help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><br />
  61             <em>01/10/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li><!-- -->
  66           </li>
  67         </ul>
  68         <em>Deprecations</em>
  69       </td>
  70       <td align="left" valign="top">
  71         <ul>
  72         </ul>
  73         <em>Java 11 Compatibility issues</em>
  74         <ul>
  75           <li>
  76             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
  77           </li>
  78         </ul>
  79       </td>
  80     </tr>
  81     <tr>
  82       <td width="60" align="center" nowrap>
  83           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
  84             <em>04/07/2019</em></strong>
  85       </td>
  86       <td align="left" valign="top">
  87         <ul>
  88           <li>
  89             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
  90             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
  91             source project) rather than InstallAnywhere
  92           </li>
  93           <li>
  94             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
  95             settings, receive over the air updates and launch specific
  96             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
  97               Rings' GetDown</a>)
  98           </li>
  99                                         <li>
 100                                                 <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 101                                                 formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 102                                         </li>
 103                                         <li>
 104                                                 <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 105                                                 arguments and switch between different getdown channels
 106                                         </li>
 107                                         <li>
 108                                                 <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 109                                                 or alignment files
 110                                         </li>
 111
 112                                         <li>
 113             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 114             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 115           <li>
 116             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 117             'Translate as cDNA'</li>
 118           <li>
 119             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 120                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 121                                                 <ul>
 122                                                           <li>
 123             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 124             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 125           <li>
 126                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 127                 features can be filtered and shaded according to any
 128                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 129                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 130                 file)
 131               </li>
 132               <li>
 133                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 134                 stored and restored from Jalview Projects
 135               </li>
 136               <li>
 137                                                                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 138                                                                 recognise variant features
 139                                                         </li>
 140                                                         <li>
 141                                                                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 142                                                                 sequences (also coloured red by default)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 146                                                                 details
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 150                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 154                                                                 dialog
 155                                                         </li>
 156                                                 </ul>
 157                                         </li>
 158                                         <li>
 159                                                 <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 160                                                 tree and PCA calculations
 161                                         </li>
 162                                         <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 163             <ul>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 166                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 167                                                         </li>
 168                                                         <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 169                                                                 drop-down menus</li>
 170                                                         <li>
 171                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 172                                                                 incrementally
 173                                                         </li>
 174                                                         <li>
 175                                                                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 176                                                         </li>
 177                                                 </ul>
 178                                         </li>
 179                                         <li>
 180                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 181                                         </li>
 182                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 183                                         <ul>
 184                                                         <li>
 185                                                                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 186                                                                 multiple groups when working with large alignments
 187                                                         </li>
 188                                                         <li>
 189                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 190                                                                 Stockholm files
 191                                                         </li>
 192                                                 </ul>
 193                                         <li><strong>User Interface</strong>
 194                                         <ul>
 195                                                         <li>
 196                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 197                                                                 view
 198                                                         </li>
 199                                                         <li>
 200                                                                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 201                                                                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 202                                                                 default (can be changed in user preferences)
 203                                                         </li>
 204                                                         <li>
 205                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 206                                                                 to the Overwrite Dialog
 207                                                         </li>
 208                                                         <li>
 209                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 210                                                                 sequences are hidden
 211                                                         </li>
 212                                                         <li>
 213                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 214                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 215                                                         </li>
 216                                                         <li>
 217                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 218                                                                 labels
 219                                                         </li>
 220                                                         <li>
 221                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 222                                                                 when in wrapped mode
 223                                                         </li>
 224                                                         <li>
 225                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 226                                                                 annotation
 227                                                         </li>
 228                                                         <li>
 229                                                                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 230                                                         </li>
 231                                                         <li>
 232                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 233                                                                 panel
 234                                                         </li>
 235                                                         <li>
 236                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 237                                                                 popup menu
 238                                                         </li>
 239                                                         <li>
 240                                                         <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 241                                                         <li>
 242                                                         <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 243
 244
 245                                                 </ul></li>
 246                                                 <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 247                                         <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 248                                                 <ul>
 249                                                         <li>
 250                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 251                                                                 trapping CMD-Q
 252                                                         </li>
 253                                                 </ul></li>
 254                                 </ul>
 255         <em>Deprecations</em>
 256         <ul>
 257           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 258             capabilities removed from the Jalview Desktop
 259           </li>
 260           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 261             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 262             and XML based data retrieval clients</li>
 263           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 264           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 265         </ul> <em>Documentation</em>
 266                                 <ul>
 267                                         <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 268                                                 not supported in EPS figure export
 269                                         </li>
 270                                         <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 271                                 </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 272         <ul>
 273                 <li>
 274                 <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 275                                         </li>
 276                         <li>
 277                         <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 278           <li>
 279           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 280             gradle-eclipse
 281           </li>
 282           <li>
 283           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 284             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 285             execution
 286           </li>
 287           <li>
 288           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 289             operations
 290           </li>
 291           <li>
 292           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 293             issues resolved
 294           </li>
 295           <li>
 296           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 297             markdown (with HTML rendering)
 298           </li>
 299           <li>
 300           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 301           </li>
 302           <li>
 303           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 304             versions of Jalview
 305           </li>
 306         </ul>
 307       </td>
 308                         <td align="left" valign="top">
 309                                 <ul>
 310                                         <li>
 311                                                 <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 312                                         </li>
 313                                         <li>
 314                                                 <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 315                                                 superposition in Jmol fail on Windows
 316                                         </li>
 317                                         <li>
 318                                                 <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 319                                                 structures for sequences with lots of PDB structures
 320                                         </li>
 321                                         <li>
 322                                                 <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 323                                                 monospaced font
 324                                         </li>
 325                                         <li>
 326                                                 <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 327                                                 project involving multiple views
 328                                         </li>
 329                                         <li>
 330                                                 <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 331                                                 CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 332                                                 Annotation dialog hides columns
 333                                         </li>
 334                                         <li>
 335                                                 <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 336                                                 CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 337                                                 one view, then making another selection in the other view
 338                                         </li>
 339                                         <li>
 340                                                 <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 341                                                 columns
 342                                         </li>
 343                                         <li>
 344                                                 <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 345                                                 Settings and Jalview Preferences panels
 346                                         </li>
 347                                         <li>
 348                                                 <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 349                                                 overview with large alignments
 350                                         </li>
 351                                         <li>
 352                                                 <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 353                                                 region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 354                                                 mouse moved to the left of the first column
 355                                         </li>
 356                                         <li>
 357                                                 <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 358                                                 hidden column marker via scale popup menu
 359                                         </li>
 360                                         <li>
 361                                                 <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 362                                                 doesn't tell users the invalid URL
 363                                         </li>
 364                                         <li>
 365                                                 <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 366                                                 score from view
 367                                         </li>
 368                                         <li>
 369                                                 <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 370                                                 show cross references or Fetch Database References are shown in
 371                                                 red in original view
 372                                         </li>
 373           <li>
 374             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 375             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 376           </li>
 377                                         <li>
 378                                                 <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 379                                                 manually created features (where feature score is Float.NaN)
 380                                         </li>
 381                                         <li>
 382                                                 <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 383                                                 when columns are hidden
 384                                         </li>
 385                                         <li>
 386                                                 <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 387                                                 Columns by Annotation description
 388                                         </li>
 389                                         <li>
 390                                                 <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 391                                                 out of Scale or Annotation Panel
 392                                         </li>
 393                                         <li>
 394                                                 <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 395                                                 scale panel
 396                                         </li>
 397                                         <li>
 398                                                 <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 399                                                 alignment down
 400                                         </li>
 401                                         <li>
 402                                                 <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 403                                                 scale panel
 404                                         </li>
 405                                         <li>
 406                                                 <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 407                                                 Page Up in wrapped mode
 408                                         </li>
 409                                         <li>
 410                                                 <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 411                                         </li>
 412                                         <li>
 413                                                 <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 414                                         </li>
 415                                         <li>
 416                                                 <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 417                                                 on opening an alignment
 418                                         </li>
 419                                         <li>
 420                                                 <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 421                                                 Colour menu
 422                                         </li>
 423                                         <li>
 424                                                 <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 425                                                 different groups in the alignment are selected
 426                                         </li>
 427                                         <li>
 428                                                 <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 429                                                 correctly in menu
 430                                         </li>
 431                                         <li>
 432                                                 <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 433                                                 threshold limit
 434                                         </li>
 435                                         <li>
 436                                                 <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 437                                                 threshold gets 'unrounded'
 438                                         </li>
 439                                         <li>
 440                                                 <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 441                                                 colour
 442                                         </li>
 443                                         <li>
 444                                                 <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 445                                         </li>
 446                                         <li>
 447                                                 <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 448                                         </li>
 449                                         <li>
 450                                                 <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 451                                                 Tree font
 452                                         </li>
 453                                         <li>
 454                                                 <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 455                                                 project file
 456                                         </li>
 457                                         <li>
 458                                                 <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 459                                                 shown in complementary view
 460                                         </li>
 461                                         <li>
 462                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 463                                                 without normalisation
 464                                         </li>
 465                                         <li>
 466                                                 <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 467                                                 of report
 468                                         </li>
 469                                         <li>
 470                                                 <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 471                                         </li>
 472                                   <li>
 473                                   <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 474                                   </li>
 475                                 </ul> <em>Editing</em>
 476                                 <ul>
 477                                         <li>
 478                                                 <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 479                                                 data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 480                                                 sequence
 481                                         </li>
 482                                         <li>
 483                                                 <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 484                                                 relocate sequence features correctly when start of sequence is
 485                                                 removed (Known defect since 2.10)
 486                                         </li>
 487                                         <li>
 488                                                 <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 489                                                 dialog corrupts dataset sequence
 490                                         </li>
 491                                         <li>
 492                                                 <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 493                                                 repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 494                                         </li>
 495                                 </ul> <em>Datamodel</em>
 496         <ul>
 497           <li>
 498             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 499             sequence's End is greater than its length
 500           </li>
 501         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 502           general release)</em>
 503         <ul>
 504           <li>
 505             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 506           </li>
 507         </ul> <em>New Known Defects</em>
 508         <ul>
 509                                 <li>
 510                                 <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 511                                 </li>
 512                                         <li>
 513                                                 <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 514                                                 regions of protein alignment.
 515                                         </li>
 516                                         <li>
 517                                                 <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 518                                                 is restored from a Jalview 2.11 project
 519                                         </li>
 520                                         <li>
 521                                                 <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 522                                                 'New View'
 523                                         </li>
 524                                         <li>
 525                                                 <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 526                                                 columns within hidden columns
 527                                         </li>
 528                                         <li>
 529                                                 <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 530                                                 window after dragging left to select columns to left of visible
 531                                                 region
 532                                         </li>
 533                                         <li>
 534                                                 <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 535                                                 string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 536                                                 not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 537                                                 create a Score filter instead.
