help/help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
  60           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.1">.1</a><br />
  61           <em>13/07/2020</em></strong></td>
  62       <td align="left" valign="top">
  63         <ul>
  64           <!-- -->
  65           <li>
  66             <!-- JAL-3638 -->Shift+arrow keys navigate to next gap or
  67             residue in cursor mode
  68           </li>
  69           <li>
  70             <!-- JAL-3608 -->Set choice of Look and Feel via system property or command line option, and
  71             force use of Metal look and feel as default on linux.
  72           </li>
  73           <li>
  74             <!-- JAL-3633 -->Preferences -&gt; Connections, Proxy server settings now allow selecting "No proxy", "System proxy settings" or custom proxy settings
  75             which can be configured for HTTP, HTTPS and allows for an authenticated proxy server.
  76           </li>
  77           <li></li>
  78         </ul>
  79       </td>
  80       <td align="left" valign="top">
  81         <ul>
  82           <li>
  83             <!-- JAL-3493 -->Escape does not clear highlights on the
  84             alignment (Since Jalview 2.10.3)
  85           </li>
  86           <li>
  87             <!--  JAL-3680 -->Alt+Left or Right arrow in cursor mode
  88             doesn't slide selected sequences
  89           </li>
  90           <li>
  91             <!-- JAL-3613 -->Peptide-to-CDS tracking broken when
  92             multiple EMBL gene products shown for a single contig
  93           </li>
  94           <li>
  95             <!-- JAL-3628 -->Unable to save update to an existing file on Windows (partially resolved)
  96             and Backups -&gt; Single backup scheme not always saving backup file.
  97           </li>
  98           <li>
  99             <!-- JAL-3609 -->Java 11 only: Automatically set scaling for HiDPI displays in linux.
 100           </li>
 101           <li>
 102             <!-- JAL-3632 JAL-3633 -->Proxy properties don't set HTTPS proxy for launcher or application.
 103           </li>
 104           <li>
 105             <!-- JAL- -->
 106           </li>
 107           <li>
 108             <!-- JAL- -->
 109           </li>
 110           <li>
 111             <!-- JAL- -->
 112           </li>
 113         </ul>
 114       </td>
 115     </tr>
 116     <tr>
 117       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
 118           id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
 119           <em>22/04/2020</em></strong></td>
 120       <td align="left" valign="top">
 121         <ul>
 122           <li>
 123             <!-- JAL-3187,JAL-3305,JAL-3304,JAL-3302,JAL-3567 -->Map
 124             'virtual' codon features shown on protein (or vice versa)
 125             for display in alignments, on structure views (including
 126             transfer to UCSF chimera), in feature reports and for
 127             export.
 128           </li>
 129           <li>
 130             <!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be
 131             exported and re-imported as GFF3 files
 132           </li>
 133           <li>
 134             <!-- JAL-3376 -->Capture VCF &quot;fixed column&quot; values
 135             POS, ID, QUAL, FILTER as Feature Attributes
 136           </li>
 137           <li>
 138             <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
 139             validation while parsing
 140           </li>
 141           <li>
 142             <!-- JAL-3533 -->Feature Settings dialog keeps same screen
 143             position if reopened
 144           </li>
 145           <li>
 146             <!-- JAL-3535 -->Feature Settings dialog title includes name
 147             of associated view
 148           </li>
 149           <li>
 150             <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
 151             enabled by default
 152           </li>
 153           <li>
 154             <!-- JAL-3468 -->Very long feature descriptions truncated in
 155             tooltips and menus
 156           </li>
 157           <li>
 158             <!-- JAL-3549 -->Warn if Sort by Score or Density attempted
 159             with no feature types visible
 160           </li>
 161           <li>
 162           <!-- JAL-3574 -->Improved support for filtering feature attributes with large integer values
 163           </li>
 164         </ul><em>Jalview Installer</em>
 165             <ul>
 166           <li>
 167             <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
 168             in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
 169           </li>
 170           <li>
 171             <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
 172           </li>
 173           <li>
 174             <!-- JAL-3394 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
 175           </li>
 176               <li>
 177                 <!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
 178               <li>
 179                 <!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
 180         </ul> <em>Release processes</em>
 181         <ul>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-3508 -->New point release version scheme - 2.11.1.0
 184           </li>
 185           <li>
 186             <!-- JAL-3577 -->'Jalview Test' installers/apps for easier access to test-release channel builds
 187           </li>
 188         </ul> <em>Build System</em>
 189         <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-3510 -->Clover updated to 4.4.1
 192           </li>
 193           <li>
 194             <!-- JAL-3513 -->Test code included in Clover coverage
 195             report
 196           </li>
 197         </ul>
 198         <em>Groovy Scripts</em>
 199             <ul>
 200           <li>
 201             <!--  JAL-3547 -->exportconsensus.groovy prints a FASTA file
 202             to stdout containing the consensus sequence for each
 203             alignment in a Jalview session
 204           </li>
 205           <li>
 206             <!-- JAL-3578 -->ComputePeptideVariants.groovy to translate
 207             genomic sequence_variant annotation from CDS as
 208             missense_variant or synonymous_variant on protein products.
 209           </li>
 210         </ul>
 211       </td>
 212       <td align="left" valign="top">
 213         <ul>
 214           <li>
 215             <!-- JAL-3581 -->Hidden sequence markers still visible when
 216             'Show hidden markers' option is not ticked
 217           </li>
 218           <li>
 219             <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers not shown in EPS and
 220             PNG output when 'Automatically set ID width' is set in
 221             jalview preferences or properties file
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-3571 -->Feature Editor dialog can be opened when
 225             'Show Sequence Features' option is not ticked
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!-- JAL-3549 -->Undo 'Null' operation shown after sort by
 229             buttons in Feature Settings dialog are clicked when no
 230             features are visible
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-3412 -->ID margins for CDS and Protein views not
 234             equal when split frame is first opened
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not
 238             correct after editing a sequence's start position
 239           </li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
 242             with annotation and exceptions thrown when only a few
 243             columns shown in wrapped mode
 244           </li>
 245           <li>
 246             <!-- JAL-3386 -->Sequence IDs missing in headless export of
 247             wrapped alignment figure with annotations
 248           </li>
 249           <li>
 250             <!-- JAL-3388-->Sorting Structure Chooser table by Sequence
 251             ID fails with ClassCastException
 252           </li>
 253           <li>
 254             <!-- JAL-3389 -->Chimera session not restored from Jalview
 255             Project
 256           </li>
 257           <li>
 258             <!-- JAL-3441 -->Double-click on 'Show feature' checkbox in
 259             feature settings dialog also selects columns
 260           </li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-3473 -->SpinnerNumberModel causes
 263             IllegalArgumentException in some circumstances
 264           </li>
 265           <li>
 266             <!-- JAL-3534 -->Multiple feature settings dialogs can be
 267             opened for a view
 268           </li>
 269           <li>
 270             <!-- JAL-2764 -->Feature Settings dialog is orphaned if
 271             alignment window is closed
 272           </li>
 273           <li>
 274             <!-- JAL-3406 -->Credits missing some authors in Jalview
 275             help documentation for 2.11.0 release
 276           </li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3529 -->Export of Pfam alignment as Stockholm
 279             includes Pfam ID as sequence's accession rather than its
 280             Uniprot Accession
 281           </li>
 282         </ul> <em>Java 11 Compatibility issues</em>
 283         <ul>
 284           <li>
 285             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view some search results in
 286             PDB/Uniprot search panel
 287           </li>
 288         </ul> <em>Installer</em>
 289         <ul>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-3447 -->Jalview should not create file associations
 292             for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)
 293           </li>
 294         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
 295         <ul>
 296           <li>
 297             <!-- JAL-3474 -->removed obsolete .cvsignore files from
 298             repository
 299           </li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3541 -->Clover report generation running out of
 302             memory
 303           </li>
 304         </ul> <em>New Known Issues</em>
 305         <ul>
 306           <li>
 307             <!-- JAL-3523 -->OSX - Current working directory not
 308             preserved when Jalview.app launched with parameters from
 309             command line
 310           </li>
 311           <li>
 312             <!--  JAL-3525 -->Sequence IDs aligned to wrong margin and
 313             clipped in headless figure export when Right Align option
 314             enabled
 315           </li>
 316           <li>
 317             <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports
 318             'Source' in console output
 319           </li>
 320           <li>
 321             <!-- JAL-3562 -->Test Suite: Certain Functional tests fail on jalview's
 322             bamboo server but run fine locally.
