul>
2387               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2388                 view with cDNA/Protein</li>
2389               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2390                 sequences are placed in the same alignment</li>
2391               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2392                 projects</li>
2393             </ul>
2394           </li>
2395
2396           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2397           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2398             Jalview windows</li>
2399
2400           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2401           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2402           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2403             be shown in VARNA</li>
2404
2405           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2406             as the active selected region</li>
2407
2408           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2409             similarity</li>
2410           <li>New Export options
2411             <ul>
2412               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2413                 region export in flat file generation</li>
2414
2415               <li>Export alignment views for display with the <a
2416                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2417
2418               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2419               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2420                 alignment figures to HTML</li>
2421           </li>
2422           <li>3D structure retrieval and display
2423             <ul>
2424               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2425                 Search API</li>
2426               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2427                 PDB structures for a sequence set</li>
2428             </ul>
2429           </li>
2430
2431           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2432             predictions</li>
2433           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2434             for one or a group of sequences</li>
2435           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2436             from the JPred4 web server</li>
2437           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2438             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2439             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2440           </li>
2441           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2442             VARNA 2D Structure'</li>
2443           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2444             Structure ..."</li>
2445
2446         </ul> <em>Applet</em>
2447         <ul>
2448           <li>New layout for applet example pages</li>
2449           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2450             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2451           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2452             Protein alignments</li>
2453         </ul> <em>Development and deployment</em>
2454         <ul>
2455           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2456           <li>Include installation type and git revision in build
2457             properties and console log output</li>
2458           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2459             storing BioJsMSA Templates</li>
2460           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2461         </ul></td>
2462       <td>
2463         <!-- <em>General</em>
2464         <ul>
2465         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2466         <ul>
2467           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2468           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2469           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2470             predictions are not highlighted in amber</li>
2471           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2472             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2473           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2474             associated structure views</li>
2475           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2476             width checkbox not enabled</li>
2477           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2478             creating user defined colours</li>
2479           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2480             mappings for just that viewer's sequences</li>
2481           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2482             multiple models in Chimera</li>
2483           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2484             over Jmol structure</li>
2485           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2486             output to text box</li>
2487           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2488             have incorrect sequence start/end</li>
2489           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2490             Jalview fails</li>
2491           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2492             work for nucleotide</li>
2493           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2494             to a grey/invisible alignment window</li>
2495           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2496             imports to different position</li>
2497           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2498             on some platforms</li>
2499           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2500             populated</li>
2501           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2502             console if Chimera has been opened</li>
2503           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2504           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2505             retrieved</li>
2506           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2507           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2508             either sequence shows on first structure</li>
2509           <li>'Show annotations' options should not make
2510             non-positional annotations visible</li>
2511           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2512             in right place after 'view flanking regions'</li>
2513           <li>File Save As type unset when current file format is
2514             unknown</li>
2515           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2516             projects</li>
2517           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2518             responsive</li>
2519           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2520             several views on same alignment</li>
2521           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2522           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2523             spaces</li>
2524         </ul> <em>Applet</em>
2525         <ul>
2526           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2527           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2528             descriptions containing angle brackets</li>
2529         </ul> <em>General</em>
2530         <ul>
2531           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2532             via jalview annotation file</li>
2533           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2534             with RNA secondary structure</li>
2535           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2536             translation doesn't work.</li>
2537           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2538           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2539             positions</li>
2540           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2541             choosing 1pt font</li>
2542           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2543             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2544             'h'</li>
2545           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2546             new feature</li>
2547           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2548             order dependent</li>
2549           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2550             sequences</li>
2551           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2552         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2553         <ul>
2554           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2555             www.jalview.org</li>
2556         </ul> <em>Application Known issues</em>
2557         <ul>
2558           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2559           <li>Misleading message appears after trying to delete
2560             solid column.</li>
2561           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2562             version launches</li>
2563           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2564             fails with a sequence mismatch</li>
2565           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2566             scrolling alignment to right</li>
2567           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2568             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2569           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2570             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2571           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2572             ultra-high resolution</li>
2573           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2574             quality and conservation</li>
2575           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2576             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2577         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2578         <ul>
2579           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2580           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2581             window is being resized</li>
2582
2583         </ul>
2584       </td>
2585     </tr>
2586     <tr>
2587       <td><div align="center">
2588           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2589         </div></td>
2590       <td><em>General</em>
2591         <ul>
2592           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2593             Certum.PL.</li>
2594           <li>Features and annotation preserved when performing
2595             pairwise alignment</li>
2596           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2597             imported/exported/displayed</li>
2598           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2599             protein secondary structure</li>
2600           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2601               post-hoc with 2.9 release</em>)
2602           </li>
2603
2604         </ul> <em>Application</em>
2605         <ul>
2606           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2607             with 3D structures</li>
2608           <li>Support for parsing RNAML</li>
2609           <li>Annotations menu for layout
2610             <ul>
2611               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2612               <li>place sequence annotation above/below alignment
2613                 annotation</li>
2614             </ul>
2615           <li>Output in Stockholm format</li>
2616           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2617             translation</li>
2618           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2619           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2620             shared between alignments</li>
2621           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2622             Jalview</li>
2623           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2624             all or current selection</li>
2625           <li>disorder and secondary structure predictions
2626             available as dataset annotation</li>
2627           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2628
2629
2630           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2631             alignments from Rfam</li>
2632           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2633
2634           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2635             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2636           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2637           <li>include installation type in build properties and