 538                                         </li>
 539                                         <li>
 540                                         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 541                                         <li>
 542                                         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 543                                         </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 546             alignments with multiple views can close views unexpectedly
 547           </li>
 548           </ul>
 549           <em>Java 11 Specific defects</em>
 550             <ul>
 551               <li>
 552                 <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 553                 alphabetically when saved
 554               </li>
 555           </ul>
 556                         </td>
 557                 </tr>
 558     <tr>
 559     <td width="60" nowrap>
 560       <div align="center">
 561         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 562       </div>
 563     </td>
 564     <td><div align="left">
 565         <em></em>
 566         <ul>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 569               InstallAnywhere increased to 1G.
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 573               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 574               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 575                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 576                 properties file.</em>
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 580               API and sequence data now imported as JSON.
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 584               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 585               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 586               property.
 587             </li>
 588           </ul>
 589           <em>Development</em>
 590           <ul>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 593               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 594                 Clover</a>
 595             </li>
 596           </ul>
 597         </div></td>
 598     <td><div align="left">
 599         <em></em>
 600         <ul>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 603               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 604               alignment.
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 608               annotation displayed.
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 612               for newly created group when 'Apply to all groups'
 613               selected
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 617               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 618               visible.
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 622               when sequences are selected in exported view.</em>
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 626               aren't rendered with correct colour.
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 630               types of knotted RNA secondary structure.
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 634               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 635               do not start at 1.
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 639               annotation when columns are inserted into an alignment,
 640               and when exporting as Stockholm flatfile.
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 644               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 645               treated as RNA secondary structure.
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 649               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 653               transfers focus to previous window on OSX
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 660               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 661               box.
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 665               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 666               'look and feel' which has improved compatibility with the
 667               latest version of OSX.
 668             </li>
 669           </ul>
 670         </div>
 671     </td>
 672     </tr>
 673     <tr>
 674       <td width="60" nowrap>
 675         <div align="center">
 676           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 677             <em>7/06/2018</em></strong>
 678         </div>
 679       </td>
 680       <td><div align="left">
 681           <em></em>
 682           <ul>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 685               annotation retrieved from Uniprot
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 689               onto the Jalview Desktop
 690             </li>
 691           </ul>
 692         </div></td>
 693       <td><div align="left">
 694           <em></em>
 695           <ul>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 698               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 702               right-hand column parsed correctly
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 706               not alignment area in exported graphic
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 710               window has input focus
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 714               annotation added to view (Windows)
 715             </li>
 716             <li>
 717               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 718               network connectivity is poor
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 722               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 723                 the currently open URL and links from a page viewed in
 724                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 725                 you are using Edge, only links in the page can be
 726                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 727                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 728             </li>
 729           </ul>
 730           <em>New Known Defects</em>
 731           <ul>
 732             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 733           </ul>
 734         </div></td>
 735     </tr>
 736     <tr>
 737       <td width="60" nowrap>
 738         <div align="center">
 739           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 740         </div>
 741       </td>
 742       <td><div align="left">
 743           <em></em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 747               for disabling automatic superposition of multiple
 748               structures and open structures in existing views
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 752               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 753               adjust them.
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 757               Ensembl services
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 761               and lots of hidden columns
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 765               of features (particularly when transparency is disabled)
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
 769               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
 770               generally available
 771             </li>
 772           </ul>
 773           </div>
 774       </td>
 775       <td><div align="left">
 776           <ul>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 779               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 783               overlapping alignment panel
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 787               sequence as gaps
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 791               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 792               UTR
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 796               factor annotation not added to sequence when local PDB
 797               file associated with it by drag'n'drop or structure
 798               chooser
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 802               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 806               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 810               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 814               columns in annotation row
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 818               honored in batch mode
 819             </li>
 820             <li>
 821               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 822               for structures added to existing Jmol view
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 826               entries after importing project with multiple views
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 830               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 831               with negative residue numbers or missing residues fails
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 835               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 836               as generated by CONSURF)
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 840               tooltip doesn't include a text description of mutation
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 844               structure and/or overview windows are also shown
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 848               very slow for alignments with large numbers of sequences
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 852               with 'StringIndexOutOfBounds'
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 856               platforms running Java 10
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 860               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 861             </li>
 862           </ul>
 863           <em>Applet</em>
 864           <ul>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 867               should copy the group consensus when popup is opened on it
 868             </li>
 869           </ul>
 870           <em>Batch Mode</em>
 871           <ul>
 872           <li>
 873             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 874           </li>
 875           </ul>
 876           <em>New Known Defects</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 880               editing a large alignment and overview is displayed
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 884               repeatedly after a series of edits even when the overview
 885               is no longer reflecting updates
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 889               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 890               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 891               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 892             </li>
 893                                                 <li>
 894                                                         <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
 895                                                         option gives blank output
 896                                                 </li>
 897                                         </ul>
 898         </div>
 899           </td>
 900     </tr>
 901     <tr>
 902       <td width="60" nowrap>
 903         <div align="center">
 904           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 905         </div>
 906       </td>
 907       <td><div align="left">
 908           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 909               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 910       <td><div align="left">
 911           <em>Desktop</em><ul>
 912           <ul>
 913             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 914             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 915             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 916             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 917             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 918             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 919             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 920           </ul>
 921           </div>
 922       </td>
 923     </tr>
 924     <tr>
 925       <td width="60" nowrap>
 926         <div align="center">
 927           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 928         </div>
 929       </td>
 930       <td><div align="left">
 931           <em></em>
 932           <ul>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 935               rendering of sequence features
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 939               429 rate limit request hander
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 943               their colours have changed
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 947               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 951               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 955               view from Ensembl locus cross-references
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 959               Alignment report
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 963               feature can be disabled
 964             </li>
 965             <li>
 966               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 967               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 971               Uniprot
 972             </li>
 973           </ul>
 974           <em>Scripting</em>
 975           <ul>
 976             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 977             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 978               percent identity scores for current alignment.</li>
 979           </ul>
 980           <em>Testing and Deployment</em>
 981           <ul>
 982             <li>
 983               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 984             </li>
 985           </ul>
 986         </div></td>
 987       <td><div align="left">
 988           <em>General</em>
 989           <ul>
 990             <li>
 991               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 992               threshold text field doesn't trigger an update to the
 993               alignment view
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 997               strings in parallel
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1001               alignment window is closed
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1005               group visibility
1006             </li>
1007             <li>
1008               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1009               takes a long time in Cursor mode
1010             </li>
1011           </ul>
1012           <em>Desktop</em>
1013           <ul>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1016               cannot be viewed in Chimera
1017             </li>
1018             <li>
1019               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1020               CDS/Protein view
1021             </li>
1022             <li>
1023               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1024               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1025               Search Dialogs
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1029             </li>
1030             <li>
1031               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1035               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1039               scrolling right in unwapped alignment view
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1043               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1044               database
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1048               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1052               features of same type and group to be selected for
1053               amending
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1057               alignments when hidden columns are present
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1061               displaying several structures
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1065               moving a window
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1069               within the Jalview desktop on OSX
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1073               when in wrapped alignment mode
1074             </li>
1075             <li>
1076               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1077               hand end of alignment
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1081               each selected sequence do not have correct start/end
1082               positions
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1086               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1090               restoring project until a new view is created
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1094               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1095               configured (since 2.10.2b2)
1096             </li>
1097             <li>
1098               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1099               position is adjusted
1100             </li>
1101             <li>
1102               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1103               in a multi-chain structure when viewing alignment
1104               involving more than one chain (since 2.10)
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1108               if new selection moves alignment window
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1112               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1113             </li>
1114             <li>
1115               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1116               that produces correctly annotated transcripts and products
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1120               doesn't update associated structure view
1121             </li>
1122           </ul>
1123           <em>Applet</em><br />
1124           <ul>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1127               closing alignment panel
1128             </li>
1129           </ul>
1130           <em>BioJSON</em><br />
1131           <ul>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1134               non-positional features
1135             </li>
1136           </ul>
1137           <em>New Known Issues</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1141               sequence features correctly (for many previous versions of
1142               Jalview)
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1146               using cursor in wrapped panel other than top
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1150               graduated colour threshold
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1154               always preserve numbering and sequence features
1155             </li>
1156           </ul>
1157           <em>Known Java 9 Issues</em>
1158           <ul>
1159             <li>
1160               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1161               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1162               9.01, OSX 10.10)
1163             </li>
1164           </ul>
1165         </div></td>
1166     </tr>
1167     <tr>
1168       <td width="60" nowrap>
1169         <div align="center">
1170           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1171             <em>2/10/2017</em></strong>
1172         </div>
1173       </td>
1174       <td><div align="left">
1175           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1176           <ul>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1179             </li>
1180             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1181             </li>
1182           </ul>
1183         </div></td>
1184       <td><div align="left">
1185         </div></td>
1186     </tr>
1187     <tr>
1188       <td width="60" nowrap>
1189         <div align="center">
1190           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1191             <em>7/9/2017</em></strong>
1192         </div>
1193       </td>
1194       <td><div align="left">
1195           <em></em>
1196           <ul>
1197             <li>
1198               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1199               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1200               white)
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1204               Preferences
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1208               in size and progress bar shown as higher resolution
1209               overview is recalculated
1210             </li>
1211
1212           </ul>
1213         </div></td>
1214       <td><div align="left">
1215           <em></em>
1216           <ul>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1219               column region row by row
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1223               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1227               format setting is unticked
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1231               if group has show boxes format setting unticked
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1235               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1236               include sequences and columns not currently displayed
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1240               assemblies are imported via CIF file
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1244               displayed when threshold or conservation colouring is also
1245               enabled.
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1249               server version
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1253               dragging a selected region off the visible region of the
1254               alignment
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1258               colourscheme to all groups in a view
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1262               initially after font size change using the Font chooser or
1263               middle-mouse zoom
1264             </li>
1265           </ul>
1266         </div></td>
1267     </tr>
1268     <tr>
1269       <td width="60" nowrap>
1270         <div align="center">
1271           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1272         </div>
1273       </td>
1274       <td><div align="left">
1275           <em>Calculations</em>
1276           <ul>
1277
1278             <li>
1279               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1280               ungapped positions in each column of the alignment.
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1284               a calculation dialog box
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1288               and memory efficiency (~30x faster)
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1292               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1293               and other calculations
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1297               files within the Jalview codebase
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1301               Similarity may have different topology due to increased
1302               precision
1303             </li>
1304           </ul>
1305           <em>Rendering</em>
1306           <ul>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1309               model for alignments and groups
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1313               scripts
1314             </li>
1315           </ul>
1316           <em>Overview</em>
1317           <ul>
1318             <li>
1319               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1320               with alignment and overview windows
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1324               overview
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1328               omitted in Overview
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1332               adjustment of visible position
1333             </li>
1334           </ul>
1335
1336           <em>Data import/export</em>
1337           <ul>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1340               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1344               annotation input/output via stockholm flatfile
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1348               extension when importing structure files without embedded
1349               names or PDB accessions
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1353               format sequence substitution matrices
1354             </li>
1355           </ul>
1356           <em>User Interface</em>
1357           <ul>
1358             <li>
1359               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1360               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1361               the application.