 323           </li>
 324         </ul>
 325       </td>
 326     </tr>
 327     <tr>
 328       <td width="60" align="center" nowrap>
 329           <strong><a name="Jalview.2.11.0">2.11.0</a><br />
 330             <em>04/07/2019</em></strong>
 331       </td>
 332       <td align="left" valign="top">
 333         <ul>
 334           <li>
 335             <!-- JAL-1059, JAL-3196,JAL-3007,JAL-3236 -->Jalview Native Application and
 336             Installers built with <a href="https://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html">install4j</a> (licensed to the Jalview open
 337             source project) rather than InstallAnywhere
 338           </li>
 339           <li>
 340             <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 341             settings, receive over the air updates and launch specific
 342             versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 343               Rings' GetDown</a>)
 344           </li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-1839,JAL-3254,JAL-3260 -->File type associations for
 347             formats supported by Jalview (including .jvp project files)
 348           </li>
 349           <li>
 350             <!-- JAL-3260 -->Jalview launch files (.jvl) to pass command line
 351             arguments and switch between different getdown channels
 352           </li>
 353           <li>
 354             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 355             or alignment files
 356           </li>
 357
 358           <li>
 359             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
 360             <li><!-- JAL-2753 -->Version of HTSJDK shipped with Jalview updated to version 2.12.0</li>
 361           <li>
 362             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
 363             'Translate as cDNA'</li>
 364           <li>
 365             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
 366           <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
 367             <ul>
 368                       <li>
 369             <!-- JAL-3140 JAL-2446 -->IntervalStoreJ (NCList
 370             implementation that allows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 371           <li>
 372                 <!-- JAL-2744, JAL-2808,JAL-2069,JAL-2820 -->Sequence
 373                 features can be filtered and shaded according to any
 374                 associated attributes (e.g. variant attributes from VCF
 375                 file, or key-value pairs imported from column 9 of GFF
 376                 file)
 377               </li>
 378               <li>
 379                 <!-- JAL-2879 -->Feature Attributes and shading schemes
 380                 stored and restored from Jalview Projects
 381               </li>
 382               <li>
 383                 <!-- JAL-3334 -->Use full Sequence Ontology (via BioJava) to
 384                 recognise variant features
 385               </li>
 386               <li>
 387                 <!-- JAL-2897,JAL-3330 -->Show synonymous codon variants on peptide
 388                 sequences (also coloured red by default)
 389               </li>
 390               <li>
 391                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
 392                 details
 393               </li>
 394               <li>
 395                 <!-- JAL-3139,JAL-2816,JAL-1117 -->More efficient sequence feature render
 396                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
 397               </li>
 398               <li>
 399                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
 400                 dialog
 401               </li>
 402             </ul>
 403           </li>
 404           <li>
 405             <!-- JAL-3205 -->Symmetric score matrices for faster
 406             tree and PCA calculations
 407           </li>
 408           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 409             <ul>
 410               <li>
 411                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 412                 and Viewer state saved in Jalview Project
 413               </li>
 414               <li><!-- JAL-2962 -->'Change parameters' option removed from viewer's
 415                 drop-down menus</li>
 416               <li>
 417                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 418                 incrementally
 419               </li>
 420               <li>
 421                 <!-- JAL-2965, JAL-1285 -->PCA plot is depth cued
 422               </li>
 423             </ul>
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 427           </li>
 428           <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 429           <ul>
 430               <li>
 431                 <!-- JAL-2185,JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 432                 multiple groups when working with large alignments
 433               </li>
 434               <li>
 435                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 436                 Stockholm files
 437               </li>
 438             </ul>
 439           <li><strong>User Interface</strong>
 440           <ul>
 441               <li>
 442                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 443                 view
 444               </li>
 445               <li>
 446                 <!-- JAL-2527 JAL-3203 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 447                 what is shown)<br />Only visible regions of alignment are shown by
 448                 default (can be changed in user preferences)
 449               </li>
 450               <li>
 451                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 452                 to the Overwrite Dialog
 453               </li>
 454               <li>
 455                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 456                 sequences are hidden
 457               </li>
 458               <li>
 459                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 460                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 461               </li>
 462               <li>
 463                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 464                 labels
 465               </li>
 466               <li>
 467                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 468                 when in wrapped mode
 469               </li>
 470               <li>
 471                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in a graph or histogram
 472                 annotation
 473               </li>
 474               <li>
 475                 <!-- JAL-2814,JAL-437 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 476               </li>
 477               <li>
 478                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 479                 panel
 480               </li>
 481               <li>
 482                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 483                 popup menu
 484               </li>
 485               <li>
 486               <!-- JAL-3080 -->Red line indicating tree-cut position not shown if no subgroups are created</li>
 487               <li>
 488               <!-- JAL-3042 -->Removed ability to configure length of search history by right-clicking search box</li>
 489
 490
 491             </ul></li>
 492             <li><!-- JAL-3232 -->Jalview Groovy Scripting Console updated to Groovy v2.5</li>
 493           <li><strong>Java 11 Support (not yet on general release)</strong>
 494             <ul>
 495               <li>
 496                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 497                 trapping CMD-Q
 498               </li>
 499             </ul></li>
 500         </ul>
 501         <em>Deprecations</em>
 502         <ul>
 503           <li><!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 504             capabilities removed from the Jalview Desktop
 505           </li>
 506           <li><!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 507             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 508             and XML based data retrieval clients</li>
 509           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 510           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 511         </ul> <em>Documentation</em>
 512         <ul>
 513           <li><!-- JAL-3003 -->Added remarks about transparent rendering effects
 514             not supported in EPS figure export
 515           </li>
 516           <li><!-- JAL-2903 -->Typos in documentation for Preferences dialog</li>
 517         </ul> <em>Development and Release Processes</em>
 518         <ul>
 519           <li>
 520           <!-- JAL-3196,JAL-3179.JAL-2671 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 521           </li>
 522       <li>
 523       <!-- JAL-1424 -->Enhanced checks for missing and duplicated keys in Message bundles</li>
 524           <li>
 525           <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 526             gradle-eclipse
 527           </li>
 528           <li>
 529           <!-- JAL-3174,JAL-2886,JAL-2729,JAL-1889 -->Atlassian
 530             Bamboo continuous integration for unattended Test Suite
 531             execution
 532           </li>
 533           <li>
 534           <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 535             operations
 536           </li>
 537           <li>
 538           <!-- JAL-2360,JAL-2416 -->More unit test coverage, and minor
 539             issues resolved
 540           </li>
 541           <li>
 542           <!-- JAL-3248 -->Developer documentation migrated to
 543             markdown (with HTML rendering)
 544           </li>
 545           <li>
 546           <!-- JAL-3287 -->HelpLinksChecker runs on Windows
 547           </li>
 548           <li>
 549           <!-- JAL-3289 -->New URLs for publishing development
 550             versions of Jalview
 551           </li>
 552         </ul>
 553       </td>
 554       <td align="left" valign="top">
 555         <ul>
 556           <li>
 557             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl
 558           </li>
 559           <li>
 560             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure
 561             superposition in Jmol fail on Windows
 562           </li>
 563           <li>
 564             <!-- JAL-3286 -->Blank error dialog is displayed when discovering
 565             structures for sequences with lots of PDB structures
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with
 569             monospaced font
 570           </li>
 571           <li>
 572             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving Jalview
 573             project involving multiple views
 574           </li>
 575           <li>
 576             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 577             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 578             Annotation dialog hides columns
 579           </li>
 580           <li>
 581             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of a
 582             CDS/Protein alignment stops working after making a selection in
 583             one view, then making another selection in the other view
 584           </li>
 585           <li>
 586             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible
 587             columns
 588           </li>
 589           <li>
 590             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in Feature
 591             Settings and Jalview Preferences panels
 592           </li>
 593           <li>
 594             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows, or redrawing the
 595             overview with large alignments
 596           </li>
 597           <li>
 598             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 599             region if columns were selected by dragging right-to-left and the
 600             mouse moved to the left of the first column
 601           </li>
 602           <li>
 603             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent to a
 604             hidden column marker via scale popup menu
 605           </li>
 606           <li>
 607             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid URLs
 608             doesn't tell users the invalid URL
 609           </li>
 610           <li>
 611             <!-- JAL-2816 -->Tooltips displayed for features filtered by
 612             score from view
 613           </li>
 614           <li>
 615             <!-- JAL-3330 -->Sequence Variants retrieved from Ensembl during
 616             show cross references or Fetch Database References are shown in
 617             red in original view
 618           </li>
 619           <li>
 620             <!-- JAL-2898,JAL-2207 -->stop_gained variants not shown correctly on
 621             peptide sequence (computed variant shown as p.Res.null)
 622           </li>
 623           <li>
 624             <!-- JAL-2060 -->'Graduated colour' option not offered for
 625             manually created features (where feature score is Float.NaN)
 626           </li>
 627           <li>
 628             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or printed
 629             when columns are hidden
 630           </li>
 631           <li>
 632             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select
 633             Columns by Annotation description
 634           </li>
 635           <li>
 636             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after dragging
 637             out of Scale or Annotation Panel
 638           </li>
 639           <li>
 640             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of
 641             scale panel
 642           </li>
 643           <li>
 644             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll
 645             alignment down
 646           </li>
 647           <li>
 648             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in
 649             scale panel
 650           </li>
 651           <li>
 652             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down,
 653             Page Up in wrapped mode
 654           </li>
 655           <li>
 656             <!-- JAL-2839,JAL-781 -->Finder doesn't skip hidden regions
 657           </li>
 658           <li>
 659             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments
 660           </li>
 661           <li>
 662             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected
 663             on opening an alignment
 664           </li>
 665           <li>
 666             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in
 667             Colour menu
 668           </li>
 669           <li>
 670             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 671             different groups in the alignment are selected
 672           </li>
 673           <li>
 674             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown
 675             correctly in menu
 676           </li>
 677           <li>
 678             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max
 679             threshold limit
 680           </li>
 681           <li>
 682             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour
 683             threshold gets 'unrounded'
 684           </li>
 685           <li>
 686             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background
 687             colour
 688           </li>
 689           <li>
 690             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis
 691           </li>
 692           <li>
 693             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel
 694           </li>
 695           <li>
 696             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not
 697             Tree font
 698           </li>
 699           <li>
 700             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from
 701             project file
 702           </li>
 703           <li>
 704             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview
 705             shown in complementary view
 706           </li>
 707           <li>
 708             <!-- JAL-3313 -->Codon consensus incorrectly scaled when shown
 709             without normalisation
 710           </li>
 711           <li>
 712             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report should open positioned at top
 713             of report
 714           </li>
 715           <li>
 716             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice
 717           </li>
 718           <li>
 719           <!-- JAL-3333 -->Fuzzy text in web service status menu on OSX Mojave
 720           </li>
 721         </ul> <em>Editing</em>
 722         <ul>
 723           <li>
 724             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when sequence
 725             data at beginning or end of alignment added/removed via 'Edit'
 726             sequence
 727           </li>
 728           <li>
 729             <!-- JAL-2541,JAL-2684 (tests) -->Delete/Cut selection doesn't
 730             relocate sequence features correctly when start of sequence is
 731             removed (Known defect since 2.10)
 732           </li>
 733           <li>
 734             <!-- JAL-2830 -->Inserting gap sequence via the Edit Sequence
 735             dialog corrupts dataset sequence
 736           </li>
 737           <li>
 738             <!-- JAL-868 -->Structure colours not updated when associated tree
 739             repartitions the alignment view (Regression in 2.10.5)
 740           </li>
 741         </ul> <em>Datamodel</em>
 742         <ul>
 743           <li>
 744             <!-- JAL-2986 -->Sequence.findIndex returns wrong value when
 745             sequence's End is greater than its length
 746           </li>
 747         </ul> <em>Bugs fixed for Java 11 Support (not yet on
 748           general release)</em>
 749         <ul>
 750           <li>
 751             <!-- JAL-3288 -->Menus work properly in split-screen
 752           </li>
 753         </ul> <em>New Known Defects</em>
 754         <ul>
 755         <li>
 756         <!-- JAL-3340 -->Select columns containing feature by double clicking ignores bounds of an existing selected region
 757         </li>
 758         <li>
 759           <!-- JAL-3313 -->Codon consensus logo incorrectly scaled in gapped
 760           regions of protein alignment.