2638             console log output</li>
2639           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2640             annotation</li>
2641         </ul></td>
2642       <td>
2643         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2644         <ul>
2645           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2646             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2647           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2648             alignment</li>
2649           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2650           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2651           <li>Double click on sequence associated annotation
2652             selects only first column</li>
2653           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2654             leaves shown in tree</li>
2655           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2656             properly</li>
2657           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2658           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2659             screen and buttons not visible</li>
2660           <li>author list isn't updated if already written to
2661             Jalview properties</li>
2662           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2663             from database</li>
2664           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2665           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2666             browser search window</li>
2667           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2668             in feature settings dialog</li>
2669           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2670             desktop</li>
2671           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2672             pass validation</li>
2673           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2674             fit on screen</li>
2675           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2676             tooltip</li>
2677           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2678             defined user preset</li>
2679           <li>MSA web services warns user if they were launched
2680             with invalid input</li>
2681           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2682             Java 8</li>
2683           <li>
2684             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2685             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2686             created
2687           </li>
2688
2689         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2690         <ul>
2691         </ul> <em>General</em>
2692         <ul>
2693         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2694         <ul>
2695           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2696             memory allocation</li>
2697           <li>launchApp service doesn't automatically open
2698             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2699           <li>
2700             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2701             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2702             1.7_055 is available
2703           </li>
2704         </ul> <em>Application Known issues</em>
2705         <ul>
2706           <li>
2707             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2708             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2709             alignment to right
2710           </li>
2711           <li>
2712             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2713             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2714             with large number of ID
2715           </li>
2716           <li>
2717             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2718             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2719             start/end
2720           </li>
2721           <li>
2722             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2723             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2724             structure tracks are rearranged
2725           </li>
2726           <li>
2727             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2728             invalid rna structure positional highlighting does not
2729             highlight position of invalid base pairs
2730           </li>
2731           <li>
2732             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2733             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2734             project from alignment window file menu
2735           </li>
2736           <li>
2737             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2738             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2739             structures
2740           </li>
2741           <li>
2742             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2743             colour by RNA Helices not enabled when user created
2744             annotation added to alignment
2745           </li>
2746           <li>
2747             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2748             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2749           </li>
2750         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2751         <ul>
2752           <li>
2753             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2754             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2755           </li>
2756           <li>
2757             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2758             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2759           </li>
2760
2761           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2762             when selected</li>
2763         </ul>
2764       </td>
2765     </tr>
2766     <tr>
2767       <td><div align="center">
2768           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2769         </div></td>
2770       <td>
2771         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2772         <em>General</em>
2773         <ul>
2774           <li>Internationalisation of user interface (usually
2775             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2776           <li>Define/Undefine group on current selection with
2777             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2778           <li>Improved group creation/removal options in
2779             alignment/sequence Popup menu</li>
2780           <li>Sensible precision for symbol distribution
2781             percentages shown in logo tooltip.</li>
2782           <li>Annotation panel height set according to amount of
2783             annotation when alignment first opened</li>
2784         </ul> <em>Application</em>
2785         <ul>
2786           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2787             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2788           <li>Select columns containing particular features from
2789             Feature Settings dialog</li>
2790           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2791             sequences</li>
2792           <li>Update Jalview project format:
2793             <ul>
2794               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2795               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2796                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2797               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2798                 colouring</li>
2799             </ul>
2800           </li>
2801           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2802             (PAM250)</li>
2803           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2804             flanking regions for an alignment</li>
2805         </ul>
2806       </td>
2807       <td>
2808         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2809         <ul>
2810           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2811             running after job is cancelled</li>
2812           <li>cannot export features from alignments imported from
2813             Jalview/VAMSAS projects</li>
2814           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2815             float values</li>
2816           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2817             have 'display all symbols' flag set</li>
2818           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2819             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2820           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2821             Jalview</li>
2822           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2823             Lion/Webstart</li>
2824           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2825           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2826           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2827             alignment onto desktop</li>
2828           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2829             'extract scores' function</li>
2830           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2831             alignment window</li>
2832           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2833             performing IUPred disorder prediction</li>
2834           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2835             changing 'normalise logo' display setting</li>
2836           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2837             nothing matches query</li>
2838           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2839             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2840           </li>
2841           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2842             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2843           </li>
2844           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2845             Jalview's menu</li>
2846           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2847             'invalid literal/length code'</li>
2848           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2849             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2850           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2851             colourscheme</li>
2852
2853         </ul> <em>Applet</em>
2854         <ul>
2855           <li>Remove group option is shown even when selection is
2856             not a group</li>
2857           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2858             don't affect groups</li>
2859           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2860             colourscheme name</li>
2861           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2862             Annotation panel is not displayed</li>
2863           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2864             embedded windows</li>
2865         </ul> <em>Other</em>
2866         <ul>
2867           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2868             single sequence were not calculated</li>
2869           <li>annotation files that contain only groups imported as
2870             annotation and junk sequences</li>
2871           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2872             recognised as PFAM or BLC</li>
2873           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2874             doesn't affect background (2.8.0b1)
2875           <li></li>
2876           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2877           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2878             trailing gaps</li>
2879           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2880             registered correctly on import</li>
2881           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2882             certain alignments</li>
2883           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2884             existing annotation based 'use original colours'
2885             colourscheme loses original colours setting</li>
2886         </ul>
2887       </td>
2888     </tr>
2889     <tr>
2890       <td><div align="center">
2891           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2892             <em>30/1/2014</em></strong>
2893         </div></td>
2894       <td>
2895         <ul>
2896           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2897             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2898             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2899             open source project).