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1365               via Overview or sequence motif search operations
1366             </li>
1367             <li>
1368               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1369               opened by double clicking gaps within sequence feature
1370               extent
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1374               aligned positions were available to create a 3D structure
1375               superposition.
1376             </li>
1377           </ul>
1378           <em>3D Structure</em>
1379           <ul>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1382               coloured in linked structure views
1383             </li>
1384             <li>
1385               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1386               file-based command exchange
1387             </li>
1388             <li>
1389               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1390               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1391               structures are already available for sequences
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1395               the Jalview project rather than downloaded again when the
1396               project is reopened.
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1400               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1401               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1402                 Feature</strong>)
1403             </li>
1404           </ul>
1405           <em>Web Services</em>
1406           <ul>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1412               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1413               Analysis services
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1417               cross-references provided by identifiers.org and the
1418               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1419             </li>
1420           </ul>
1421
1422           <em>Scripting</em>
1423           <ul>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1426               identifying file formats (instead of String constants)
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1430               efficiency when counting all displayed features (not
1431               backwards compatible with 2.10.1)
1432             </li>
1433           </ul>
1434           <em>Example files</em>
1435           <ul>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1438               included in the example feature file
1439             </li>
1440           </ul>
1441           <em>Documentation</em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1445               with the built-in Java help viewer
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1449               sequence description' option
1450             </li>
1451           </ul>
1452           <em>Test Suite</em>
1453           <ul>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1456               Uniprot REST Free Text Search Client
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1463               during tests
1464             </li>
1465           </ul>
1466         </div></td>
1467       <td><div align="left">
1468           <em>Calculations</em>
1469           <ul>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1472               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1473               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1474             </li>
1475             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1476               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1477               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1478               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1479               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1480               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1481               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1482               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1483               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1484               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1485               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1486               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1487               // for 2.10.1 mode <br />
1488               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1489               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1490                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1491                 calculations (not recommended)</em></li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1494               scaling of branch lengths for trees computed using
1495               Sequence Feature Similarity.
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1499               generating output report when working with highly
1500               redundant alignments
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1504               right of selected region when gaps present on right-hand
1505               boundary
1506             </li>
1507           </ul>
1508           <em>User Interface</em>
1509           <ul>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1512               doesn't reselect a specific sequence's associated
1513               annotation after it was used for colouring a view
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1517               opened on a region of alignment without groups
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1521               of an alignment with overlapping groups
1522             </li>
1523             <li>
1524               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1525               name and description match
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1529               hidden regions results in incorrect hidden regions
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1533               changing colour does not apply Conservation slider value
1534               to all groups
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1538               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1542               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1546               gaps before start of features
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1550               restored to UI when feature colour is edited
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1554               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1558               as graduate feature colour settings are modified via the
1559               dialog box
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1563               when a group defined on the alignment is resized
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1567               wrapped view result in positional status updates
1568             </li>
1569
1570             <li>
1571               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1572               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1573             </li>
1574             <li>
1575               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1576               alignment included gapped columns
1577             </li>
1578             <li>
1579               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1580               widgets don't permanently disappear
1581             </li>
1582             <li>
1583               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1584               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1585               T-Coffee column reliability scores)
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1589               sequence feature on gaps only
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1593               button from a Find inherit previously defined feature type
1594               rather than the Find query string
1595             </li>
1596             <li>
1597               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1598               exporting tree calculated in Jalview
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1602               and then revealing them reorders sequences on the
1603               alignment
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1607               doesn't update to reflect available set of groups after
1608               interactively adding or modifying features
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1612               Linux
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1616               only excluded gaps in current sequence and ignored
1617               selection.
1618             </li>
1619           </ul>
1620           <em>Rendering</em>
1621           <ul>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1624               erratically when hidden rows or columns are present
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1628               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1629               sequence colouring
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1633               colour and group colour menu for protein alignments
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1637               reflect currently selected view or group's shading
1638               thresholds
1639             </li>
1640             <li>
1641               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1642               when rendered on overview and structures when opacity at
1643               100%
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1647               overview when features overlaid on alignment
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1651               recovered correctly from Jalview project file
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1655               (automatically via preferences) are different to the main
1656               alignment panel
1657             </li>
1658           </ul>
1659           <em>Data import/export</em>
1660           <ul>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1663               load
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1667               added after a sequence was imported are not written to
1668               Stockholm File
1669             </li>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1672               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1676               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1680               with lightGray or darkGray via features file (but can
1681               specify lightgray)
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1685               when alignment view imported from project
1686             </li>
1687             <li>
1688               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1689               structure and sequences extracted from structure files
1690               imported via URL and viewed in Jmol
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1694               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1695               the project is loaded and the structure viewed
1696             </li>
1697           </ul>
1698           <em>Web Services</em>
1699           <ul>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1702               release of Ensembl v.88
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1706               appear enabled in Preferences->Connections
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1710               removed from console output
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1714               Ensembl by Peptide ID
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1718               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1719               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1720               due to 'null' string rather than empty string used for
1721               residues with no corresponding PDB mapping).
1722             </li>
1723           </ul>
1724           <em>Application UI</em>
1725           <ul>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1728               menu
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1732               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1733               new documentation and tooltips added)
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1737               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1741               new features are added to alignment
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1745               changes to feature colours via the Amend features dialog
1746             </li>
1747             <li>
1748               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1749               edit graduated feature colour via amend features dialog
1750               box
1751             </li>
1752             <li>
1753               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1754               selection menu changes colours of alignment views
1755             </li>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1758               from alignment calculation workers after alignment has
1759               been closed
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1763               groups now 'Create Group'
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1767               Create/Undefine group doesn't always work
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1771               shown again after pressing 'Cancel'
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1775               adjusts start position in wrap mode
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1779               ambiguous amino acids
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1783               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1784               proteins
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1788               Defined' don't appear in Colours menu
1789             </li>
1790           </ul>
1791           <em>Applet</em>
1792           <ul>
1793             <li>
1794               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1795               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1796             </li>
1797             <li>
1798               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1799               overview or linked structure view
1800             </li>
1801             <li>
1802               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1803               work (since 2.8)
1804             </li>
1805             <li>
1806               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1807               user-defined colourscheme doesn't restore original
1808               colourscheme
1809             </li>
1810           </ul>
1811           <em>Test Suite</em>
1812           <ul>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1815               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1819               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1820               problems with deep array comparison equality asserts in
1821               successive versions of TestNG
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1825               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1826             </li>
1827           </ul>
1828           <em>New Known Issues</em>
1829           <ul>
1830             <li>
1831               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1832               phase after a sequence motif find operation
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1836               containing just upper and lower case letters are
1837               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1838             </li>
1839             <li>
1840               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1841               reliably from eggnog Ortholog database
1842             </li>
1843             <li>
1844               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1845               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1846               to mark columns containing highlighted regions.
1847             </li>
1848             <li>
1849               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1850               doesn't always add secondary structure annotation.
1851             </li>
1852           </ul>
1853         </div>
1854     <tr>
1855       <td width="60" nowrap>
1856         <div align="center">
1857           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1858         </div>
1859       </td>
1860       <td><div align="left">
1861           <em>General</em>
1862           <ul>
1863             <li>
1864               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1865               for all consensus calculations
1866             </li>
1867             <li>
1868               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1869               3rd Oct 2016)
1870             </li>
1871             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1872               for 2016-2017</li>
1873           </ul>
1874           <em>Application</em>
1875           <ul>
1876             <li>
1877               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1878               set of database cross-references, sorted alphabetically
1879             </li>
1880             <li>
1881               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1882               from database cross references. Users with custom links
1883               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1884                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1888               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1889               Chimera session
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1893               the Chimera it is connected to is shut down
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1897               columns menu item to mark columns containing highlighted
1898               regions (e.g. from structure selections or results of a
1899               Find operation)
1900             </li>
1901             <li>
1902               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1903               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1904               MSAviewer
1905             </li>
1906           </ul>
1907         </div></td>
1908       <td>
1909         <div align="left">
1910           <em>General</em>
1911           <ul>
1912             <li>
1913               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1914               are not coloured or thresholded according to percent
1915               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1916             </li>
1917             <li>
1918               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1919               hydrophobic
1920             </li>
1921             <li>
1922               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1923               threshold, amino acid properties)
1924             </li>
1925             <li>
1926               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1927               reported as mapped to residues in a structure file in the
1928               View Mapping report
1929             </li>
1930             <li>
1931               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1932               could be added multiple times to a sequence
1933             </li>
1934             <li>
1935               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1936               bond features shown as two highlighted residues rather
1937               than a range in linked structure views, and treated
1938               correctly when selecting and computing trees from features
1939             </li>
1940             <li>
1941               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1942               cross-references are matched to database name regardless
1943               of case
1944             </li>
1945
1946           </ul>
1947           <em>Application</em>
1948           <ul>
1949             <li>
1950               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1951               names without regular expressions also offer links from
1952               Sequence ID
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1956               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1957               update Jalview configuration
1958             </li>
1959             <li>
1960               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1961               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1962             </li>
1963             <li>
1964               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1965               files with similarly named sequences if dropped onto the
1966               alignment
1967             </li>
1968             <li>
1969               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1970               entries where more chains exist in the PDB accession than
1971               are reported in the SIFTS file
1972             </li>
1973             <li>
1974               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1975               the structure view when displayed with Chimera
1976             </li>
1977             <li>
1978               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1979               panel's View->Show Chains submenu
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1983               work for wrapped alignment views
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1987               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1991               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1992               first annotation row
1993             </li>
1994             <li>
1995               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1996               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2000               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2001             </li>
2002             <!-- JAL-2319 -->
2003             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2004             coordindate data
2005             </li>
2006           </ul>
2007           <!--           <em>New Known Issues</em>
2008           <ul>
2009             <li></li>
2010           </ul> -->
2011         </div>
2012       </td>
2013     </tr>
2014     <td width="60" nowrap>
2015       <div align="center">
2016         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2017           <em>25/10/2016</em></strong>
2018       </div>
2019     </td>
2020     <td><em>Application</em>
2021       <ul>
2022         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2023           view if structures already loaded</li>
2024         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2025           structure views</li>
2026       </ul></td>
2027     <td>
2028       <div align="left">
2029         <em>General</em>
2030         <ul>
2031           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2032             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2033           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2034             example sequences/projects/trees</li>
2035         </ul>
2036         <em>Application</em>
2037         <ul>
2038           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2039             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2040           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2041             without timeout for structures with multiple models or
2042             multiple sequences in alignment</li>
2043           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2044             PDB ID HEADER line</li>
2045           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2046             is performed</li>
2047           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2048             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2049           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2050           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2051             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2052             option</li>
2053           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2054             is created on the alignment</li>
2055           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2056             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2057             pop-up menu</li>
2058         </ul>
2059         <em>Build and deployment</em>
2060         <ul>
2061           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2062             tags</li>
2063         </ul>
2064         <em>New Known Issues</em>
2065         <ul>
2066           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2067             on Windows</li>
2068         </ul>
2069       </div>
2070     </td>
2071     </tr>
2072     <tr>
2073       <td width="60" nowrap>
2074         <div align="center">
2075           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2076         </div>
2077       </td>
2078       <td><em>General</em>
2079         <ul>
2080           <li>
2081             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2082           </li>
2083           <li>
2084             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2085             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2086             better PDB parsing.