 761         </li>
 762         <li>
 763           <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View
 764           is restored from a Jalview 2.11 project
 765         </li>
 766         <li>
 767           <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after
 768           'New View'
 769         </li>
 770         <li>
 771           <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped
 772           columns within hidden columns
 773         </li>
 774         <li>
 775           <!-- JAL-3314 -->Rightmost selection is lost when mouse re-enters
 776           window after dragging left to select columns to left of visible
 777           region
 778         </li>
 779         <li>
 780           <!-- JAL-2876 -->Features coloured according to their description
 781           string and thresholded by score in earlier versions of Jalview are
 782           not shown as thresholded features in 2.11. To workaround please
 783           create a Score filter instead.
 784         </li>
 785         <li>
 786         <!-- JAL-3184 -->Cancel on Feature Settings dialog doesn't reset group visibility</li>
 787         <li>
 788         <!-- JAL-3338 -->F2 doesn't enable/disable keyboard mode in linked CDS/Protein view
 789         </li>
 790         <li>
 791           <!-- JAL-797 -->Closing tree windows with CMD/CTRL-W for
 792           alignments with multiple views can close views unexpectedly
 793         </li>
 794         </ul>
 795         <em>Java 11 Specific defects</em>
 796           <ul>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-3235 -->Jalview Properties file is not sorted
 799               alphabetically when saved
 800             </li>
 801         </ul>
 802       </td>
 803     </tr>
 804     <tr>
 805     <td width="60" nowrap>
 806       <div align="center">
 807         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 808       </div>
 809     </td>
 810     <td><div align="left">
 811         <em></em>
 812         <ul>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 815               InstallAnywhere increased to 1G.
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 819               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 820               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 821                 Format menu, or for command-line use via a Jalview
 822                 properties file.</em>
 823             </li>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 826               API and sequence data now imported as JSON.
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 830               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 831               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 832               property.
 833             </li>
 834           </ul>
 835           <em>Development</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 839               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 840                 Clover</a>
 841             </li>
 842           </ul>
 843         </div></td>
 844     <td><div align="left">
 845         <em></em>
 846         <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 849               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 850               alignment.
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 854               annotation displayed.
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 858               for newly created group when 'Apply to all groups'
 859               selected
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 863               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 864               visible.
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 868               when sequences are selected in exported view.</em>
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 872               aren't rendered with correct colour.
 873             </li>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 876               types of knotted RNA secondary structure.
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 880               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 881               do not start at 1.
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 885               annotation when columns are inserted into an alignment,
 886               and when exporting as Stockholm flatfile.
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 890               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 891               treated as RNA secondary structure.
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 895               (not .jar) when saving a Jalview project file.
 896             </li>
 897             <li>
 898               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 899               transfers focus to previous window on OSX
 900             </li>
 901           </ul>
 902           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 903           <ul>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 906               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 907               box.
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 911               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 912               'look and feel' which has improved compatibility with the
 913               latest version of OSX.
 914             </li>
 915           </ul>
 916         </div>
 917     </td>
 918     </tr>
 919     <tr>
 920       <td width="60" nowrap>
 921         <div align="center">
 922           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 923             <em>7/06/2018</em></strong>
 924         </div>
 925       </td>
 926       <td><div align="left">
 927           <em></em>
 928           <ul>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 931               annotation retrieved from Uniprot
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 935               onto the Jalview Desktop
 936             </li>
 937           </ul>
 938         </div></td>
 939       <td><div align="left">
 940           <em></em>
 941           <ul>
 942             <li>
 943               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 944               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 948               right-hand column parsed correctly
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 952               not alignment area in exported graphic
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 956               window has input focus
 957             </li>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 960               annotation added to view (Windows)
 961             </li>
 962             <li>
 963               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 964               network connectivity is poor
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 968               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 969                 the currently open URL and links from a page viewed in
 970                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 971                 you are using Edge, only links in the page can be
 972                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 973                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 974             </li>
 975           </ul>
 976           <em>New Known Defects</em>
 977           <ul>
 978             <li><!-- JAL-3083 -->Cancel option doesn't reset Colour by Annotation</li>
 979           </ul>
 980         </div></td>
 981     </tr>
 982     <tr>
 983       <td width="60" nowrap>
 984         <div align="center">
 985           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 986         </div>
 987       </td>
 988       <td><div align="left">
 989           <em></em>
 990           <ul>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 993               for disabling automatic superposition of multiple
 994               structures and open structures in existing views
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 998               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 999               adjust them.