2900           </li>
2901           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2902           <li>Output in Stockholm format</li>
2903           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2904           <li>Export/import group and sequence associated line
2905             graph thresholds</li>
2906           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2907             ambiguity codes</li>
2908           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2909             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2910             works</li>
2911           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2912         </ul> <em>Other improvements</em>
2913         <ul>
2914           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2915           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2916             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2917           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2918             files</li>
2919           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2920           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2921             link but no description</li>
2922           <li>Select primary source when selecting authority in
2923             database fetcher GUI</li>
2924           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2925             Jalview</li>
2926           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2927         </ul>
2928       </td>
2929       <td>
2930         <ul>
2931           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2932             displayed</li>
2933           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2934             secondary structure annotation line</li>
2935           <li>Sequence database accessions not imported when
2936             fetching alignments from Rfam</li>
2937           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2938             identical IDs</li>
2939           <li>View all structures does not always superpose
2940             structures</li>
2941           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2942             reflect user or preset settings</li>
2943           <li>Null pointer exceptions for some services without
2944             presets or adjustable parameters</li>
2945           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2946             discover PDB xRefs</li>
2947           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2948             features with DAS</li>
2949           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2950             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2951           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2952             residue follows a gap</li>
2953           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2954             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2955           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2956             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2957           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2958             annotation already exists on alignment</li>
2959           <li>oninit javascript function should be called after
2960             initialisation completes</li>
2961           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2962             alignment window display</li>
2963           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2964           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2965             to annotation file</li>
2966           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2967             groups created</li>
2968           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2969             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2970           <li>Pressing return several times causes Number Format
2971             exceptions in keyboard mode</li>
2972           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2973             correct partitions for input data</li>
2974           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2975           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2976           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2977           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2978             mode</li>
2979           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2980             changes one row&#39;s threshold</li>
2981           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2982             doesn&#39;t open</li>
2983           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2984             quality histograms</li>
2985         </ul>
2986       </td>
2987     </tr>
2988     <tr>
2989       <td><div align="center">
2990           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2991         </div></td>
2992       <td><em>Application</em>
2993         <ul>
2994           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2995             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2996           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2997             preferences</li>
2998           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2999             in Jalview alignment window</li>
3000           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3001             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3002           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3003             RNA and ambiguity codes</li>
3004
3005           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3006           <li>Support fetching and database reference look up
3007             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3008             refs')</li>
3009           <li>Jalview project improvements
3010             <ul>
3011               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3012                 flag for annotation</li>
3013               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3014                 alignment</li>
3015               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3016                 Jalview project</li>
3017
3018             </ul>
3019           </li>
3020           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3021           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3022             running</li>
3023           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3024           <li>visual indication that web service results are still
3025             being retrieved from server</li>
3026           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3027             starts up for first time</li>
3028           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3029             services</li>
3030           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3031             client library</li>
3032           <li>Examples directory and Groovy library included in
3033             InstallAnywhere distribution</li>
3034         </ul> <em>Applet</em>
3035         <ul>
3036           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3037             visualization applet example</li>
3038         </ul> <em>General</em>
3039         <ul>
3040           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3041           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3042             defaults</li>
3043           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3044             calculation</li>
3045           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3046             matrices
3047           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3048             in HTML</li>
3049           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3050             structure contacts</li>
3051           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3052           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3053           <li>Parse sequence associated secondary structure
3054             information in Stockholm files</li>
3055           <li>HTML Export database accessions and annotation
3056             information presented in tooltip for sequences</li>
3057           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3058             style RNA alignment files</li>
3059           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3060             alignment</li>
3061           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3062             shade each sequence according to its associated alignment
3063             annotation</li>
3064           <li>New Jalview Logo</li>
3065         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3066         <ul>
3067           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3068           <li>New Website!</li>
3069         </ul></td>
3070       <td><em>Application</em>
3071         <ul>
3072           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3073             wsdbfetch REST service</li>
3074           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3075           <li>Filetype associations not installed for webstart
3076             launch</li>
3077           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3078             job execution in full once it is complete</li>
3079           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3080             uploaded via ali_file parameter</li>
3081           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3082           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3083           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3084             submitted for prediction</li>
3085           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3086             desktop window</li>
3087           <li>Putting fractional value into integer text box in
3088             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3089           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3090             windows 7</li>
3091           <li>View all structures fails with exception shown in
3092             structure view</li>
3093           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3094             escaped in a platform independent way</li>
3095           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3096             using proxy</li>
3097           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3098             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3099           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3100             failure when java web start temporary file caching is
3101             disabled</li>
3102           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3103             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3104           <li>Errors during processing of command line arguments
3105             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3106           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3107             DAS sources in sequence fetcher</li>