2087           </li>
2088           <li>
2089             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2090             reference sequence
2091           </li>
2092           <li>
2093             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2094             mousing over sequence associated annotation
2095           </li>
2096           <li>
2097             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2098             for manual entry
2099           </li>
2100           <li>
2101             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2102             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2103             for each column
2104           </li>
2105           <li>
2106             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2107             showing or hiding columns containing a feature
2108           </li>
2109           <li>
2110             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2111             group and sequence associated annotation labels
2112           </li>
2113           <li>
2114             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2115             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2116             dialogs
2117           </li>
2118
2119         </ul> <em>Application</em>
2120         <ul>
2121           <li>
2122             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2123             gene/transcript view
2124           </li>
2125           <li>
2126             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2127             dialog
2128           </li>
2129           <li>
2130             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2131             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2132           </li>
2133           <li>
2134             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2135             Pfam sources to xfam.org
2136           </li>
2137           <li>
2138             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2139           </li>
2140           <li>
2141             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2142             over sequences in Jalview
2143           </li>
2144           <li>
2145             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2146             regions in ENA and EMBL
2147           </li>
2148           <li>
2149             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2150             for record retrieval via ENA rest API
2151           </li>
2152           <li>
2153             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2154             complement operator
2155           </li>
2156           <li>
2157             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2158             groovy script execution
2159           </li>
2160           <li>
2161             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2162             alignment window's Calculate menu
2163           </li>
2164           <li>
2165             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2166             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2167           </li>
2168           <li>
2169             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2170             calculation workers from groovy scripts
2171           </li>
2172           <li>
2173             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2174             Jalview projects
2175           </li>
2176           <li>
2177             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2178             associations are now saved/restored from project
2179           </li>
2180           <li>
2181             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2182             before sequence fetcher is opened
2183           </li>
2184           <li>
2185             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2186             database chooser opens a sequence fetcher
2187           </li>
2188           <li>
2189             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2190             the UniProt REST API
2191           </li>
2192           <li>
2193             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2194             the news reader opening
2195           </li>
2196           <li>
2197             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2198             querying stored in preferences
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2202             search results
2203           </li>
2204           <li>
2205             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2206           </li>
2207           <li>
2208             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2209             menu for nucleotide sequences
2210           </li>
2211           <li>
2212             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2213             and feature counts preserves alignment ordering (and
2214             debugged for complex feature sets).
2215           </li>
2216           <li>
2217             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2218             viewing structures with Jalview 2.10
2219           </li>
2220           <li>
2221             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2222             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2223             Ensembl Genomes REST API
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2227             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2228             (Ensembl)
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2232             sequences
2233           </li>
2234           <li>
2235             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2236             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2237             data from external database records.
2238           </li>
2239           <li>
2240             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2241             efficient recovery of sequence coding and alignment
2242             annotation relationships.
2243           </li>
2244         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2245         <ul>
2246           <li>
2247             -- JAL---
2248           </li>
2249         </ul> --></td>
2250       <td>
2251         <div align="left">
2252           <em>General</em>
2253           <ul>
2254             <li>
2255               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2256               menu on OSX
2257             </li>
2258             <li>
2259               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2260               includes graduated colourschemes
2261             </li>
2262             <li>
2263               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2264               working with big alignments and lots of hidden columns
2265             </li>
2266             <li>
2267               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2268               at right of alignment window
2269             </li>
2270             <li>
2271               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2272               contents
2273             </li>
2274             <li>
2275               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2276               for DNA alignments
2277             </li>
2278             <li>
2279               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2280               based tree calculation
2281             </li>
2282             <li>
2283               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2284               unconserved enabled for group on alignment
2285             </li>
2286             <li>
2287               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2288               set as reference
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2292               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2293               annotation
2294             </li>
2295             <li>
2296               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2297               hidden columns present
2298             </li>
2299             <li>
2300               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2301               user created annotation added to alignment
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2305               '()' base pair annotation
2306             </li>
2307             <li>
2308               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2309               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2310               Consensus
2311             </li>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2314               feature not working
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2318               beginning of sequence
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2322               entry 3a6s
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2326               from a tree when t-coffee scores are shown
2327             </li>
2328             <li>
2329               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2330               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2331             </li>
2332             <li>
2333               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2334               some structures
2335             </li>
2336             <li>
2337               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2338               to Clustal, PIR and PileUp output
2339             </li>
2340             <li>
2341               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2342               not visible causes alignment window to repaint
2343             </li>
2344             <li>
2345               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2346               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2347               scores associated with features and annotation rows
2348             </li>
2349             <li>
2350               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2351               calculation should be case independent
2352             </li>
2353             <li>
2354               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2355               columns
2356             </li>
2357             <li>
2358               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2359               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2360               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2361             </li>
2362             <li>
2363               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2364               problems when reference sequence defined and 'show
2365               non-conserved' enabled
2366             </li>
2367             <li>
2368               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2369               load even when Consensus calculation is disabled
2370             </li>
2371             <li>
2372               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2373               alignment does nothing
2374             </li>
2375           </ul>
2376           <em>Application</em>
2377           <ul>
2378             <li>
2379               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2380               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2381               yet fixed for El Capitan)
2382             </li>
2383             <li>
2384               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2385               output when running on non-gb/us i18n platforms
2386             </li>
2387             <li>
2388               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2389               hidden sequences as flat-file alignment
2390             </li>
2391             <li>
2392               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2393               launching Chimera
2394             </li>
2395             <li>
2396               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2397               (also hotfix for 2.9.0b2)
2398             </li>
2399             <li>
2400               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2401               reference sequence defined
2402             </li>
2403             <li>
2404               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2405               alignments and views when revealing hidden columns
2406             </li>
2407             <li>
2408               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2409               view in a cDNA/Protein splitframe
2410             </li>
2411             <li>
2412               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2413               sequence from project when only one sequence is
2414               represented
2415             </li>
2416             <li>
2417               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2418               in Structure Chooser
2419             </li>
2420             <li>
2421               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2422               structure consensus didn't refresh annotation panel
2423             </li>
2424             <li>
2425               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2426               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2427             </li>
2428             <li>
2429               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2430               dialogs format columns correctly, don't display array
2431               data, sort columns according to type
2432             </li>
2433             <li>
2434               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2435               file chooser is cancelled during an image export
2436             </li>
2437             <li>
2438               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2439               sequence name containing special characters
2440             </li>
2441             <li>
2442               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2443               case insensitive
2444             </li>
2445             <li>
2446               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2447               formatting don't wrap
2448             </li>
2449             <li>
2450               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2451               truncated so L looks like I in consensus annotation
2452             </li>
2453             <li>
2454               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2455               currently displayed features for the current selection or
2456               view
2457             </li>
2458             <li>
2459               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2460               after fetching cross-references, and restoring from
2461               project
2462             </li>
2463             <li>
2464               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2465               followed in the structure viewer
2466             </li>
2467             <li>
2468               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2469               splitframe not restored from project
2470             </li>
2471             <li>
2472               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2473               trailing end of protein alignment in transcript/product
2474               splitview when pad-gaps not enabled by default
2475             </li>
2476             <li>
2477               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2478               is case dependent
2479             </li>
2480             <li>
2481               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2482               article has been read (reopened issue due to
2483               internationalisation problems)
2484             </li>
2485             <li>
2486               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2487               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2488               cross-references
2489             </li>
2490
2491             <li>
2492               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2493               alignment as HTML
2494             </li>
2495             <li>
2496               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2497               multiple structures are shown for one or more sequences.
2498             </li>
2499             <li>
2500               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2501               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2502               is enabled.
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2506               specific PDB id for sequence
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2510               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2511               columns' is disabled.
2512             </li>
2513             <li>
2514               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2515               selects lowest rather than highest resolution structures
2516               for each sequence
2517             </li>
2518             <li>
2519               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2520               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2521             </li>
2522             <li>
2523               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2524               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2525             </li>
2526             <li>
2527               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2528               after clicking on it to create new annotation for a
2529               column.
2530             </li>
2531             <li>
2532               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2533               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2534             </li>
2535             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2536             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2537           </ul>
2538           <em>Applet</em>
2539           <ul>
2540             <li>
2541               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2542               hidden columns present before start of sequence
2543             </li>
2544             <li>
2545               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2546               (JSON jars)
2547             </li>
2548             <li>
2549               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2550               sequences are hidden in applet
2551             </li>
2552             <li>
2553               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2554               deployment on examples pages.