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
1003               Ensembl services
1004             </li>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
1007               and lots of hidden columns
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
1011               of features (particularly when transparency is disabled)
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!-- JAL-2296,JAL-2295 -->Experimental features in 2.10.2 for
1015               exchange of Jalview features and Chimera attributes made
1016               generally available
1017             </li>
1018           </ul>
1019           </div>
1020       </td>
1021       <td><div align="left">
1022           <ul>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
1025               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
1026             </li>
1027             <li>
1028               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
1029               overlapping alignment panel
1030             </li>
1031             <li>
1032               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
1033               sequence as gaps
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
1037               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
1038               UTR
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
1042               factor annotation not added to sequence when local PDB
1043               file associated with it by drag'n'drop or structure
1044               chooser
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
1048               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
1049             </li>
1050             <li>
1051               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
1052               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
1053             </li>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
1056               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
1060               columns in annotation row
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
1064               honored in batch mode
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
1068               for structures added to existing Jmol view
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
1072               entries after importing project with multiple views
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
1076               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
1077               with negative residue numbers or missing residues fails
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
1081               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
1082               as generated by CONSURF)
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
1086               tooltip doesn't include a text description of mutation
1087             </li>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
1090               structure and/or overview windows are also shown
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
1094               very slow for alignments with large numbers of sequences
1095             </li>
1096             <li>
1097               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
1098               with 'StringIndexOutOfBounds'
1099             </li>
1100             <li>
1101               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
1102               platforms running Java 10
1103             </li>
1104             <li>
1105               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
1106               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
1107             </li>
1108           </ul>
1109           <em>Applet</em>
1110           <ul>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
1113               should copy the group consensus when popup is opened on it
1114             </li>
1115           </ul>
1116           <em>Batch Mode</em>
1117           <ul>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
1120           </li>
1121           </ul>
1122           <em>New Known Defects</em>
1123           <ul>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
1126               editing a large alignment and overview is displayed
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
1130               repeatedly after a series of edits even when the overview
1131               is no longer reflecting updates
1132             </li>
1133             <li>
1134               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
1135               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
1136               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
1137               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2990 -->Export Annotations from File Menu with CSV
1141               option gives blank output
1142             </li>
1143           </ul>
1144         </div>
1145           </td>
1146     </tr>
1147     <tr>
1148       <td width="60" nowrap>
1149         <div align="center">
1150           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
1151         </div>
1152       </td>
1153       <td><div align="left">
1154           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
1155               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
1156       <td><div align="left">
1157           <em>Desktop</em><ul>
1158           <ul>
1159             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
1160             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
1161             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
1162             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
1163             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
1164             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
1165             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
1166           </ul>
1167           </div>
1168       </td>
1169     </tr>
1170     <tr>
1171       <td width="60" nowrap>
1172         <div align="center">
1173           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
1174         </div>
1175       </td>
1176       <td><div align="left">
1177           <em></em>
1178           <ul>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
1181               rendering of sequence features
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
1185               429 rate limit request hander
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
1189               their colours have changed
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
1193               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
1197               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
1201               view from Ensembl locus cross-references
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
1205               Alignment report
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
1209               feature can be disabled
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
1213               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
1214             </li>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
1217               Uniprot
1218             </li>
1219           </ul>
1220           <em>Scripting</em>
1221           <ul>
1222             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
1223             <li>Example groovy script for generating a matrix of
1224               percent identity scores for current alignment.</li>
1225           </ul>
1226           <em>Testing and Deployment</em>
1227           <ul>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
1230             </li>
1231           </ul>
1232         </div></td>
1233       <td><div align="left">
1234           <em>General</em>
1235           <ul>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
1238               threshold text field doesn't trigger an update to the
1239               alignment view
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
1243               strings in parallel
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
1247               alignment window is closed
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
1251               group visibility
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
1255               takes a long time in Cursor mode
1256             </li>
1257           </ul>
1258           <em>Desktop</em>
1259           <ul>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
1262               cannot be viewed in Chimera
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
1266               CDS/Protein view
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
1270               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
1271               Search Dialogs
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
1281               rendered when switching back from Wrapped to normal view
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
1285               scrolling right in unwapped alignment view
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
1289               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
1290               database
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
1294               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
1298               features of same type and group to be selected for
1299               amending
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
1303               alignments when hidden columns are present
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
1307               displaying several structures
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
1311               moving a window
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
1315               within the Jalview desktop on OSX
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
1319               when in wrapped alignment mode
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
1323               hand end of alignment
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
1327               each selected sequence do not have correct start/end
1328               positions
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
1332               after canceling the Alignment Window's Font dialog
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
1336               restoring project until a new view is created
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
1340               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
1341               configured (since 2.10.2b2)
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
1345               position is adjusted
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
1349               in a multi-chain structure when viewing alignment
1350               involving more than one chain (since 2.10)
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
1354               if new selection moves alignment window
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
1358               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
1362               that produces correctly annotated transcripts and products
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
1366               doesn't update associated structure view
1367             </li>
1368           </ul>
1369           <em>Applet</em><br />
1370           <ul>
1371             <li>
1372               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
1373               closing alignment panel
1374             </li>
1375           </ul>
1376           <em>BioJSON</em><br />
1377           <ul>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
1380               non-positional features
1381             </li>
1382           </ul>
1383           <em>New Known Issues</em>
1384           <ul>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
1387               sequence features correctly (for many previous versions of
1388               Jalview)
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
1392               using cursor in wrapped panel other than top
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
1396               graduated colour threshold
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
1400               always preserve numbering and sequence features
1401             </li>
1402           </ul>
1403           <em>Known Java 9 Issues</em>
1404           <ul>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
1407               not responsive when entering characters (Webstart, Java
1408               9.01, OSX 10.10)
1409             </li>
1410           </ul>
1411         </div></td>
1412     </tr>
1413     <tr>
1414       <td width="60" nowrap>
1415         <div align="center">
1416           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
1417             <em>2/10/2017</em></strong>
1418         </div>
1419       </td>
1420       <td><div align="left">
1421           <em>New features in Jalview Desktop</em>
1422           <ul>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
1425             </li>
1426             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
1427             </li>
1428           </ul>
1429         </div></td>
1430       <td><div align="left">
1431         </div></td>
1432     </tr>
1433     <tr>
1434       <td width="60" nowrap>
1435         <div align="center">
1436           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
1437             <em>7/9/2017</em></strong>
1438         </div>
1439       </td>
1440       <td><div align="left">
1441           <em></em>
1442           <ul>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
1445               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
1446               white)
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
1450               Preferences
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
1454               in size and progress bar shown as higher resolution
1455               overview is recalculated
1456             </li>
1457
1458           </ul>
1459         </div></td>
1460       <td><div align="left">
1461           <em></em>
1462           <ul>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1465               column region row by row
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1469               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1470             </li>
1471             <li>
1472               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1473               format setting is unticked
1474             </li>
1475             <li>
1476               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1477               if group has show boxes format setting unticked
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1481               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1482               include sequences and columns not currently displayed
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1486               assemblies are imported via CIF file
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1490               displayed when threshold or conservation colouring is also
1491               enabled.
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1495               server version
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1499               dragging a selected region off the visible region of the
1500               alignment
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1504               colourscheme to all groups in a view
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1508               initially after font size change using the Font chooser or
1509               middle-mouse zoom
1510             </li>
1511           </ul>
1512         </div></td>
1513     </tr>
1514     <tr>
1515       <td width="60" nowrap>
1516         <div align="center">
1517           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1518         </div>
1519       </td>
1520       <td><div align="left">
1521           <em>Calculations</em>
1522           <ul>
1523
1524             <li>
1525               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1526               ungapped positions in each column of the alignment.
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1530               a calculation dialog box
1531             </li>
1532             <li>
1533               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1534               and memory efficiency (~30x faster)
1535             </li>
1536             <li>
1537               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1538               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1539               and other calculations
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1543               files within the Jalview codebase
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1547               Similarity may have different topology due to increased
1548               precision
1549             </li>
1550           </ul>
1551           <em>Rendering</em>
1552           <ul>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1555               model for alignments and groups
1556             </li>
1557             <li>
1558               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1559               scripts
1560             </li>
1561           </ul>
1562           <em>Overview</em>
1563           <ul>
1564             <li>
1565               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1566               with alignment and overview windows
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1570               overview
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1574               omitted in Overview
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1578               adjustment of visible position
1579             </li>
1580           </ul>
1581
1582           <em>Data import/export</em>
1583           <ul>
1584             <li>
1585               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1586               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1587             </li>
1588             <li>
1589               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1590               annotation input/output via stockholm flatfile
1591             </li>
1592             <li>
1593               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1594               extension when importing structure files without embedded
1595               names or PDB accessions
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1599               format sequence substitution matrices
1600             </li>
1601           </ul>
1602           <em>User Interface</em>
1603           <ul>
1604             <li>
1605               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1606               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1607               the application.
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1611               via Overview or sequence motif search operations
1612             </li>
1613             <li>
1614               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1615               opened by double clicking gaps within sequence feature
1616               extent
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1620               aligned positions were available to create a 3D structure
1621               superposition.
1622             </li>
1623           </ul>
1624           <em>3D Structure</em>
1625           <ul>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1628               coloured in linked structure views
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1632               file-based command exchange
1633             </li>
1634             <li>
1635               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1636               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1637               structures are already available for sequences
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1641               the Jalview project rather than downloaded again when the
1642               project is reopened.
1643             </li>
1644             <li>
1645               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1646               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1647               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1648                 Feature</strong>)
1649             </li>
1650           </ul>
1651           <em>Web Services</em>
1652           <ul>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1658               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1659               Analysis services
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1663               cross-references provided by identifiers.org and the
1664               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1665             </li>
1666           </ul>
1667
1668           <em>Scripting</em>
1669           <ul>
1670             <li>
1671               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1672               identifying file formats (instead of String constants)
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1676               efficiency when counting all displayed features (not
1677               backwards compatible with 2.10.1)
1678             </li>
1679           </ul>
1680           <em>Example files</em>
1681           <ul>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1684               included in the example feature file
1685             </li>
1686           </ul>
1687           <em>Documentation</em>
1688           <ul>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1691               with the built-in Java help viewer
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1695               sequence description' option
1696             </li>
1697           </ul>
1698           <em>Test Suite</em>
1699           <ul>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1702               Uniprot REST Free Text Search Client
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1706             </li>
1707             <li>
1708               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1709               during tests
1710             </li>
1711           </ul>
1712         </div></td>
1713       <td><div align="left">
1714           <em>Calculations</em>
1715           <ul>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1718               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1719               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1720             </li>
1721             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1722               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1723               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1724               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1725               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1726               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1727               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1728               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1729               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1730               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1731               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1732               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1733               // for 2.10.1 mode <br />
1734               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1735               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1736                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1737                 calculations (not recommended)</em></li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1740               scaling of branch lengths for trees computed using