3108           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3109             dialog is shown</li>
3110           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3111           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3112           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3113           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3114             on OSX Mountain Lion</li>
3115           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3116             sequences with alignment annotation are pasted into the
3117             alignment</li>
3118           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3119             when loaded from Jalview project</li>
3120           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3121           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3122             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3123           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3124             associated with all views</li>
3125           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3126             annotation rows to new window</li>
3127         </ul> <em>Applet</em>
3128         <ul>
3129           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3130             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3131           <li>loading features via javascript API automatically
3132             enables feature display</li>
3133           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3134             work</li>
3135         </ul> <em>General</em>
3136         <ul>
3137           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3138           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3139             and then deselected</li>
3140           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3141           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3142             coloured with clustalx</li>
3143           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3144             exceptions and redraw errors</li>
3145           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3146             reconfigured view</li>
3147           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3148             colour</li>
3149           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3150             for lots of labels</li>
3151         </ul>
3152     </tr>
3153     <tr>
3154       <td>
3155         <div align="center">
3156           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3157         </div>
3158       </td>
3159       <td><em>Application</em>
3160         <ul>
3161           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3162           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3163           <li>View/alignment association menu to enable user to
3164             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3165             its colours/correspondences from</li>
3166           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3167           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3168             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3169           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3170           <li>Annotation row column label formatting attributes
3171             stored in project file</li>
3172           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3173             rows preserved in Jalview project file</li>
3174           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3175             saved using Desktop window menu</li>
3176           <li>Visual indication that command line arguments are
3177             still being processed</li>
3178           <li>Groovy script execution from URL</li>
3179           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3180             preferences</li>
3181           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3182             alignment with sequences that have high similarity and
3183             matching IDs</li>
3184           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3185           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3186             structures in same window</li>
3187           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3188           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3189             analysis function in its own submenu</li>
3190         </ul> <em>Applet</em>
3191         <ul>
3192           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3193             groups</li>
3194           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3195           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3196           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3197           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3198           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3199             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3200           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3201           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3202             parameters are treated as such</li>
3203           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3204             <ul>
3205               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3206               <li>Javascript callbacks for
3207                 <ul>
3208                   <li>Applet initialisation</li>
3209                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3210                 </ul>
3211               </li>
3212               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3213                 functions</li>
3214               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3215               <li>javascript structure viewer harness to pass
3216                 messages between Jmol and Jalview when running as
3217                 distinct applets</li>
3218               <li>sortBy method</li>
3219               <li>Set of applet and application examples shipped
3220                 with documentation</li>
3221               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3222                 javascript message exchange</li>
3223             </ul>
3224         </ul> <em>General</em>
3225         <ul>
3226           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3227             multiple alignments</li>
3228           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3229           <li>User configurable link to enable redirects to a
3230             www.Jalview.org mirror</li>
3231           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3232           <li>Configurable newline string when writing alignment
3233             and other flat files</li>
3234           <li>Allow alignment annotation description lines to
3235             contain html tags</li>
3236         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3237         <ul>
3238           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3239             examples</li>
3240           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3241             using a web service before displaying the result in the
3242             Jalview desktop</li>
3243           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3244           <li>Ant target to publish example html files with applet
3245             archive</li>
3246           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3247           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3248         </ul></td>
3249       <td><em>Application</em>
3250         <ul>
3251           <li>User defined colourscheme throws exception when
3252             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3253           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3254             dialog for valid filename/format</li>
3255           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3256           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3257             P37173</li>
3258           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3259             which sequence is to be associated with the file</li>
3260           <li>Find All raises null pointer exception when query
3261             only matches sequence IDs</li>
3262           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3263           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3264             2.4 cannot be loaded</li>
3265           <li>Filetype associations not installed for webstart
3266             launch</li>
3267           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3268             with sequences in different alignments do not get coloured
3269             by their associated sequence</li>
3270           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3271             not preserved when project is loaded</li>
3272           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3273             stored in Jalview project</li>
3274           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3275             Jalview project</li>
3276           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3277           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3278             by conservation</li>
3279           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3280             created on new view</li>
3281           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3282             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3283           <li>Alignment quality not updated after alignment
3284             annotation row is hidden then shown</li>
3285           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3286             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3287           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3288             properly</li>
3289           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3290             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3291           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3292           <li>Structures imported from file and saved in project
3293             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3294           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3295             job execution in full once it is complete</li>
3296         </ul> <em>Applet</em>
3297         <ul>
3298           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3299             annotation rows are displayed</li>
3300           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3301             codebase</li>
3302           <li>View follows highlighting does not work for positions
3303             in sequences</li>
3304           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3305           <li>Export features raises exception when no features
3306             exist</li>
3307           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3308             for javascript api is modified when separator string
3309             provided as parameter</li>
3310           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3311             alignment with no existing selection</li>