2555             </li>
2556           </ul>
2557         </div>
2558       </td>
2559     </tr>
2560     <tr>
2561       <td width="60" nowrap>
2562         <div align="center">
2563           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2564             <em>16/10/2015</em></strong>
2565         </div>
2566       </td>
2567       <td><em>General</em>
2568         <ul>
2569           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2570             jars</li>
2571         </ul></td>
2572       <td>
2573         <div align="left">
2574           <em>Application</em>
2575           <ul>
2576             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2577               shown when tree is partitioned</li>
2578             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2579               multiple cDNA/Protein split views</li>
2580           </ul>
2581         </div>
2582       </td>
2583     </tr>
2584     <tr>
2585       <td width="60" nowrap>
2586         <div align="center">
2587           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2588             <em>8/10/2015</em></strong>
2589         </div>
2590       </td>
2591       <td><em>General</em>
2592         <ul>
2593           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2594             2.9</li>
2595         </ul> <em>Application</em>
2596         <ul>
2597           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2598           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2599           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2600         </ul> <em>Applet</em>
2601         <ul>
2602           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2603         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2604         <ul>
2605           <li>
2606             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2607             suite
2608           </li>
2609         </ul></td>
2610       <td>
2611         <div align="left">
2612           <em>General</em>
2613           <ul>
2614             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2615               incorrect when sequence start > 1</li>
2616             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2617               documentation</li>
2618             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2619             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2620               loading a features file containing HTML tags in feature
2621               description</li>
2622
2623           </ul>
2624           <em>Application</em>
2625           <ul>
2626             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2627               reimport</li>
2628             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2629               with 'trim retrieved sequences'</li>
2630             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2631               deleting selected columns</li>
2632             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2633               JNLP templates for webstart launch</li>
2634             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2635               unreleased structures for download or viewing</li>
2636             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2637               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2638             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2639               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2640             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2641               recovered from jalview project</li>
2642             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2643               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2644               alignment view</li>
2645             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2646               color schemes from BioJSON</li>
2647           </ul>
2648           <em>Applet</em>
2649           <ul>
2650             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2651               frame</li>
2652             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2653           </ul>
2654         </div>
2655       </td>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td><div align="center">
2659           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2660         </div></td>
2661       <td><em>General</em>
2662         <ul>
2663           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2664             alignments:
2665             <ul>
2666               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2667                 and DNA alignment views</li>
2668               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2669                 cDNA alignment views</li>
2670               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2671                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2672               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2673                 protein sequences</li>
2674             </ul>
2675           </li>
2676           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2677           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2678             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2679           <li>New alignment annotation file statements for
2680             reference sequences and marking hidden columns</li>
2681           <li>Reference sequence based alignment shading to
2682             highlight variation</li>
2683           <li>Select or hide columns according to alignment
2684             annotation</li>
2685           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2686           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2687             acid conservation row</li>
2688           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2689         </ul> <em>Application</em>
2690         <ul>
2691           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2692             <ul>
2693               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2694                 view with cDNA/Protein</li>
2695               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2696                 sequences are placed in the same alignment</li>
2697               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2698                 projects</li>
2699             </ul>
2700           </li>
2701
2702           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2703           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2704             Jalview windows</li>
2705
2706           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2707           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2708           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2709             be shown in VARNA</li>
2710
2711           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2712             as the active selected region</li>
2713
2714           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2715             similarity</li>
2716           <li>New Export options
2717             <ul>
2718               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2719                 region export in flat file generation</li>
2720
2721               <li>Export alignment views for display with the <a
2722                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2723
2724               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2725               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2726                 alignment figures to HTML</li>
2727           </li>
2728           <li>3D structure retrieval and display
2729             <ul>
2730               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2731                 Search API</li>
2732               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2733                 PDB structures for a sequence set</li>
2734             </ul>
2735           </li>
2736
2737           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2738             predictions</li>
2739           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2740             for one or a group of sequences</li>
2741           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2742             from the JPred4 web server</li>
2743           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2744             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2745             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2746           </li>
2747           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2748             VARNA 2D Structure'</li>
2749           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2750             Structure ..."</li>
2751
2752         </ul> <em>Applet</em>
2753         <ul>
2754           <li>New layout for applet example pages</li>
2755           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2756             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2757           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2758             Protein alignments</li>
2759         </ul> <em>Development and deployment</em>
2760         <ul>
2761           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2762           <li>Include installation type and git revision in build
2763             properties and console log output</li>
2764           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2765             storing BioJsMSA Templates</li>
2766           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2767         </ul></td>
2768       <td>
2769         <!-- <em>General</em>
2770         <ul>
2771         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2772         <ul>
2773           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2774           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2775           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2776             predictions are not highlighted in amber</li>
2777           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2778             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2779           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2780             associated structure views</li>
2781           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2782             width checkbox not enabled</li>
2783           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2784             creating user defined colours</li>
2785           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2786             mappings for just that viewer's sequences</li>
2787           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2788             multiple models in Chimera</li>
2789           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2790             over Jmol structure</li>
2791           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2792             output to text box</li>
2793           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2794             have incorrect sequence start/end</li>
2795           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2796             Jalview fails</li>
2797           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2798             work for nucleotide</li>
2799           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2800             to a grey/invisible alignment window</li>
2801           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2802             imports to different position</li>
2803           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2804             on some platforms</li>
2805           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2806             populated</li>
2807           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2808             console if Chimera has been opened</li>
2809           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2810           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2811             retrieved</li>
2812           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2813           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2814             either sequence shows on first structure</li>
2815           <li>'Show annotations' options should not make
2816             non-positional annotations visible</li>
2817           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2818             in right place after 'view flanking regions'</li>
2819           <li>File Save As type unset when current file format is
2820             unknown</li>
2821           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2822             projects</li>
2823           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2824             responsive</li>
2825           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2826             several views on same alignment</li>
2827           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2828           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2829             spaces</li>
2830         </ul> <em>Applet</em>
2831         <ul>
2832           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2833           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2834             descriptions containing angle brackets</li>
2835         </ul> <em>General</em>
2836         <ul>
2837           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2838             via jalview annotation file</li>
2839           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2840             with RNA secondary structure</li>
2841           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2842             translation doesn't work.</li>
2843           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2844           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2845             positions</li>
2846           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2847             choosing 1pt font</li>
2848           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2849             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2850             'h'</li>
2851           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2852             new feature</li>
2853           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2854             order dependent</li>
2855           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2856             sequences</li>
2857           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2858         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2859         <ul>
2860           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2861             www.jalview.org</li>
2862         </ul> <em>Application Known issues</em>
2863         <ul>
2864           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2865           <li>Misleading message appears after trying to delete
2866             solid column.</li>
2867           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2868             version launches</li>
2869           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2870             fails with a sequence mismatch</li>
2871           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2872             scrolling alignment to right</li>
2873           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2874             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2875           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2876             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2877           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2878             ultra-high resolution</li>
2879           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2880             quality and conservation</li>
2881           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2882             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2883         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2884         <ul>
2885           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2886           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2887             window is being resized</li>
2888
2889         </ul>
2890       </td>
2891     </tr>
2892     <tr>
2893       <td><div align="center">
2894           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2895         </div></td>
2896       <td><em>General</em>
2897         <ul>
2898           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2899             Certum.PL.</li>
2900           <li>Features and annotation preserved when performing
2901             pairwise alignment</li>
2902           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2903             imported/exported/displayed</li>
2904           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2905             protein secondary structure</li>
2906           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2907               post-hoc with 2.9 release</em>)
2908           </li>
2909
2910         </ul> <em>Application</em>
2911         <ul>
2912           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2913             with 3D structures</li>
2914           <li>Support for parsing RNAML</li>
2915           <li>Annotations menu for layout
2916             <ul>
2917               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2918               <li>place sequence annotation above/below alignment
2919                 annotation</li>
2920             </ul>
2921           <li>Output in Stockholm format</li>
2922           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2923             translation</li>
2924           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2925           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2926             shared between alignments</li>
2927           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2928             Jalview</li>
2929           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2930             all or current selection</li>
2931           <li>disorder and secondary structure predictions
2932             available as dataset annotation</li>
2933           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2934
2935
2936           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2937             alignments from Rfam</li>
2938           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2939
2940           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2941             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2942           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2943           <li>include installation type in build properties and
2944             console log output</li>
2945           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2946             annotation</li>
2947         </ul></td>
2948       <td>
2949         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2950         <ul>
2951           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2952             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2953           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2954             alignment</li>
2955           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2956           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2957           <li>Double click on sequence associated annotation
2958             selects only first column</li>
2959           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2960             leaves shown in tree</li>
2961           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2962             properly</li>
2963           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2964           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2965             screen and buttons not visible</li>
2966           <li>author list isn't updated if already written to
2967             Jalview properties</li>
2968           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2969             from database</li>
2970           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2971           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2972             browser search window</li>
2973           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2974             in feature settings dialog</li>
2975           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2976             desktop</li>
2977           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2978             pass validation</li>
2979           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2980             fit on screen</li>
2981           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2982             tooltip</li>
2983           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2984             defined user preset</li>
2985           <li>MSA web services warns user if they were launched
2986             with invalid input</li>
2987           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2988             Java 8</li>
2989           <li>
2990             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2991             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2992             created
2993           </li>
2994
2995         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2996         <ul>
2997         </ul> <em>General</em>
2998         <ul>
2999         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3000         <ul>
3001           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3002             memory allocation</li>
3003           <li>launchApp service doesn't automatically open
3004             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3005           <li>
3006             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3007             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3008             1.7_055 is available
3009           </li>
3010         </ul> <em>Application Known issues</em>
3011         <ul>
3012           <li>
3013             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3014             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3015             alignment to right
3016           </li>
3017           <li>
3018             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3019             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3020             with large number of ID
3021           </li>
3022           <li>
3023             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3024             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3025             start/end
3026           </li>
3027           <li>
3028             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3029             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3030             structure tracks are rearranged
3031           </li>
3032           <li>
3033             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3034             invalid rna structure positional highlighting does not
3035             highlight position of invalid base pairs
3036           </li>
3037           <li>
3038             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3039             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3040             project from alignment window file menu
3041           </li>
3042           <li>
3043             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3044             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3045             structures
3046           </li>
3047           <li>
3048             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3049             colour by RNA Helices not enabled when user created
3050             annotation added to alignment
3051           </li>
3052           <li>
3053             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3054             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3055           </li>
3056         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3057         <ul>
3058           <li>
3059             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3060             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3061           </li>
3062           <li>
3063             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3064             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3065           </li>
3066
3067           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3068             when selected</li>
3069         </ul>
3070       </td>
3071     </tr>
3072     <tr>
3073       <td><div align="center">
3074           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3075         </div></td>
3076       <td>
3077         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3078         <em>General</em>
3079         <ul>
3080           <li>Internationalisation of user interface (usually
3081             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3082           <li>Define/Undefine group on current selection with
3083             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3084           <li>Improved group creation/removal options in
3085             alignment/sequence Popup menu</li>
3086           <li>Sensible precision for symbol distribution
3087             percentages shown in logo tooltip.</li>
3088           <li>Annotation panel height set according to amount of
3089             annotation when alignment first opened</li>
3090         </ul> <em>Application</em>
3091         <ul>
3092           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3093             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3094           <li>Select columns containing particular features from
3095             Feature Settings dialog</li>
3096           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3097             sequences</li>
3098           <li>Update Jalview project format:
3099             <ul>
3100               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3101               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3102                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3103               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3104                 colouring</li>
3105             </ul>
3106           </li>
3107           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3108             (PAM250)</li>
3109           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3110             flanking regions for an alignment</li>
3111         </ul>
3112       </td>
3113       <td>
3114         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3115         <ul>
3116           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3117             running after job is cancelled</li>
3118           <li>cannot export features from alignments imported from
3119             Jalview/VAMSAS projects</li>
3120           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3121             float values</li>
3122           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3123             have 'display all symbols' flag set</li>
3124           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3125             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3126           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3127             Jalview</li>
3128           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3129             Lion/Webstart</li>
3130           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3131           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3132           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3133             alignment onto desktop</li>
3134           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3135             'extract scores' function</li>
3136           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3137             alignment window</li>
3138           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3139             performing IUPred disorder prediction</li>
3140           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3141             changing 'normalise logo' display setting</li>
3142           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3143             nothing matches query</li>
3144           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3145             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3146           </li>
3147           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3148             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3149           </li>
3150           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3151             Jalview's menu</li>
3152           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3153             'invalid literal/length code'</li>
3154           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3155             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3156           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3157             colourscheme</li>
3158
3159         </ul> <em>Applet</em>
3160         <ul>
3161           <li>Remove group option is shown even when selection is
3162             not a group</li>
3163           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3164             don't affect groups</li>
3165           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3166             colourscheme name</li>
3167           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3168             Annotation panel is not displayed</li>
3169           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3170             embedded windows</li>
3171         </ul> <em>Other</em>
3172         <ul>
3173           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3174             single sequence were not calculated</li>
3175           <li>annotation files that contain only groups imported as
3176             annotation and junk sequences</li>
3177           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3178             recognised as PFAM or BLC</li>
3179           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3180             doesn't affect background (2.8.0b1)
3181           <li></li>
3182           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3183           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3184             trailing gaps</li>
3185           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3186             registered correctly on import</li>
3187           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3188             certain alignments</li>
3189           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3190             existing annotation based 'use original colours'
3191             colourscheme loses original colours setting</li>
3192         </ul>
3193       </td>
3194     </tr>
3195     <tr>
3196       <td><div align="center">
3197           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3198             <em>30/1/2014</em></strong>
3199         </div></td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3203             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3204             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3205             open source project).