1741               Sequence Feature Similarity.
1742             </li>
1743             <li>
1744               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1745               generating output report when working with highly
1746               redundant alignments
1747             </li>
1748             <li>
1749               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1750               right of selected region when gaps present on right-hand
1751               boundary
1752             </li>
1753           </ul>
1754           <em>User Interface</em>
1755           <ul>
1756             <li>
1757               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1758               doesn't reselect a specific sequence's associated
1759               annotation after it was used for colouring a view
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1763               opened on a region of alignment without groups
1764             </li>
1765             <li>
1766               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1767               of an alignment with overlapping groups
1768             </li>
1769             <li>
1770               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1771               name and description match
1772             </li>
1773             <li>
1774               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1775               hidden regions results in incorrect hidden regions
1776             </li>
1777             <li>
1778               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1779               changing colour does not apply Conservation slider value
1780               to all groups
1781             </li>
1782             <li>
1783               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1784               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1785             </li>
1786             <li>
1787               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1788               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1792               gaps before start of features
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1796               restored to UI when feature colour is edited
1797             </li>
1798             <li>
1799               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1800               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1801             </li>
1802             <li>
1803               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1804               as graduate feature colour settings are modified via the
1805               dialog box
1806             </li>
1807             <li>
1808               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1809               when a group defined on the alignment is resized
1810             </li>
1811             <li>
1812               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1813               wrapped view result in positional status updates
1814             </li>
1815
1816             <li>
1817               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1818               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1819             </li>
1820             <li>
1821               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1822               alignment included gapped columns
1823             </li>
1824             <li>
1825               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1826               widgets don't permanently disappear
1827             </li>
1828             <li>
1829               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1830               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1831               T-Coffee column reliability scores)
1832             </li>
1833             <li>
1834               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1835               sequence feature on gaps only
1836             </li>
1837             <li>
1838               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1839               button from a Find inherit previously defined feature type
1840               rather than the Find query string
1841             </li>
1842             <li>
1843               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1844               exporting tree calculated in Jalview
1845             </li>
1846             <li>
1847               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1848               and then revealing them reorders sequences on the
1849               alignment
1850             </li>
1851             <li>
1852               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1853               doesn't update to reflect available set of groups after
1854               interactively adding or modifying features
1855             </li>
1856             <li>
1857               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1858               Linux
1859             </li>
1860             <li>
1861               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1862               only excluded gaps in current sequence and ignored
1863               selection.
1864             </li>
1865           </ul>
1866           <em>Rendering</em>
1867           <ul>
1868             <li>
1869               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1870               erratically when hidden rows or columns are present
1871             </li>
1872             <li>
1873               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1874               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1875               sequence colouring
1876             </li>
1877             <li>
1878               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1879               colour and group colour menu for protein alignments
1880             </li>
1881             <li>
1882               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1883               reflect currently selected view or group's shading
1884               thresholds
1885             </li>
1886             <li>
1887               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1888               when rendered on overview and structures when opacity at
1889               100%
1890             </li>
1891             <li>
1892               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1893               overview when features overlaid on alignment
1894             </li>
1895             <li>
1896               <!-- JAL-2567 -->Feature settings for different views not
1897               recovered correctly from Jalview project file
1898             </li>
1899             <li>
1900               <!-- JAL-2256 -->Feature colours in overview when first opened
1901               (automatically via preferences) are different to the main
1902               alignment panel
1903             </li>
1904           </ul>
1905           <em>Data import/export</em>
1906           <ul>
1907             <li>
1908               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1909               load
1910             </li>
1911             <li>
1912               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1913               added after a sequence was imported are not written to
1914               Stockholm File
1915             </li>
1916             <li>
1917               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1918               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1919             </li>
1920             <li>
1921               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1922               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1923             </li>
1924             <li>
1925               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1926               with lightGray or darkGray via features file (but can
1927               specify lightgray)
1928             </li>
1929             <li>
1930               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1931               when alignment view imported from project
1932             </li>
1933             <li>
1934               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1935               structure and sequences extracted from structure files
1936               imported via URL and viewed in Jmol
1937             </li>
1938             <li>
1939               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1940               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1941               the project is loaded and the structure viewed
1942             </li>
1943           </ul>
1944           <em>Web Services</em>
1945           <ul>
1946             <li>
1947               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1948               release of Ensembl v.88
1949             </li>
1950             <li>
1951               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1952               appear enabled in Preferences->Connections
1953             </li>
1954             <li>
1955               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1956               removed from console output
1957             </li>
1958             <li>
1959               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1960               Ensembl by Peptide ID
1961             </li>
1962             <li>
1963               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1964               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1965               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1966               due to 'null' string rather than empty string used for
1967               residues with no corresponding PDB mapping).
1968             </li>
1969           </ul>
1970           <em>Application UI</em>
1971           <ul>
1972             <li>
1973               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1974               menu
1975             </li>
1976             <li>
1977               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1978               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1979               new documentation and tooltips added)
1980             </li>
1981             <li>
1982               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1983               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1984             </li>
1985             <li>
1986               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1987               new features are added to alignment
1988             </li>
1989             <li>
1990               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1991               changes to feature colours via the Amend features dialog
1992             </li>
1993             <li>
1994               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1995               edit graduated feature colour via amend features dialog
1996               box
1997             </li>
1998             <li>
1999               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
2000               selection menu changes colours of alignment views
2001             </li>
2002             <li>
2003               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
2004               from alignment calculation workers after alignment has
2005               been closed
2006             </li>
2007             <li>
2008               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
2009               groups now 'Create Group'
2010             </li>
2011             <li>
2012               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
2013               Create/Undefine group doesn't always work
2014             </li>
2015             <li>
2016               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
2017               shown again after pressing 'Cancel'
2018             </li>
2019             <li>
2020               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
2021               adjusts start position in wrap mode
2022             </li>
2023             <li>
2024               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
2025               ambiguous amino acids
2026             </li>
2027             <li>
2028               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
2029               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
2030               proteins
2031             </li>
2032             <li>
2033               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
2034               Defined' don't appear in Colours menu
2035             </li>
2036           </ul>
2037           <em>Applet</em>
2038           <ul>
2039             <li>
2040               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
2041               score models doesn't always result in an updated PCA plot
2042             </li>
2043             <li>
2044               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
2045               overview or linked structure view
2046             </li>
2047             <li>
2048               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
2049               work (since 2.8)
2050             </li>
2051             <li>
2052               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
2053               user-defined colourscheme doesn't restore original
2054               colourscheme
2055             </li>
2056           </ul>
2057           <em>Test Suite</em>
2058           <ul>
2059             <li>
2060               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
2061               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
2062             </li>
2063             <li>
2064               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
2065               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
2066               problems with deep array comparison equality asserts in
2067               successive versions of TestNG
2068             </li>
2069             <li>
2070               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
2071               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
2072             </li>
2073           </ul>
2074           <em>New Known Issues</em>
2075           <ul>
2076             <li>
2077               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
2078               phase after a sequence motif find operation
2079             </li>
2080             <li>
2081               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
2082               containing just upper and lower case letters are
2083               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
2084             </li>
2085             <li>
2086               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
2087               reliably from eggnog Ortholog database
2088             </li>
2089             <li>
2090               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
2091               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
2092               to mark columns containing highlighted regions.
2093             </li>
2094             <li>
2095               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
2096               doesn't always add secondary structure annotation.
2097             </li>
2098           </ul>
2099         </div>
2100     <tr>
2101       <td width="60" nowrap>
2102         <div align="center">
2103           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
2104         </div>
2105       </td>
2106       <td><div align="left">
2107           <em>General</em>
2108           <ul>
2109             <li>
2110               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
2111               for all consensus calculations
2112             </li>
2113             <li>
2114               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
2115               3rd Oct 2016)
2116             </li>
2117             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
2118               for 2016-2017</li>
2119           </ul>
2120           <em>Application</em>
2121           <ul>
2122             <li>
2123               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
2124               set of database cross-references, sorted alphabetically
2125             </li>
2126             <li>
2127               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
2128               from database cross references. Users with custom links
2129               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
2130                 dialog</a> asking them to update their preferences.
2131             </li>
2132             <li>
2133               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
2134               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
2135               Chimera session
2136             </li>
2137             <li>
2138               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
2139               the Chimera it is connected to is shut down
2140             </li>
2141             <li>
2142               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
2143               columns menu item to mark columns containing highlighted
2144               regions (e.g. from structure selections or results of a
2145               Find operation)
2146             </li>
2147             <li>
2148               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
2149               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
2150               MSAviewer
2151             </li>
2152           </ul>
2153         </div></td>
2154       <td>
2155         <div align="left">
2156           <em>General</em>
2157           <ul>
2158             <li>
2159               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
2160               are not coloured or thresholded according to percent
2161               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
2165               hydrophobic
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
2169               threshold, amino acid properties)
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
2173               reported as mapped to residues in a structure file in the
2174               View Mapping report
2175             </li>
2176             <li>
2177               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
2178               could be added multiple times to a sequence
2179             </li>
2180             <li>
2181               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
2182               bond features shown as two highlighted residues rather
2183               than a range in linked structure views, and treated
2184               correctly when selecting and computing trees from features
2185             </li>
2186             <li>
2187               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
2188               cross-references are matched to database name regardless
2189               of case
2190             </li>
2191
2192           </ul>
2193           <em>Application</em>
2194           <ul>
2195             <li>
2196               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
2197               names without regular expressions also offer links from
2198               Sequence ID
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
2202               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
2203               update Jalview configuration
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
2207               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
2211               files with similarly named sequences if dropped onto the
2212               alignment
2213             </li>
2214             <li>
2215               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
2216               entries where more chains exist in the PDB accession than
2217               are reported in the SIFTS file
2218             </li>
2219             <li>
2220               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
2221               the structure view when displayed with Chimera
2222             </li>
2223             <li>
2224               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
2225               panel's View->Show Chains submenu
2226             </li>
2227             <li>
2228               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
2229               work for wrapped alignment views
2230             </li>
2231             <li>
2232               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
2233               predictions from 'JNet' to 'JPred'
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
2237               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
2238               first annotation row
2239             </li>
2240             <li>
2241               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
2242               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
2243             </li>
2244             <li>
2245               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
2246               ranges for PDB and sequence for SIFTS
2247             </li>
2248             <!-- JAL-2319 -->
2249             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
2250             coordindate data
2251             </li>
2252           </ul>
2253           <!--           <em>New Known Issues</em>
2254           <ul>
2255             <li></li>
2256           </ul> -->
2257         </div>
2258       </td>
2259     </tr>
2260     <td width="60" nowrap>
2261       <div align="center">
2262         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
2263           <em>25/10/2016</em></strong>
2264       </div>
2265     </td>
2266     <td><em>Application</em>
2267       <ul>
2268         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
2269           view if structures already loaded</li>
2270         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
2271           structure views</li>
2272       </ul></td>
2273     <td>
2274       <div align="left">
2275         <em>General</em>
2276         <ul>
2277           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
2278             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
2279           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
2280             example sequences/projects/trees</li>
2281         </ul>
2282         <em>Application</em>
2283         <ul>
2284           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
2285             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
2286           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
2287             without timeout for structures with multiple models or
2288             multiple sequences in alignment</li>
2289           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
2290             PDB ID HEADER line</li>
2291           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
2292             is performed</li>
2293           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
2294             OSX versions earlier than El Capitan</li>
2295           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
2296           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
2297             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
2298             option</li>
2299           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
2300             is created on the alignment</li>
2301           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
2302             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
2303             pop-up menu</li>
2304         </ul>
2305         <em>Build and deployment</em>
2306         <ul>
2307           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
2308             tags</li>
2309         </ul>
2310         <em>New Known Issues</em>
2311         <ul>
2312           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
2313             on Windows</li>
2314         </ul>
2315       </div>
2316     </td>
2317     </tr>
2318     <tr>
2319       <td width="60" nowrap>
2320         <div align="center">
2321           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
2322         </div>
2323       </td>
2324       <td><em>General</em>
2325         <ul>
2326           <li>
2327             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
2328           </li>
2329           <li>
2330             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
2331             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
2332             better PDB parsing.