3312           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3313             to applet&#39;s codebase</li>
3314           <li>Status bar not updated after finished searching and
3315             search wraps around to first result</li>
3316           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3317             several Jalview applets causes race conditions and memory
3318             leaks</li>
3319           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3320             not sent from Jmol in applet</li>
3321           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3322             applet API fatally hang browser</li>
3323         </ul> <em>General</em>
3324         <ul>
3325           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3326             position with wrapped view and hidden regions</li>
3327           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3328             with/without hidden columns</li>
3329           <li>Sequence length given in alignment properties window
3330             is off by 1</li>
3331           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3332             import PDB like structure files</li>
3333           <li>Positional search results are only highlighted
3334             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3335           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3336           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3337             given sequence position</li>
3338           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3339             output</li>
3340           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3341             from nucleotide chains correctly</li>
3342           <li>Structure colours not updated when tree partition
3343             changed in alignment</li>
3344           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3345             parsed in interleaved stockholm</li>
3346           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3347             state</li>
3348           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3349             properly</li>
3350           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3351             properly associated with their pdb files</li>
3352         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3353         <ul>
3354           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3355             ApplyCopyright tool</li>
3356         </ul></td>
3357     </tr>
3358     <tr>
3359       <td>
3360         <div align="center">
3361           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3362         </div>
3363       </td>
3364       <td><em>Application</em>
3365         <ul>
3366           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3367             contact web services</li>
3368           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3369             service job window</li>
3370           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3371         </ul></td>
3372       <td>
3373         <ul>
3374           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3375             pir file emitted by Jalview</li>
3376           <li>Existing feature settings transferred to new
3377             alignment view created from cut'n'paste</li>
3378           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3379             parsing PDB files</li>
3380           <li>Consensus and conservation annotation rows
3381             occasionally become blank for all new windows</li>
3382           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3383             in wrapped view mode</li>
3384         </ul> <em>Application</em>
3385         <ul>
3386           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3387             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3388           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3389             parameter names</li>
3390           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3391             is down</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394     </tr>
3395     <tr>
3396       <td>
3397         <div align="center">
3398           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3399         </div>
3400       </td>
3401       <td><em>Application</em>
3402         <ul>
3403           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3404             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3405             (JABAWS)
3406           </li>
3407           <li>Web Services preference tab</li>
3408           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3409             preferences</li>
3410           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3411           <li>Superpose structures using associated sequence
3412             alignment</li>
3413           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3414             viewer</li>
3415         </ul> <em>Applet</em>
3416         <ul>
3417           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3418             link out mechanism</li>
3419         </ul> <em>Other</em>
3420         <ul>
3421           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3422             series 12</li>
3423           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3424             require Java 1.5</li>
3425           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3426             sequence annotation files</li>
3427           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3428             type colour specification</li>
3429           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3430             script to check if it being run in an interactive session or
3431             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3432         </ul></td>
3433       <td>
3434         <ul>
3435           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3436             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3437         </ul> <em>Application</em>
3438         <ul>
3439           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3440             selected Regions menu item</li>
3441           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3442             part of a valid accession ID</li>
3443           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3444             runs out of memory</li>
3445           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3446             analysis results</li>
3447           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3448             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3449           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3450         </ul> <em>Applet</em>
3451         <ul>
3452           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3453             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3454             defined.</li>
3455         </ul>
3456       </td>
3457     </tr>
3458     <tr>
3459       <td>
3460         <div align="center">
3461           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3462         </div>
3463       </td>
3464       <td></td>
3465       <td>
3466         <ul>
3467           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3468             sequence IDs</li>
3469           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3470             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3471           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3472             import correctly</li>
3473           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3474             number of columns are hidden</li>
3475           <li>annotation label popup menu not providing correct
3476             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3477             present</li>
3478           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3479             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3480           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3481             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3482
3483         </ul> <em>Applet</em>
3484         <ul>
3485           <li>annotation panel disappears when annotation is
3486             hidden/removed</li>
3487         </ul> <em>Application</em>
3488         <ul>
3489           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3490             alignment opened where annotation panel is visible but no
3491             annotations are present on alignment</li>
3492           <li>pasted region containing hidden columns is
3493             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3494           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3495             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3496           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3497             selected Rregions menu item.</li>
3498           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3499             'Un' or 'Non'conserved</li>
3500           <li>Sequence feature settings are being shared by
3501             multiple distinct alignments</li>
3502           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3503             changed</li>
3504           <li>double click on group annotation to select sequences
3505             does not propagate to associated trees</li>
3506           <li>Mac OSX specific issues:
3507             <ul>
3508               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3509                 window background</li>
3510               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3511                 name set correctly</li>
3512               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3513                 save feature colourscheme button</li>
3514             </ul>
3515           </li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518     </tr>
3519     <tr>
3520
3521       <td>
3522         <div align="center">
3523           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3524         </div>
3525       </td>
3526       <td><em>New Capabilities</em>
3527         <ul>
3528           <li>URL links generated from description line for
3529             regular-expression based URL links (applet and application)
3530
3531           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3532             menu</li>
3533           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3534             structures</li>
3535           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3536             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3537           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3538             average score or total feature count for each sequence.</li>
3539           <li>Shading features by score or associated description</li>
3540           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3541             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3542           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3543             hide everything but the currently selected region.</li>