3206           </li>
3207           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3208           <li>Output in Stockholm format</li>
3209           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3210           <li>Export/import group and sequence associated line
3211             graph thresholds</li>
3212           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3213             ambiguity codes</li>
3214           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3215             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3216             works</li>
3217           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3218         </ul> <em>Other improvements</em>
3219         <ul>
3220           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3221           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3222             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3223           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3224             files</li>
3225           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3226           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3227             link but no description</li>
3228           <li>Select primary source when selecting authority in
3229             database fetcher GUI</li>
3230           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3231             Jalview</li>
3232           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3233         </ul>
3234       </td>
3235       <td>
3236         <ul>
3237           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3238             displayed</li>
3239           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3240             secondary structure annotation line</li>
3241           <li>Sequence database accessions not imported when
3242             fetching alignments from Rfam</li>
3243           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3244             identical IDs</li>
3245           <li>View all structures does not always superpose
3246             structures</li>
3247           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3248             reflect user or preset settings</li>
3249           <li>Null pointer exceptions for some services without
3250             presets or adjustable parameters</li>
3251           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3252             discover PDB xRefs</li>
3253           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3254             features with DAS</li>
3255           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3256             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3257           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3258             residue follows a gap</li>
3259           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3260             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3261           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3262             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3263           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3264             annotation already exists on alignment</li>
3265           <li>oninit javascript function should be called after
3266             initialisation completes</li>
3267           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3268             alignment window display</li>
3269           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3270           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3271             to annotation file</li>
3272           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3273             groups created</li>
3274           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3275             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3276           <li>Pressing return several times causes Number Format
3277             exceptions in keyboard mode</li>
3278           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3279             correct partitions for input data</li>
3280           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3281           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3282           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3283           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3284             mode</li>
3285           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3286             changes one row&#39;s threshold</li>
3287           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3288             doesn&#39;t open</li>
3289           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3290             quality histograms</li>
3291         </ul>
3292       </td>
3293     </tr>
3294     <tr>
3295       <td><div align="center">
3296           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3297         </div></td>
3298       <td><em>Application</em>
3299         <ul>
3300           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3301             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3302           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3303             preferences</li>
3304           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3305             in Jalview alignment window</li>
3306           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3307             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3308           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3309             RNA and ambiguity codes</li>
3310
3311           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3312           <li>Support fetching and database reference look up
3313             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3314             refs')</li>
3315           <li>Jalview project improvements
3316             <ul>
3317               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3318                 flag for annotation</li>
3319               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3320                 alignment</li>
3321               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3322                 Jalview project</li>
3323
3324             </ul>
3325           </li>
3326           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3327           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3328             running</li>
3329           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3330           <li>visual indication that web service results are still
3331             being retrieved from server</li>
3332           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3333             starts up for first time</li>
3334           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3335             services</li>
3336           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3337             client library</li>
3338           <li>Examples directory and Groovy library included in
3339             InstallAnywhere distribution</li>
3340         </ul> <em>Applet</em>
3341         <ul>
3342           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3343             visualization applet example</li>
3344         </ul> <em>General</em>
3345         <ul>
3346           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3347           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3348             defaults</li>
3349           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3350             calculation</li>
3351           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3352             matrices
3353           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3354             in HTML</li>
3355           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3356             structure contacts</li>
3357           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3358           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3359           <li>Parse sequence associated secondary structure
3360             information in Stockholm files</li>
3361           <li>HTML Export database accessions and annotation
3362             information presented in tooltip for sequences</li>
3363           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3364             style RNA alignment files</li>
3365           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3366             alignment</li>
3367           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3368             shade each sequence according to its associated alignment
3369             annotation</li>
3370           <li>New Jalview Logo</li>
3371         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3372         <ul>
3373           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3374           <li>New Website!</li>
3375         </ul></td>
3376       <td><em>Application</em>
3377         <ul>
3378           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3379             wsdbfetch REST service</li>
3380           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3381           <li>Filetype associations not installed for webstart
3382             launch</li>
3383           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3384             job execution in full once it is complete</li>
3385           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3386             uploaded via ali_file parameter</li>
3387           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3388           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3389           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3390             submitted for prediction</li>
3391           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3392             desktop window</li>
3393           <li>Putting fractional value into integer text box in
3394             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3395           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3396             windows 7</li>
3397           <li>View all structures fails with exception shown in
3398             structure view</li>
3399           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3400             escaped in a platform independent way</li>
3401           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3402             using proxy</li>
3403           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3404             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3405           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3406             failure when java web start temporary file caching is
3407             disabled</li>
3408           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3409             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3410           <li>Errors during processing of command line arguments
3411             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3412           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3413             DAS sources in sequence fetcher</li>
3414           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3415             dialog is shown</li>
3416           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3417           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3418           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3419           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3420             on OSX Mountain Lion</li>
3421           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3422             sequences with alignment annotation are pasted into the
3423             alignment</li>
3424           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3425             when loaded from Jalview project</li>
3426           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3427           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3428             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3429           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3430             associated with all views</li>
3431           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3432             annotation rows to new window</li>
3433         </ul> <em>Applet</em>
3434         <ul>
3435           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3436             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3437           <li>loading features via javascript API automatically
3438             enables feature display</li>
3439           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3440             work</li>
3441         </ul> <em>General</em>
3442         <ul>
3443           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3444           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3445             and then deselected</li>
3446           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3447           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3448             coloured with clustalx</li>
3449           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3450             exceptions and redraw errors</li>
3451           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3452             reconfigured view</li>
3453           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3454             colour</li>
3455           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3456             for lots of labels</li>
3457         </ul>
3458     </tr>
3459     <tr>
3460       <td>
3461         <div align="center">
3462           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3463         </div>
3464       </td>
3465       <td><em>Application</em>
3466         <ul>
3467           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3468           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3469           <li>View/alignment association menu to enable user to
3470             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3471             its colours/correspondences from</li>
3472           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3473           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3474             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3475           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3476           <li>Annotation row column label formatting attributes
3477             stored in project file</li>
3478           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3479             rows preserved in Jalview project file</li>
3480           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3481             saved using Desktop window menu</li>
3482           <li>Visual indication that command line arguments are
3483             still being processed</li>
3484           <li>Groovy script execution from URL</li>
3485           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3486             preferences</li>
3487           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3488             alignment with sequences that have high similarity and
3489             matching IDs</li>
3490           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3491           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3492             structures in same window</li>
3493           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3494           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3495             analysis function in its own submenu</li>
3496         </ul> <em>Applet</em>
3497         <ul>
3498           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3499             groups</li>
3500           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3501           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3502           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3503           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3504           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3505             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3506           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3507           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3508             parameters are treated as such</li>
3509           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3510             <ul>
3511               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3512               <li>Javascript callbacks for
3513                 <ul>
3514                   <li>Applet initialisation</li>
3515                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3516                 </ul>
3517               </li>
3518               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3519                 functions</li>
3520               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3521               <li>javascript structure viewer harness to pass
3522                 messages between Jmol and Jalview when running as
3523                 distinct applets</li>
3524               <li>sortBy method</li>
3525               <li>Set of applet and application examples shipped
3526                 with documentation</li>
3527               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3528                 javascript message exchange</li>
3529             </ul>
3530         </ul> <em>General</em>
3531         <ul>
3532           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3533             multiple alignments</li>
3534           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3535           <li>User configurable link to enable redirects to a
3536             www.Jalview.org mirror</li>
3537           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3538           <li>Configurable newline string when writing alignment
3539             and other flat files</li>
3540           <li>Allow alignment annotation description lines to
3541             contain html tags</li>
3542         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3543         <ul>
3544           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3545             examples</li>
3546           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3547             using a web service before displaying the result in the
3548             Jalview desktop</li>
3549           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3550           <li>Ant target to publish example html files with applet
3551             archive</li>
3552           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3553           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3554         </ul></td>
3555       <td><em>Application</em>
3556         <ul>
3557           <li>User defined colourscheme throws exception when
3558             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3559           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3560             dialog for valid filename/format</li>
3561           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3562           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3563             P37173</li>
3564           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3565             which sequence is to be associated with the file</li>
3566           <li>Find All raises null pointer exception when query
3567             only matches sequence IDs</li>
3568           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3569           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3570             2.4 cannot be loaded</li>
3571           <li>Filetype associations not installed for webstart
3572             launch</li>
3573           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3574             with sequences in different alignments do not get coloured
3575             by their associated sequence</li>
3576           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3577             not preserved when project is loaded</li>
3578           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3579             stored in Jalview project</li>
3580           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3581             Jalview project</li>
3582           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3583           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3584             by conservation</li>
3585           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3586             created on new view</li>
3587           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3588             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3589           <li>Alignment quality not updated after alignment
3590             annotation row is hidden then shown</li>
3591           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3592             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3593           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3594             properly</li>
3595           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3596             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3597           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3598           <li>Structures imported from file and saved in project
3599             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3600           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3601             job execution in full once it is complete</li>
3602         </ul> <em>Applet</em>
3603         <ul>
3604           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3605             annotation rows are displayed</li>
3606           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3607             codebase</li>
3608           <li>View follows highlighting does not work for positions
3609             in sequences</li>
3610           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3611           <li>Export features raises exception when no features
3612             exist</li>
3613           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3614             for javascript api is modified when separator string
3615             provided as parameter</li>
3616           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3617             alignment with no existing selection</li>