2333           </li>
2334           <li>
2335             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
2336             reference sequence
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
2340             mousing over sequence associated annotation
2341           </li>
2342           <li>
2343             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
2344             for manual entry
2345           </li>
2346           <li>
2347             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
2348             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
2349             for each column
2350           </li>
2351           <li>
2352             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
2353             showing or hiding columns containing a feature
2354           </li>
2355           <li>
2356             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
2357             group and sequence associated annotation labels
2358           </li>
2359           <li>
2360             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
2361             select/hide columns by annotation and colour by annotation
2362             dialogs
2363           </li>
2364
2365         </ul> <em>Application</em>
2366         <ul>
2367           <li>
2368             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
2369             gene/transcript view
2370           </li>
2371           <li>
2372             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
2373             dialog
2374           </li>
2375           <li>
2376             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
2377             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
2378           </li>
2379           <li>
2380             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
2381             Pfam sources to xfam.org
2382           </li>
2383           <li>
2384             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
2385           </li>
2386           <li>
2387             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
2388             over sequences in Jalview
2389           </li>
2390           <li>
2391             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
2392             regions in ENA and EMBL
2393           </li>
2394           <li>
2395             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
2396             for record retrieval via ENA rest API
2397           </li>
2398           <li>
2399             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
2400             complement operator
2401           </li>
2402           <li>
2403             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
2404             groovy script execution
2405           </li>
2406           <li>
2407             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
2408             alignment window's Calculate menu
2409           </li>
2410           <li>
2411             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
2412             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
2413           </li>
2414           <li>
2415             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
2416             calculation workers from groovy scripts
2417           </li>
2418           <li>
2419             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
2420             Jalview projects
2421           </li>
2422           <li>
2423             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
2424             associations are now saved/restored from project
2425           </li>
2426           <li>
2427             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
2428             before sequence fetcher is opened
2429           </li>
2430           <li>
2431             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
2432             database chooser opens a sequence fetcher
2433           </li>
2434           <li>
2435             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
2436             the UniProt REST API
2437           </li>
2438           <li>
2439             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
2440             the news reader opening
2441           </li>
2442           <li>
2443             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
2444             querying stored in preferences
2445           </li>
2446           <li>
2447             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
2448             search results
2449           </li>
2450           <li>
2451             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
2452           </li>
2453           <li>
2454             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
2455             menu for nucleotide sequences
2456           </li>
2457           <li>
2458             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
2459             and feature counts preserves alignment ordering (and
2460             debugged for complex feature sets).
2461           </li>
2462           <li>
2463             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
2464             viewing structures with Jalview 2.10
2465           </li>
2466           <li>
2467             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
2468             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
2469             Ensembl Genomes REST API
2470           </li>
2471           <li>
2472             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
2473             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2474             (Ensembl)
2475           </li>
2476           <li>
2477             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2478             sequences
2479           </li>
2480           <li>
2481             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2482             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2483             data from external database records.
2484           </li>
2485           <li>
2486             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2487             efficient recovery of sequence coding and alignment
2488             annotation relationships.
2489           </li>
2490         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2491         <ul>
2492           <li>
2493             -- JAL---
2494           </li>
2495         </ul> --></td>
2496       <td>
2497         <div align="left">
2498           <em>General</em>
2499           <ul>
2500             <li>
2501               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2502               menu on OSX
2503             </li>
2504             <li>
2505               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2506               includes graduated colourschemes
2507             </li>
2508             <li>
2509               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2510               working with big alignments and lots of hidden columns
2511             </li>
2512             <li>
2513               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2514               at right of alignment window
2515             </li>
2516             <li>
2517               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2518               contents
2519             </li>
2520             <li>
2521               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2522               for DNA alignments
2523             </li>
2524             <li>
2525               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2526               based tree calculation
2527             </li>
2528             <li>
2529               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2530               unconserved enabled for group on alignment
2531             </li>
2532             <li>
2533               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2534               set as reference
2535             </li>
2536             <li>
2537               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2538               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2539               annotation
2540             </li>
2541             <li>
2542               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2543               hidden columns present
2544             </li>
2545             <li>
2546               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2547               user created annotation added to alignment
2548             </li>
2549             <li>
2550               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2551               '()' base pair annotation
2552             </li>
2553             <li>
2554               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2555               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2556               Consensus
2557             </li>
2558             <li>
2559               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2560               feature not working
2561             </li>
2562             <li>
2563               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2564               beginning of sequence
2565             </li>
2566             <li>
2567               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2568               entry 3a6s
2569             </li>
2570             <li>
2571               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2572               from a tree when t-coffee scores are shown
2573             </li>
2574             <li>
2575               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2576               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2577             </li>
2578             <li>
2579               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2580               some structures
2581             </li>
2582             <li>
2583               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2584               to Clustal, PIR and PileUp output
2585             </li>
2586             <li>
2587               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2588               not visible causes alignment window to repaint
2589             </li>
2590             <li>
2591               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2592               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2593               scores associated with features and annotation rows
2594             </li>
2595             <li>
2596               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2597               calculation should be case independent
2598             </li>
2599             <li>
2600               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2601               columns
2602             </li>
2603             <li>
2604               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2605               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2606               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2607             </li>
2608             <li>
2609               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2610               problems when reference sequence defined and 'show
2611               non-conserved' enabled
2612             </li>
2613             <li>
2614               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2615               load even when Consensus calculation is disabled
2616             </li>
2617             <li>
2618               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2619               alignment does nothing
2620             </li>
2621           </ul>
2622           <em>Application</em>
2623           <ul>
2624             <li>
2625               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2626               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2627               yet fixed for El Capitan)
2628             </li>
2629             <li>
2630               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2631               output when running on non-gb/us i18n platforms
2632             </li>
2633             <li>
2634               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2635               hidden sequences as flat-file alignment
2636             </li>
2637             <li>
2638               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2639               launching Chimera
2640             </li>
2641             <li>
2642               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2643               (also hotfix for 2.9.0b2)
2644             </li>
2645             <li>
2646               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2647               reference sequence defined
2648             </li>
2649             <li>
2650               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2651               alignments and views when revealing hidden columns
2652             </li>
2653             <li>
2654               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2655               view in a cDNA/Protein splitframe
2656             </li>
2657             <li>
2658               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2659               sequence from project when only one sequence is
2660               represented
2661             </li>
2662             <li>
2663               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2664               in Structure Chooser
2665             </li>
2666             <li>
2667               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2668               structure consensus didn't refresh annotation panel
2669             </li>
2670             <li>
2671               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2672               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2673             </li>
2674             <li>
2675               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2676               dialogs format columns correctly, don't display array
2677               data, sort columns according to type
2678             </li>
2679             <li>
2680               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2681               file chooser is cancelled during an image export
2682             </li>
2683             <li>
2684               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2685               sequence name containing special characters
2686             </li>
2687             <li>
2688               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2689               case insensitive
2690             </li>
2691             <li>
2692               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2693               formatting don't wrap
2694             </li>
2695             <li>
2696               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2697               truncated so L looks like I in consensus annotation
2698             </li>
2699             <li>
2700               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2701               currently displayed features for the current selection or
2702               view
2703             </li>
2704             <li>
2705               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2706               after fetching cross-references, and restoring from
2707               project
2708             </li>
2709             <li>
2710               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2711               followed in the structure viewer
2712             </li>
2713             <li>
2714               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2715               splitframe not restored from project
2716             </li>
2717             <li>
2718               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2719               trailing end of protein alignment in transcript/product
2720               splitview when pad-gaps not enabled by default
2721             </li>
2722             <li>
2723               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2724               is case dependent
2725             </li>
2726             <li>
2727               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2728               article has been read (reopened issue due to
2729               internationalisation problems)
2730             </li>
2731             <li>
2732               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2733               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2734               cross-references
2735             </li>
2736
2737             <li>
2738               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2739               alignment as HTML
2740             </li>
2741             <li>
2742               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2743               multiple structures are shown for one or more sequences.