3544           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3545         </ul> <em>Application</em>
3546         <ul>
3547           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3548             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3549           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3550             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3551           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3552             database references and protein_name is parsed as
3553             description line (BioSapiens terms).</li>
3554           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3555             references in sequence ID tooltip from View menu in
3556             application.</li>
3557           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3558       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3559           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3560             conservation plots</li>
3561           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3562             and visualized as sequence logos</li>
3563           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3564             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3565           </li>
3566           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3567             when a new tree is opened.</li>
3568           <li>Jalview Java Console</li>
3569           <li>Better placement of desktop window when moving
3570             between different screens.</li>
3571           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3572             consensus annotation</li>
3573           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3574             Workflows</li>
3575           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3576             <ul>
3577               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3578                 used to preserve views, structures, and tree display
3579                 settings)</li>
3580               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3581                 command line</li>
3582               <li>Sharing of selected regions between views and
3583                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3584               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3585             </ul></li>
3586         </ul> <em>Applet</em>
3587         <ul>
3588           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3589           <li>New Parameters
3590             <ul>
3591               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3592                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3593                 opened.</li>
3594               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3595                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3596               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3597                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3598               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3599                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3600                 view</li>
3601               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3602                 increase the height or width of a cell in the alignment
3603                 grid relative to the current font size.</li>
3604             </ul>
3605           </li>
3606           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3607             tooltip</li>
3608         </ul> <em>Other</em>
3609         <ul>
3610           <li>Features format: graduated colour definitions and
3611             specification of feature scores</li>
3612           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3613             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3614             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3615           <li>XML formats extended to support graduated feature
3616             colourschemes, group associated annotation, and profile
3617             visualization settings.</li></td>
3618       <td>
3619         <ul>
3620           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3621             rather than description</li>
3622           <li>Non-positional features are now included in sequence
3623             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3624             visibility in tooltip).</li>
3625           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3626           <li>Added URL embedding instructions to features file
3627             documentation.</li>
3628           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3629             'X' in peptide product</li>
3630           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3631             sequence ID and sequence string and query strings do not
3632             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3633           <li>AMSA files only contain first column of
3634             multi-character column annotation labels</li>
3635           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3636             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3637             exported and re-imported)</li>
3638           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3639             name</li>
3640           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3641             as subsequence matches, and correctly reports total number
3642             of both.</li>
3643           <li>Application:
3644             <ul>
3645               <li>Better handling of exceptions during sequence
3646                 retrieval</li>
3647               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3648                 link text excludes the start_end suffix</li>
3649               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3650                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3651               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3652               <li>Sequence description lines properly shared via
3653                 VAMSAS</li>
3654               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3655                 data sources</li>
3656               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3657                 completes before alignment figures are generated.</li>
3658               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3659                 first time.</li>
3660               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3661                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3662               <li>User defined group colours properly recovered
3663                 from Jalview projects.</li>
3664             </ul>
3665           </li>
3666         </ul>
3667       </td>
3668
3669     </tr>
3670     <tr>
3671       <td>
3672         <div align="center">
3673           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3674         </div>
3675       </td>
3676       <td>
3677         <ul>
3678           <li>Experimental support for google analytics usage
3679             tracking.</li>
3680           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3681         </ul>
3682       </td>
3683       <td>
3684         <ul>
3685           <li>Race condition in applet preventing startup in
3686             jre1.6.0u12+.</li>
3687           <li>Exception when feature created from selection beyond
3688             length of sequence.</li>
3689           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3690           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3691             all sequences with a given id</li>
3692           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3693             ID string searches</li>
3694           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3695             alignment to fail with exception</li>
3696         </ul> <em>Application Issues</em>
3697         <ul>
3698           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3699           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3700             data sources</li>
3701         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3702         <ul>
3703           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3704             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3705           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3706             version (java class versioning error fixed)</li>
3707         </ul>
3708       </td>
3709     </tr>
3710     <tr>
3711       <td>
3712
3713         <div align="center">
3714           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3715         </div>
3716       </td>
3717       <td><em>User Interface</em>
3718         <ul>
3719           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3720             translation and protein products</li>
3721           <li>Linked highlighting of structure associated with
3722             residue mapping to codon position</li>
3723           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3724             and 'clear' button</li>
3725           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3726             Tools menu</li>
3727           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3728             numeric data in description line</li>
3729           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3730           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3731             of sequence</li>
3732         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3733         <ul>
3734           <li>JPred3 web service</li>
3735           <li>Prototype sequence search client (no public services
3736             available yet)</li>
3737           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3738             PFAM</li>
3739           <li>URL Links created for matching database cross
3740             references as well as sequence ID</li>
3741           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3742         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3743         <ul>
3744           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3745             databases</li>
3746           <li>Generalised database reference retrieval and
3747             validation to all fetchable databases</li>
3748           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3749             sequence command</li>
3750         </ul> <em>Import and Export</em>
3751         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3752         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3753           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3754         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3755           File</li>
3756         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3757           triplet as name of colourscheme</li>
3758         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3759         <ul>
3760           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3761           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3762             alignments (experimental)</li>