3618           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3619             to applet&#39;s codebase</li>
3620           <li>Status bar not updated after finished searching and
3621             search wraps around to first result</li>
3622           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3623             several Jalview applets causes race conditions and memory
3624             leaks</li>
3625           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3626             not sent from Jmol in applet</li>
3627           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3628             applet API fatally hang browser</li>
3629         </ul> <em>General</em>
3630         <ul>
3631           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3632             position with wrapped view and hidden regions</li>
3633           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3634             with/without hidden columns</li>
3635           <li>Sequence length given in alignment properties window
3636             is off by 1</li>
3637           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3638             import PDB like structure files</li>
3639           <li>Positional search results are only highlighted
3640             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3641           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3642           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3643             given sequence position</li>
3644           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3645             output</li>
3646           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3647             from nucleotide chains correctly</li>
3648           <li>Structure colours not updated when tree partition
3649             changed in alignment</li>
3650           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3651             parsed in interleaved stockholm</li>
3652           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3653             state</li>
3654           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3655             properly</li>
3656           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3657             properly associated with their pdb files</li>
3658         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3659         <ul>
3660           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3661             ApplyCopyright tool</li>
3662         </ul></td>
3663     </tr>
3664     <tr>
3665       <td>
3666         <div align="center">
3667           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3668         </div>
3669       </td>
3670       <td><em>Application</em>
3671         <ul>
3672           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3673             contact web services</li>
3674           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3675             service job window</li>
3676           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3677         </ul></td>
3678       <td>
3679         <ul>
3680           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3681             pir file emitted by Jalview</li>
3682           <li>Existing feature settings transferred to new
3683             alignment view created from cut'n'paste</li>
3684           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3685             parsing PDB files</li>
3686           <li>Consensus and conservation annotation rows
3687             occasionally become blank for all new windows</li>
3688           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3689             in wrapped view mode</li>
3690         </ul> <em>Application</em>
3691         <ul>
3692           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3693             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3694           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3695             parameter names</li>
3696           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3697             is down</li>
3698         </ul>
3699       </td>
3700     </tr>
3701     <tr>
3702       <td>
3703         <div align="center">
3704           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3705         </div>
3706       </td>
3707       <td><em>Application</em>
3708         <ul>
3709           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3710             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3711             (JABAWS)
3712           </li>
3713           <li>Web Services preference tab</li>
3714           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3715             preferences</li>
3716           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3717           <li>Superpose structures using associated sequence
3718             alignment</li>
3719           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3720             viewer</li>
3721         </ul> <em>Applet</em>
3722         <ul>
3723           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3724             link out mechanism</li>
3725         </ul> <em>Other</em>
3726         <ul>
3727           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3728             series 12</li>
3729           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3730             require Java 1.5</li>
3731           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3732             sequence annotation files</li>
3733           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3734             type colour specification</li>
3735           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3736             script to check if it being run in an interactive session or
3737             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3738         </ul></td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3742             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3743         </ul> <em>Application</em>
3744         <ul>
3745           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3746             selected Regions menu item</li>
3747           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3748             part of a valid accession ID</li>
3749           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3750             runs out of memory</li>
3751           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3752             analysis results</li>
3753           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3754             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3755           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3756         </ul> <em>Applet</em>
3757         <ul>
3758           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3759             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3760             defined.</li>
3761         </ul>
3762       </td>
3763     </tr>
3764     <tr>
3765       <td>
3766         <div align="center">
3767           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3768         </div>
3769       </td>
3770       <td></td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3774             sequence IDs</li>
3775           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3776             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3777           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3778             import correctly</li>
3779           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3780             number of columns are hidden</li>
3781           <li>annotation label popup menu not providing correct
3782             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3783             present</li>
3784           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3785             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3786           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3787             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3788
3789         </ul> <em>Applet</em>
3790         <ul>
3791           <li>annotation panel disappears when annotation is
3792             hidden/removed</li>
3793         </ul> <em>Application</em>
3794         <ul>
3795           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3796             alignment opened where annotation panel is visible but no
3797             annotations are present on alignment</li>
3798           <li>pasted region containing hidden columns is
3799             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3800           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3801             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3802           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3803             selected Rregions menu item.</li>
3804           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3805             'Un' or 'Non'conserved</li>
3806           <li>Sequence feature settings are being shared by
3807             multiple distinct alignments</li>
3808           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3809             changed</li>
3810           <li>double click on group annotation to select sequences
3811             does not propagate to associated trees</li>
3812           <li>Mac OSX specific issues:
3813             <ul>
3814               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3815                 window background</li>
3816               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3817                 name set correctly</li>
3818               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3819                 save feature colourscheme button</li>
3820             </ul>
3821           </li>
3822         </ul>
3823       </td>
3824     </tr>
3825     <tr>
3826
3827       <td>
3828         <div align="center">
3829           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3830         </div>
3831       </td>
3832       <td><em>New Capabilities</em>
3833         <ul>
3834           <li>URL links generated from description line for
3835             regular-expression based URL links (applet and application)
3836
3837           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3838             menu</li>
3839           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3840             structures</li>
3841           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3842             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3843           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3844             average score or total feature count for each sequence.</li>
3845           <li>Shading features by score or associated description</li>
3846           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3847             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3848           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3849             hide everything but the currently selected region.</li>
3850           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3851         </ul> <em>Application</em>
3852         <ul>
3853           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3854             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3855           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3856             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3857           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3858             database references and protein_name is parsed as
3859             description line (BioSapiens terms).</li>
3860           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3861             references in sequence ID tooltip from View menu in
3862             application.</li>
3863           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3864       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3865           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3866             conservation plots</li>
3867           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3868             and visualized as sequence logos</li>
3869           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3870             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3871           </li>
3872           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3873             when a new tree is opened.</li>
3874           <li>Jalview Java Console</li>
3875           <li>Better placement of desktop window when moving
3876             between different screens.</li>
3877           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3878             consensus annotation</li>
3879           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3880             Workflows</li>
3881           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3882             <ul>
3883               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3884                 used to preserve views, structures, and tree display
3885                 settings)</li>
3886               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3887                 command line</li>
3888               <li>Sharing of selected regions between views and
3889                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3890               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3891             </ul></li>
3892         </ul> <em>Applet</em>
3893         <ul>
3894           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3895           <li>New Parameters
3896             <ul>
3897               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3898                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3899                 opened.</li>
3900               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3901                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3902               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3903                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3904               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3905                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3906                 view</li>
3907               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3908                 increase the height or width of a cell in the alignment
3909                 grid relative to the current font size.</li>
3910             </ul>
3911           </li>
3912           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3913             tooltip</li>
3914         </ul> <em>Other</em>
3915         <ul>
3916           <li>Features format: graduated colour definitions and
3917             specification of feature scores</li>
3918           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3919             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3920             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3921           <li>XML formats extended to support graduated feature
3922             colourschemes, group associated annotation, and profile
3923             visualization settings.</li></td>
3924       <td>
3925         <ul>
3926           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3927             rather than description</li>
3928           <li>Non-positional features are now included in sequence
3929             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3930             visibility in tooltip).</li>
3931           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3932           <li>Added URL embedding instructions to features file
3933             documentation.</li>
3934           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3935             'X' in peptide product</li>
3936           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3937             sequence ID and sequence string and query strings do not
3938             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3939           <li>AMSA files only contain first column of
3940             multi-character column annotation labels</li>
3941           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3942             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3943             exported and re-imported)</li>
3944           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3945             name</li>
3946           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3947             as subsequence matches, and correctly reports total number
3948             of both.</li>
3949           <li>Application:
3950             <ul>
3951               <li>Better handling of exceptions during sequence
3952                 retrieval</li>
3953               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3954                 link text excludes the start_end suffix</li>
3955               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3956                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3957               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3958               <li>Sequence description lines properly shared via
3959                 VAMSAS</li>
3960               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3961                 data sources</li>
3962               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3963                 completes before alignment figures are generated.</li>
3964               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3965                 first time.</li>
3966               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3967                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3968               <li>User defined group colours properly recovered
3969                 from Jalview projects.</li>
3970             </ul>
3971           </li>
3972         </ul>
3973       </td>
3974
3975     </tr>
3976     <tr>
3977       <td>
3978         <div align="center">
3979           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3980         </div>
3981       </td>
3982       <td>
3983         <ul>
3984           <li>Experimental support for google analytics usage
3985             tracking.</li>
3986           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3987         </ul>
3988       </td>
3989       <td>
3990         <ul>
3991           <li>Race condition in applet preventing startup in
3992             jre1.6.0u12+.</li>
3993           <li>Exception when feature created from selection beyond
3994             length of sequence.</li>
3995           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3996           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3997             all sequences with a given id</li>
3998           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3999             ID string searches</li>
4000           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4001             alignment to fail with exception</li>
4002         </ul> <em>Application Issues</em>
4003         <ul>
4004           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4005           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4006             data sources</li>
4007         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4008         <ul>
4009           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4010             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4011           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4012             version (java class versioning error fixed)</li>
4013         </ul>
4014       </td>
4015     </tr>
4016     <tr>
4017       <td>
4018
4019         <div align="center">
4020           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4021         </div>
4022       </td>
4023       <td><em>User Interface</em>
4024         <ul>
4025           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4026             translation and protein products</li>
4027           <li>Linked highlighting of structure associated with
4028             residue mapping to codon position</li>
4029           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4030             and 'clear' button</li>
4031           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4032             Tools menu</li>
4033           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4034             numeric data in description line</li>
4035           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4036           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4037             of sequence</li>
4038         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4039         <ul>
4040           <li>JPred3 web service</li>
4041           <li>Prototype sequence search client (no public services
4042             available yet)</li>
4043           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4044             PFAM</li>
4045           <li>URL Links created for matching database cross
4046             references as well as sequence ID</li>
4047           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4048         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4049         <ul>
4050           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4051             databases</li>
4052           <li>Generalised database reference retrieval and
4053             validation to all fetchable databases</li>
4054           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4055             sequence command</li>
4056         </ul> <em>Import and Export</em>
4057         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4058         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4059           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4060         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4061           File</li>
4062         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4063           triplet as name of colourscheme</li>
4064         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4065         <ul>
4066           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4067           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4068             alignments (experimental)</li>