2744             </li>
2745             <li>
2746               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2747               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2748               is enabled.
2749             </li>
2750             <li>
2751               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2752               specific PDB id for sequence
2753             </li>
2754             <li>
2755               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2756               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2757               columns' is disabled.
2758             </li>
2759             <li>
2760               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2761               selects lowest rather than highest resolution structures
2762               for each sequence
2763             </li>
2764             <li>
2765               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2766               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2767             </li>
2768             <li>
2769               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2770               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2771             </li>
2772             <li>
2773               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2774               after clicking on it to create new annotation for a
2775               column.
2776             </li>
2777             <li>
2778               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2779               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2780             </li>
2781             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2782             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2783           </ul>
2784           <em>Applet</em>
2785           <ul>
2786             <li>
2787               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2788               hidden columns present before start of sequence
2789             </li>
2790             <li>
2791               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2792               (JSON jars)
2793             </li>
2794             <li>
2795               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2796               sequences are hidden in applet
2797             </li>
2798             <li>
2799               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2800               deployment on examples pages.
2801             </li>
2802           </ul>
2803         </div>
2804       </td>
2805     </tr>
2806     <tr>
2807       <td width="60" nowrap>
2808         <div align="center">
2809           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2810             <em>16/10/2015</em></strong>
2811         </div>
2812       </td>
2813       <td><em>General</em>
2814         <ul>
2815           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2816             jars</li>
2817         </ul></td>
2818       <td>
2819         <div align="left">
2820           <em>Application</em>
2821           <ul>
2822             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2823               shown when tree is partitioned</li>
2824             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2825               multiple cDNA/Protein split views</li>
2826           </ul>
2827         </div>
2828       </td>
2829     </tr>
2830     <tr>
2831       <td width="60" nowrap>
2832         <div align="center">
2833           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2834             <em>8/10/2015</em></strong>
2835         </div>
2836       </td>
2837       <td><em>General</em>
2838         <ul>
2839           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2840             2.9</li>
2841         </ul> <em>Application</em>
2842         <ul>
2843           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2844           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2845           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2846         </ul> <em>Applet</em>
2847         <ul>
2848           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2849         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2850         <ul>
2851           <li>
2852             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2853             suite
2854           </li>
2855         </ul></td>
2856       <td>
2857         <div align="left">
2858           <em>General</em>
2859           <ul>
2860             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2861               incorrect when sequence start > 1</li>
2862             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2863               documentation</li>
2864             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2865             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2866               loading a features file containing HTML tags in feature
2867               description</li>
2868
2869           </ul>
2870           <em>Application</em>
2871           <ul>
2872             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2873               reimport</li>
2874             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2875               with 'trim retrieved sequences'</li>
2876             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2877               deleting selected columns</li>
2878             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2879               JNLP templates for webstart launch</li>
2880             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2881               unreleased structures for download or viewing</li>
2882             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2883               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2884             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2885               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2886             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2887               recovered from jalview project</li>
2888             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2889               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2890               alignment view</li>
2891             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2892               color schemes from BioJSON</li>
2893           </ul>
2894           <em>Applet</em>
2895           <ul>
2896             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2897               frame</li>
2898             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2899           </ul>
2900         </div>
2901       </td>
2902     </tr>
2903     <tr>
2904       <td><div align="center">
2905           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2906         </div></td>
2907       <td><em>General</em>
2908         <ul>
2909           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2910             alignments:
2911             <ul>
2912               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2913                 and DNA alignment views</li>
2914               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2915                 cDNA alignment views</li>
2916               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2917                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2918               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2919                 protein sequences</li>
2920             </ul>
2921           </li>
2922           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2923           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2924             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2925           <li>New alignment annotation file statements for
2926             reference sequences and marking hidden columns</li>
2927           <li>Reference sequence based alignment shading to
2928             highlight variation</li>
2929           <li>Select or hide columns according to alignment
2930             annotation</li>
2931           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2932           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2933             acid conservation row</li>
2934           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2935         </ul> <em>Application</em>
2936         <ul>
2937           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2938             <ul>
2939               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2940                 view with cDNA/Protein</li>
2941               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2942                 sequences are placed in the same alignment</li>
2943               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2944                 projects</li>
2945             </ul>
2946           </li>
2947
2948           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2949           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2950             Jalview windows</li>
2951
2952           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2953           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2954           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2955             be shown in VARNA</li>
2956
2957           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2958             as the active selected region</li>
2959
2960           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2961             similarity</li>
2962           <li>New Export options
2963             <ul>
2964               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2965                 region export in flat file generation</li>
2966
2967               <li>Export alignment views for display with the <a
2968                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2969
2970               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2971               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2972                 alignment figures to HTML</li>
2973           </li>
2974           <li>3D structure retrieval and display
2975             <ul>
2976               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2977                 Search API</li>
2978               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2979                 PDB structures for a sequence set</li>
2980             </ul>
2981           </li>
2982
2983           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2984             predictions</li>
2985           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2986             for one or a group of sequences</li>
2987           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2988             from the JPred4 web server</li>
2989           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2990             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2991             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2992           </li>
2993           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2994             VARNA 2D Structure'</li>
2995           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2996             Structure ..."</li>
2997
2998         </ul> <em>Applet</em>
2999         <ul>
3000           <li>New layout for applet example pages</li>
3001           <li>New parameters to enable SplitFrame view
3002             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
3003           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
3004             Protein alignments</li>
3005         </ul> <em>Development and deployment</em>
3006         <ul>
3007           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
3008           <li>Include installation type and git revision in build
3009             properties and console log output</li>
3010           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
3011             storing BioJsMSA Templates</li>
3012           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
3013         </ul></td>
3014       <td>
3015         <!-- <em>General</em>
3016         <ul>
3017         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3018         <ul>
3019           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
3020           <li>Typo in select-by-features status report</li>
3021           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
3022             predictions are not highlighted in amber</li>
3023           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
3024             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
3025           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
3026             associated structure views</li>
3027           <li>ID width preference option is greyed out when auto
3028             width checkbox not enabled</li>
3029           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
3030             creating user defined colours</li>
3031           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
3032             mappings for just that viewer's sequences</li>
3033           <li>Workaround for superposing PDB files containing
3034             multiple models in Chimera</li>
3035           <li>Report sequence position in status bar when hovering
3036             over Jmol structure</li>
3037           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
3038             output to text box</li>
3039           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
3040             have incorrect sequence start/end</li>
3041           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
3042             Jalview fails</li>
3043           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
3044             work for nucleotide</li>
3045           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
3046             to a grey/invisible alignment window</li>
3047           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
3048             imports to different position</li>
3049           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
3050             on some platforms</li>
3051           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
3052             populated</li>
3053           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
3054             console if Chimera has been opened</li>
3055           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
3056           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
3057             retrieved</li>
3058           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
3059           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
3060             either sequence shows on first structure</li>
3061           <li>'Show annotations' options should not make
3062             non-positional annotations visible</li>
3063           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
3064             in right place after 'view flanking regions'</li>
3065           <li>File Save As type unset when current file format is
3066             unknown</li>
3067           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
3068             projects</li>
3069           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
3070             responsive</li>
3071           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
3072             several views on same alignment</li>
3073           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
3074           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
3075             spaces</li>
3076         </ul> <em>Applet</em>
3077         <ul>
3078           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
3079           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
3080             descriptions containing angle brackets</li>
3081         </ul> <em>General</em>
3082         <ul>
3083           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
3084             via jalview annotation file</li>
3085           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
3086             with RNA secondary structure</li>
3087           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
3088             translation doesn't work.</li>
3089           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
3090           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
3091             positions</li>
3092           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
3093             choosing 1pt font</li>
3094           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
3095             annotation file when annotation display text includes 'e' or
3096             'h'</li>
3097           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
3098             new feature</li>
3099           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
3100             order dependent</li>
3101           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
3102             sequences</li>
3103           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
3104         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
3105         <ul>
3106           <li>Applet example pages appear different to the rest of
3107             www.jalview.org</li>
3108         </ul> <em>Application Known issues</em>
3109         <ul>
3110           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
3111           <li>Misleading message appears after trying to delete
3112             solid column.</li>
3113           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
3114             version launches</li>
3115           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
3116             fails with a sequence mismatch</li>
3117           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
3118             scrolling alignment to right</li>
3119           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
3120             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
3121           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
3122             placed above or below non-autocalculated rows</li>
3123           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
3124             ultra-high resolution</li>
3125           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
3126             quality and conservation</li>
3127           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
3128             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
3129         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3130         <ul>
3131           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
3132           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
3133             window is being resized</li>
3134
3135         </ul>
3136       </td>
3137     </tr>
3138     <tr>
3139       <td><div align="center">
3140           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
3141         </div></td>
3142       <td><em>General</em>
3143         <ul>
3144           <li>Updated Java code signing certificate donated by
3145             Certum.PL.</li>