3763           <li>Create new or select existing session to join</li>
3764           <li>load and save of vamsas documents</li>
3765         </ul> <em>Application command line</em>
3766         <ul>
3767           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3768             from applet)</li>
3769           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3770             of DAS servers to query for alignment features</li>
3771           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3772             that are also automatically queried for features</li>
3773           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3774             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3775         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3776         <ul>
3777           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3778             application (when using &quot;View in full
3779             application&quot;)</li>
3780         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3781         <ul>
3782           <li>feature group display control parameter</li>
3783           <li>debug parameter</li>
3784           <li>showbutton parameter</li>
3785         </ul> <em>Applet API methods</em>
3786         <ul>
3787           <li>newView public method</li>
3788           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3789           <li>Feature display control methods</li>
3790           <li>get list of currently selected sequences</li>
3791         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3792         <ul>
3793           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3794           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3795             Jalview release.</li>
3796           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3797             property controls execution of obfuscator</li>
3798           <li>Build target for generating source distribution</li>
3799           <li>Debug flag for javacc</li>
3800           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3801             jalview.bin.Cache</li>
3802           <li>Continuous Build Integration for stable and
3803             development version of Application, Applet and source
3804             distribution</li>
3805         </ul></td>
3806       <td>
3807         <ul>
3808           <li>selected region output includes visible annotations
3809             (for certain formats)</li>
3810           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3811             for editing</li>
3812           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3813           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3814           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3815           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3816             comments</li>
3817           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3818             filenames containing a ':'</li>
3819           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3820             global sequence features</li>
3821           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3822             references from alignment sequences goes to zero</li>
3823           <li>Close of tree branch colour box without colour
3824             selection causes cascading exceptions</li>
3825           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3826           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3827             file parsing fails.</li>
3828           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3829           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3830             not a valid output format</li>
3831           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3832             vamsas</li>
3833           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3834           <li>error messages passed up and output when data read
3835             fails</li>
3836           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3837             sequence is edited</li>
3838           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3839             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3840           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3841             filetype</li>
3842           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3843             import fixed for PFAM records</li>
3844           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3845             window list</li>
3846           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3847             can be read and written correctly to annotation file</li>
3848           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3849             correctly</li>
3850           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3851             non-italic font for representatives in Applet</li>
3852           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3853             Macs.</li>
3854           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3855             Applet)</li>
3856           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3857             due to null pointer exceptions</li>
3858           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3859             first column of alignment</li>
3860           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3861             July 2008</li>
3862           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3863             file is case-insensitive</li>
3864           <li>Sequence features read from Features file appended to
3865             all sequences with matching IDs</li>
3866           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3867             containing a sub-sequence</li>
3868           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3869           <li>feature and annotation file applet parameters
3870             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3871           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3872           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3873             splash-screen version check to complete</li>
3874           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3875             when passing them to the launchApp service</li>
3876           <li>display name and local features preserved in results
3877             retrieved from web service</li>
3878           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3879             sequence fetcher initialisation</li>
3880           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3881             dasobert DAS client</li>
3882           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3883             association</li>
3884           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3885             sequences
3886           </li>
3887         </ul>
3888       </td>
3889     </tr>
3890     <tr>
3891       <td>
3892         <div align="center">
3893           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3894         </div>
3895       </td>
3896       <td>
3897         <ul>
3898           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3899           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3900           <li>Slide sequences</li>
3901           <li>Edit sequence in place</li>
3902           <li>EMBL CDS features</li>
3903           <li>DAS Feature mapping</li>
3904           <li>Feature ordering</li>
3905           <li>Alignment Properties</li>
3906           <li>Annotation Scores</li>
3907           <li>Sort by scores</li>
3908           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3909         </ul>
3910       </td>
3911       <td>
3912         <ul>
3913           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3914           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3915           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3916           <li>Feature group display state in XML</li>
3917           <li>Feature ordering in XML</li>
3918           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3919           <li>Stockholm alignment properties</li>
3920           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3921           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3922           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3923           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3924         </ul>
3925       </td>
3926
3927     </tr>
3928     <tr>
3929       <td>
3930         <div align="center">
3931           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3932         </div>
3933       </td>
3934       <td>
3935         <ul>
3936           <li>Non standard characters can be read and displayed
3937           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3938             applet via textbox
3939           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3940             name &amp; description
3941           <li>Preference setting to display sequence name in
3942             italics
3943           <li>Annotation file format extended to allow
3944             Sequence_groups to be defined
3945           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3946             specified in preferences
3947           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3948             sequences
3949         </ul>
3950       </td>
3951       <td>
3952         <ul>
3953           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3954             installed
3955           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3956           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3957         </ul>
3958       </td>
3959     </tr>
3960     <tr>
3961       <td>
3962         <div align="center">
3963           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3964         </div>
3965       </td>
3966       <td>
3967         <ul>
3968           <li>Multiple views on alignment
3969           <li>Sequence feature editing
3970           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3971           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3972           <li>Background dependent text colour
3973           <li>Right align sequence ids
3974           <li>User-defined lower case residue colours
3975           <li>Format Menu
3976           <li>Select Menu
3977           <li>Menu item accelerator keys
3978           <li>Control-V pastes to current alignment
3979           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3980           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3981           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3982
3983           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3984         </ul>
3985       </td>
3986       <td>
3987         <ul>
3988           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3989           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3990             calculations
3991           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3992             edits