4069           <li>Create new or select existing session to join</li>
4070           <li>load and save of vamsas documents</li>
4071         </ul> <em>Application command line</em>
4072         <ul>
4073           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4074             from applet)</li>
4075           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4076             of DAS servers to query for alignment features</li>
4077           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4078             that are also automatically queried for features</li>
4079           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4080             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4081         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4082         <ul>
4083           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4084             application (when using &quot;View in full
4085             application&quot;)</li>
4086         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4087         <ul>
4088           <li>feature group display control parameter</li>
4089           <li>debug parameter</li>
4090           <li>showbutton parameter</li>
4091         </ul> <em>Applet API methods</em>
4092         <ul>
4093           <li>newView public method</li>
4094           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4095           <li>Feature display control methods</li>
4096           <li>get list of currently selected sequences</li>
4097         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4098         <ul>
4099           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4100           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4101             Jalview release.</li>
4102           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4103             property controls execution of obfuscator</li>
4104           <li>Build target for generating source distribution</li>
4105           <li>Debug flag for javacc</li>
4106           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4107             jalview.bin.Cache</li>
4108           <li>Continuous Build Integration for stable and
4109             development version of Application, Applet and source
4110             distribution</li>
4111         </ul></td>
4112       <td>
4113         <ul>
4114           <li>selected region output includes visible annotations
4115             (for certain formats)</li>
4116           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4117             for editing</li>
4118           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4119           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4120           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4121           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4122             comments</li>
4123           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4124             filenames containing a ':'</li>
4125           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4126             global sequence features</li>
4127           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4128             references from alignment sequences goes to zero</li>
4129           <li>Close of tree branch colour box without colour
4130             selection causes cascading exceptions</li>
4131           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4132           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4133             file parsing fails.</li>
4134           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4135           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4136             not a valid output format</li>
4137           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4138             vamsas</li>
4139           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4140           <li>error messages passed up and output when data read
4141             fails</li>
4142           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4143             sequence is edited</li>
4144           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4145             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4146           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4147             filetype</li>
4148           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4149             import fixed for PFAM records</li>
4150           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4151             window list</li>
4152           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4153             can be read and written correctly to annotation file</li>
4154           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4155             correctly</li>
4156           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4157             non-italic font for representatives in Applet</li>
4158           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4159             Macs.</li>
4160           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4161             Applet)</li>
4162           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4163             due to null pointer exceptions</li>
4164           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4165             first column of alignment</li>
4166           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4167             July 2008</li>
4168           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4169             file is case-insensitive</li>
4170           <li>Sequence features read from Features file appended to
4171             all sequences with matching IDs</li>
4172           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4173             containing a sub-sequence</li>
4174           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4175           <li>feature and annotation file applet parameters
4176             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4177           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4178           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4179             splash-screen version check to complete</li>
4180           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4181             when passing them to the launchApp service</li>
4182           <li>display name and local features preserved in results
4183             retrieved from web service</li>
4184           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4185             sequence fetcher initialisation</li>
4186           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4187             dasobert DAS client</li>
4188           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4189             association</li>
4190           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4191             sequences
4192           </li>
4193         </ul>
4194       </td>
4195     </tr>
4196     <tr>
4197       <td>
4198         <div align="center">
4199           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4200         </div>
4201       </td>
4202       <td>
4203         <ul>
4204           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4205           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4206           <li>Slide sequences</li>
4207           <li>Edit sequence in place</li>
4208           <li>EMBL CDS features</li>
4209           <li>DAS Feature mapping</li>
4210           <li>Feature ordering</li>
4211           <li>Alignment Properties</li>
4212           <li>Annotation Scores</li>
4213           <li>Sort by scores</li>
4214           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4215         </ul>
4216       </td>
4217       <td>
4218         <ul>
4219           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4220           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4221           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4222           <li>Feature group display state in XML</li>
4223           <li>Feature ordering in XML</li>
4224           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4225           <li>Stockholm alignment properties</li>
4226           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4227           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4228           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4229           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4230         </ul>
4231       </td>
4232
4233     </tr>
4234     <tr>
4235       <td>
4236         <div align="center">
4237           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4238         </div>
4239       </td>
4240       <td>
4241         <ul>
4242           <li>Non standard characters can be read and displayed
4243           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4244             applet via textbox
4245           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4246             name &amp; description
4247           <li>Preference setting to display sequence name in
4248             italics
4249           <li>Annotation file format extended to allow
4250             Sequence_groups to be defined
4251           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4252             specified in preferences
4253           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4254             sequences
4255         </ul>
4256       </td>
4257       <td>
4258         <ul>
4259           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4260             installed
4261           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4262           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4263         </ul>
4264       </td>
4265     </tr>
4266     <tr>
4267       <td>
4268         <div align="center">
4269           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4270         </div>
4271       </td>
4272       <td>
4273         <ul>
4274           <li>Multiple views on alignment
4275           <li>Sequence feature editing
4276           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4277           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4278           <li>Background dependent text colour
4279           <li>Right align sequence ids
4280           <li>User-defined lower case residue colours
4281           <li>Format Menu
4282           <li>Select Menu
4283           <li>Menu item accelerator keys
4284           <li>Control-V pastes to current alignment
4285           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4286           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4287           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4288
4289           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4290         </ul>
4291       </td>
4292       <td>
4293         <ul>
4294           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4295           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4296             calculations
4297           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4298             edits
4299           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4300             of alignment)
4301           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4302
4303           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4304             display correctly
4305           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4306           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4307             analysis results
4308           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4309             &#8739;
4310           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4311           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4312           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4313
4314         </ul>
4315       </td>
4316     </tr>
4317     <tr>
4318       <td>
4319         <div align="center">
4320           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4321         </div>
4322       </td>
4323       <td>
4324         <ul>
4325           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4326         </ul>
4327       </td>
4328       <td>
4329         <ul>
4330           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4331             sequence id panel has been resized</li>
4332           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4333             rendered</li>
4334           <li>Annotation files with sequence references - all
4335             elements in file are relative to sequence position</li>
4336           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4337         </ul>
4338       </td>
4339     </tr>
4340     <tr>
4341       <td>
4342         <div align="center">
4343           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4344         </div>
4345       </td>
4346       <td>
4347         <ul>
4348           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4349           <li>DAS Feature fetching</li>
4350           <li>Hide sequences and columns</li>
4351           <li>Export Annotations and Features</li>
4352           <li>GFF file reading / writing</li>
4353           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4354             files</li>
4355           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4356           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4357           <li>Applet can launch the full application</li>
4358           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4359             required)</li>
4360           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4361           <li>Applet can load sequences from parameter
4362             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4363           </li>
4364         </ul>
4365       </td>
4366       <td>
4367         <ul>
4368           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4369           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4370           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4371         </ul>
4372       </td>
4373     </tr>
4374     <tr>
4375       <td>
4376         <div align="center">
4377           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4378         </div>
4379       </td>
4380       <td>
4381         <ul>
4382           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4383           <li>Choose to match case when searching</li>
4384           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4385             expand the visible width and height of the alignment</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388       <td>
4389         <ul>
4390           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4391         </ul>
4392       </td>
4393     </tr>
4394     <tr>
4395       <td>
4396         <div align="center">
4397           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4398         </div>
4399       </td>
4400       <td>&nbsp;</td>
4401       <td>
4402         <ul>
4403           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4404           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4405             value</li>
4406         </ul>
4407       </td>
4408     </tr>
4409     <tr>
4410       <td>
4411         <div align="center">
4412           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4413         </div>
4414       </td>
4415       <td>
4416         <ul>
4417           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4418           <li>Keyboard editing</li>
4419           <li>Create sequence features from searches</li>
4420           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4421             alignments</li>
4422           <li>Features file allows grouping of features</li>
4423           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4424           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4425           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4426         </ul>
4427       </td>
4428       <td>
4429         <ul>
4430           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4431           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4432             descriptions saved.</li>
4433         </ul>
4434       </td>
4435     </tr>
4436     <tr>
4437       <td>
4438         <div align="center">
4439           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4440         </div>
4441       </td>
4442       <td>
4443         <ul>
4444           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4445           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4446           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4447             name for file output</li>
4448           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4449           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4450             used for HTML form input</li>
4451         </ul>
4452       </td>
4453       <td>
4454         <ul>
4455           <li>HTML output writes groups and features</li>
4456           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4457           <li>File IO bugs</li>
4458         </ul>
4459       </td>
4460     </tr>
4461     <tr>
4462       <td>
4463         <div align="center">
4464           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4465         </div>
4466       </td>
4467       <td>
4468         <ul>
4469           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4470           <li>More options for PCA viewer</li>
4471         </ul>
4472       </td>
4473       <td>
4474         <ul>
4475           <li>GUI bugs resolved</li>
4476           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4477         </ul>
4478       </td>
4479     </tr>
4480     <tr>
4481       <td height="63">
4482         <div align="center">
4483           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4484         </div>
4485       </td>
4486       <td>
4487         <ul>
4488           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4489           <li>Jar files are executable</li>
4490           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4491         </ul>
4492       </td>
4493       <td>
4494         <ul>
4495           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4496           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4497           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4498         </ul>
4499       </td>
4500     </tr>
4501     <tr>
4502       <td>
4503         <div align="center">
4504           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4505         </div>
4506       </td>
4507       <td>
4508         <ul>
4509           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4510         </ul>
4511       </td>
4512       <td>
4513         <ul>
4514           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4515         </ul>
4516       </td>
4517     </tr>
4518     <tr>
4519       <td>
4520         <div align="center">
4521           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4522         </div>
4523       </td>
4524       <td>
4525         <ul>
4526           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4527             size</li>
4528         </ul>
4529       </td>
4530       <td>
4531         <ul>
4532           <li>Improved JPred client reliability</li>
4533           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4534         </ul>
4535       </td>
4536     </tr>
4537     <tr>
4538       <td>
4539         <div align="center">
4540           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4541         </div>
4542       </td>
4543       <td>
4544         <ul>
4545           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4546           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4547           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4548             to Colour Menu</li>
4549           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4550           <li>Unix users can set default web browser</li>
4551           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4552           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4553         </ul>
4554       </td>
4555       <td>
4556         <ul>
4557           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4558         </ul>
4559       </td>
4560     </tr>
4561     <tr>
4562       <td>
4563         <div align="center">
4564           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4565         </div>
4566       </td>
4567       <td>&nbsp;</td>
4568       <td>
4569         <ul>
4570           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4571             alignment order.</li>
4572         </ul>
4573       </td>
4574     </tr>
4575     <tr>
4576       <td>
4577         <div align="center">
4578           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4579         </div>
4580       </td>
4581       <td>
4582         <ul>
4583           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4584           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4585           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4586             annotations.</li>
4587           <li>Version and build date written to build properties
4588             file.</li>
4589           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4590             at launch of Jalview.</li>
4591         </ul>
4592       </td>
4593       <td>
4594         <ul>
4595           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4596           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4597           <li>Can remove groups one by one.</li>
4598           <li>Filechooser icons installed.</li>
4599           <li>Finder ignores return character when searching.
4600             Return key will initiate a search.<br>
4601           </li>
4602         </ul>
4603       </td>
4604     </tr>
4605     <tr>
4606       <td>
4607         <div align="center">
4608           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4609         </div>
4610       </td>
4611       <td>
4612         <ul>
4613           <li>New codebase</li>
4614         </ul>
4615       </td>
4616       <td>&nbsp;</td>
4617     </tr>
4618   </table>
4619   <p>&nbsp;</p>
4620 </body>
4621 </html>