3993           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3994             of alignment)
3995           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3996
3997           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3998             display correctly
3999           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4000           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4001             analysis results
4002           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4003             &#8739;
4004           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4005           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4006           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4007
4008         </ul>
4009       </td>
4010     </tr>
4011     <tr>
4012       <td>
4013         <div align="center">
4014           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4015         </div>
4016       </td>
4017       <td>
4018         <ul>
4019           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4020         </ul>
4021       </td>
4022       <td>
4023         <ul>
4024           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4025             sequence id panel has been resized</li>
4026           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4027             rendered</li>
4028           <li>Annotation files with sequence references - all
4029             elements in file are relative to sequence position</li>
4030           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4031         </ul>
4032       </td>
4033     </tr>
4034     <tr>
4035       <td>
4036         <div align="center">
4037           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4038         </div>
4039       </td>
4040       <td>
4041         <ul>
4042           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4043           <li>DAS Feature fetching</li>
4044           <li>Hide sequences and columns</li>
4045           <li>Export Annotations and Features</li>
4046           <li>GFF file reading / writing</li>
4047           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4048             files</li>
4049           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4050           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4051           <li>Applet can launch the full application</li>
4052           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4053             required)</li>
4054           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4055           <li>Applet can load sequences from parameter
4056             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4057           </li>
4058         </ul>
4059       </td>
4060       <td>
4061         <ul>
4062           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4063           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4064           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4065         </ul>
4066       </td>
4067     </tr>
4068     <tr>
4069       <td>
4070         <div align="center">
4071           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4072         </div>
4073       </td>
4074       <td>
4075         <ul>
4076           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4077           <li>Choose to match case when searching</li>
4078           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4079             expand the visible width and height of the alignment</li>
4080         </ul>
4081       </td>
4082       <td>
4083         <ul>
4084           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4085         </ul>
4086       </td>
4087     </tr>
4088     <tr>
4089       <td>
4090         <div align="center">
4091           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4092         </div>
4093       </td>
4094       <td>&nbsp;</td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4098           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4099             value</li>
4100         </ul>
4101       </td>
4102     </tr>
4103     <tr>
4104       <td>
4105         <div align="center">
4106           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4107         </div>
4108       </td>
4109       <td>
4110         <ul>
4111           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4112           <li>Keyboard editing</li>
4113           <li>Create sequence features from searches</li>
4114           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4115             alignments</li>
4116           <li>Features file allows grouping of features</li>
4117           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4118           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4119           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4120         </ul>
4121       </td>
4122       <td>
4123         <ul>
4124           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4125           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4126             descriptions saved.</li>
4127         </ul>
4128       </td>
4129     </tr>
4130     <tr>
4131       <td>
4132         <div align="center">
4133           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4134         </div>
4135       </td>
4136       <td>
4137         <ul>
4138           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4139           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4140           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4141             name for file output</li>
4142           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4143           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4144             used for HTML form input</li>
4145         </ul>
4146       </td>
4147       <td>
4148         <ul>
4149           <li>HTML output writes groups and features</li>
4150           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4151           <li>File IO bugs</li>
4152         </ul>
4153       </td>
4154     </tr>
4155     <tr>
4156       <td>
4157         <div align="center">
4158           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4159         </div>
4160       </td>
4161       <td>
4162         <ul>
4163           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4164           <li>More options for PCA viewer</li>
4165         </ul>
4166       </td>
4167       <td>
4168         <ul>
4169           <li>GUI bugs resolved</li>
4170           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4171         </ul>
4172       </td>
4173     </tr>
4174     <tr>
4175       <td height="63">
4176         <div align="center">
4177           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4178         </div>
4179       </td>
4180       <td>
4181         <ul>
4182           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4183           <li>Jar files are executable</li>
4184           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4185         </ul>
4186       </td>
4187       <td>
4188         <ul>
4189           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4190           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4191           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4192         </ul>
4193       </td>
4194     </tr>
4195     <tr>
4196       <td>
4197         <div align="center">
4198           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4199         </div>
4200       </td>
4201       <td>
4202         <ul>
4203           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4204         </ul>
4205       </td>
4206       <td>
4207         <ul>
4208           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4209         </ul>
4210       </td>
4211     </tr>
4212     <tr>
4213       <td>
4214         <div align="center">
4215           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4216         </div>
4217       </td>
4218       <td>
4219         <ul>
4220           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4221             size</li>
4222         </ul>
4223       </td>
4224       <td>
4225         <ul>
4226           <li>Improved JPred client reliability</li>
4227           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4228         </ul>
4229       </td>
4230     </tr>
4231     <tr>
4232       <td>
4233         <div align="center">
4234           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4235         </div>
4236       </td>
4237       <td>
4238         <ul>
4239           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4240           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4241           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4242             to Colour Menu</li>
4243           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4244           <li>Unix users can set default web browser</li>
4245           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4246           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4247         </ul>
4248       </td>
4249       <td>
4250         <ul>
4251           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4252         </ul>
4253       </td>
4254     </tr>
4255     <tr>
4256       <td>
4257         <div align="center">
4258           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4259         </div>
4260       </td>
4261       <td>&nbsp;</td>
4262       <td>
4263         <ul>
4264           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4265             alignment order.</li>
4266         </ul>
4267       </td>
4268     </tr>
4269     <tr>
4270       <td>
4271         <div align="center">
4272           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4273         </div>
4274       </td>
4275       <td>
4276         <ul>
4277           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4278           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4279           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4280             annotations.</li>
4281           <li>Version and build date written to build properties
4282             file.</li>
4283           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4284             at launch of Jalview.</li>
4285         </ul>
4286       </td>
4287       <td>
4288         <ul>
4289           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4290           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4291           <li>Can remove groups one by one.</li>
4292           <li>Filechooser icons installed.</li>
4293           <li>Finder ignores return character when searching.
4294             Return key will initiate a search.<br>
4295           </li>
4296         </ul>
4297       </td>
4298     </tr>
4299     <tr>
4300       <td>
4301         <div align="center">
4302           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4303         </div>
4304       </td>
4305       <td>
4306         <ul>
4307           <li>New codebase</li>
4308         </ul>
4309       </td>
4310       <td>&nbsp;</td>
4311     </tr>
4312   </table>
4313   <p>&nbsp;</p>
4314 </body>
4315 </html>