3146           <li>Features and annotation preserved when performing
3147             pairwise alignment</li>
3148           <li>RNA pseudoknot annotation can be
3149             imported/exported/displayed</li>
3150           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
3151             protein secondary structure</li>
3152           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
3153               post-hoc with 2.9 release</em>)
3154           </li>
3155
3156         </ul> <em>Application</em>
3157         <ul>
3158           <li>Extract and display secondary structure for sequences
3159             with 3D structures</li>
3160           <li>Support for parsing RNAML</li>
3161           <li>Annotations menu for layout
3162             <ul>
3163               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
3164               <li>place sequence annotation above/below alignment
3165                 annotation</li>
3166             </ul>
3167           <li>Output in Stockholm format</li>
3168           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
3169             translation</li>
3170           <li>Structure viewer preferences tab</li>
3171           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
3172             shared between alignments</li>
3173           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
3174             Jalview</li>
3175           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
3176             all or current selection</li>
3177           <li>disorder and secondary structure predictions
3178             available as dataset annotation</li>
3179           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
3180
3181
3182           <li>Sequence database accessions imported when fetching
3183             alignments from Rfam</li>
3184           <li>update VARNA version to 3.91</li>
3185
3186           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
3187             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
3188           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
3189           <li>include installation type in build properties and
3190             console log output</li>
3191           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
3192             annotation</li>
3193         </ul></td>
3194       <td>
3195         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3196         <ul>
3197           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
3198             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
3199           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
3200             alignment</li>
3201           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
3202           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
3203           <li>Double click on sequence associated annotation
3204             selects only first column</li>
3205           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
3206             leaves shown in tree</li>
3207           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
3208             properly</li>
3209           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
3210           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
3211             screen and buttons not visible</li>
3212           <li>author list isn't updated if already written to
3213             Jalview properties</li>
3214           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
3215             from database</li>
3216           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
3217           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
3218             browser search window</li>
3219           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
3220             in feature settings dialog</li>
3221           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
3222             desktop</li>
3223           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
3224             pass validation</li>
3225           <li>Web services parameters dialog box is too large to
3226             fit on screen</li>
3227           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
3228             tooltip</li>
3229           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
3230             defined user preset</li>
3231           <li>MSA web services warns user if they were launched
3232             with invalid input</li>
3233           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
3234             Java 8</li>
3235           <li>
3236             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
3237             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
3238             created
3239           </li>
3240
3241         </ul> <!--  <em>Applet</em>
3242         <ul>
3243         </ul> <em>General</em>
3244         <ul>
3245         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
3246         <ul>
3247           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
3248             memory allocation</li>
3249           <li>launchApp service doesn't automatically open
3250             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
3251           <li>
3252             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
3253             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
3254             1.7_055 is available
3255           </li>
3256         </ul> <em>Application Known issues</em>
3257         <ul>
3258           <li>
3259             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
3260             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
3261             alignment to right
3262           </li>
3263           <li>
3264             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
3265             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
3266             with large number of ID
3267           </li>
3268           <li>
3269             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
3270             flatfile output of visible region has incorrect sequence
3271             start/end
3272           </li>
3273           <li>
3274             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
3275             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
3276             structure tracks are rearranged
3277           </li>
3278           <li>
3279             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
3280             invalid rna structure positional highlighting does not
3281             highlight position of invalid base pairs
3282           </li>
3283           <li>
3284             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
3285             out of memory errors are not raised when saving Jalview
3286             project from alignment window file menu
3287           </li>
3288           <li>
3289             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
3290             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
3291             structures
3292           </li>
3293           <li>
3294             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
3295             colour by RNA Helices not enabled when user created
3296             annotation added to alignment
3297           </li>
3298           <li>
3299             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
3300             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
3301           </li>
3302         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
3303         <ul>
3304           <li>
3305             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
3306             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
3307           </li>
3308           <li>
3309             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
3310             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
3311           </li>
3312
3313           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
3314             when selected</li>
3315         </ul>
3316       </td>
3317     </tr>
3318     <tr>
3319       <td><div align="center">
3320           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
3321         </div></td>
3322       <td>
3323         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
3324         <em>General</em>
3325         <ul>
3326           <li>Internationalisation of user interface (usually
3327             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
3328           <li>Define/Undefine group on current selection with
3329             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
3330           <li>Improved group creation/removal options in
3331             alignment/sequence Popup menu</li>
3332           <li>Sensible precision for symbol distribution
3333             percentages shown in logo tooltip.</li>
3334           <li>Annotation panel height set according to amount of
3335             annotation when alignment first opened</li>
3336         </ul> <em>Application</em>
3337         <ul>
3338           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
3339             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
3340           <li>Select columns containing particular features from
3341             Feature Settings dialog</li>
3342           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
3343             sequences</li>
3344           <li>Update Jalview project format:
3345             <ul>
3346               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
3347               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
3348                 store secondary structure annotation,etc)</li>
3349               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
3350                 colouring</li>
3351             </ul>
3352           </li>
3353           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
3354             (PAM250)</li>
3355           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
3356             flanking regions for an alignment</li>
3357         </ul>
3358       </td>
3359       <td>
3360         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
3361         <ul>
3362           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
3363             running after job is cancelled</li>
3364           <li>cannot export features from alignments imported from
3365             Jalview/VAMSAS projects</li>
3366           <li>Buggy slider for web service parameters that take
3367             float values</li>
3368           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
3369             have 'display all symbols' flag set</li>
3370           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
3371             annotation shading not saved in Jalview project</li>
3372           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
3373             Jalview</li>
3374           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
3375             Lion/Webstart</li>
3376           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
3377           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
3378           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
3379             alignment onto desktop</li>
3380           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
3381             'extract scores' function</li>
3382           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
3383             alignment window</li>
3384           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
3385             performing IUPred disorder prediction</li>
3386           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
3387             changing 'normalise logo' display setting</li>
3388           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
3389             nothing matches query</li>
3390           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
3391             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
3392           </li>
3393           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
3394             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
3395           </li>
3396           <li>Not all working JABAWS services are shown in
3397             Jalview's menu</li>
3398           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
3399             'invalid literal/length code'</li>
3400           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
3401             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
3402           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
3403             colourscheme</li>
3404
3405         </ul> <em>Applet</em>
3406         <ul>
3407           <li>Remove group option is shown even when selection is
3408             not a group</li>
3409           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
3410             don't affect groups</li>
3411           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
3412             colourscheme name</li>
3413           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
3414             Annotation panel is not displayed</li>
3415           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
3416             embedded windows</li>
3417         </ul> <em>Other</em>
3418         <ul>
3419           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
3420             single sequence were not calculated</li>
3421           <li>annotation files that contain only groups imported as
3422             annotation and junk sequences</li>
3423           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
3424             recognised as PFAM or BLC</li>
3425           <li>conservation/PID slider apply all groups option
3426             doesn't affect background (2.8.0b1)
3427           <li></li>
3428           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
3429           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
3430             trailing gaps</li>
3431           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
3432             registered correctly on import</li>
3433           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
3434             certain alignments</li>
3435           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
3436             existing annotation based 'use original colours'
3437             colourscheme loses original colours setting</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440     </tr>
3441     <tr>
3442       <td><div align="center">
3443           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
3444             <em>30/1/2014</em></strong>
3445         </div></td>
3446       <td>
3447         <ul>
3448           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
3449             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
3450             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
3451             open source project).
3452           </li>
3453           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
3454           <li>Output in Stockholm format</li>
3455           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
3456           <li>Export/import group and sequence associated line
3457             graph thresholds</li>
3458           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
3459             ambiguity codes</li>
3460           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
3461             selection (or visible selection) in the same way that JPred
3462             works</li>
3463           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
3464         </ul> <em>Other improvements</em>
3465         <ul>
3466           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
3467           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
3468             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
3469           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
3470             files</li>
3471           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
3472           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
3473             link but no description</li>
3474           <li>Select primary source when selecting authority in
3475             database fetcher GUI</li>
3476           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3477             Jalview</li>
3478           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481       <td>
3482         <ul>
3483           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3484             displayed</li>
3485           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3486             secondary structure annotation line</li>
3487           <li>Sequence database accessions not imported when
3488             fetching alignments from Rfam</li>
3489           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3490             identical IDs</li>
3491           <li>View all structures does not always superpose
3492             structures</li>
3493           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3494             reflect user or preset settings</li>
3495           <li>Null pointer exceptions for some services without
3496             presets or adjustable parameters</li>
3497           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3498             discover PDB xRefs</li>
3499           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3500             features with DAS</li>
3501           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3502             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3503           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3504             residue follows a gap</li>
3505           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3506             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3507           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3508             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3509           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3510             annotation already exists on alignment</li>
3511           <li>oninit javascript function should be called after
3512             initialisation completes</li>
3513           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3514             alignment window display</li>
3515           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3516           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3517             to annotation file</li>
3518           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3519             groups created</li>
3520           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3521             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3522           <li>Pressing return several times causes Number Format
3523             exceptions in keyboard mode</li>
3524           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3525             correct partitions for input data</li>
3526           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3527           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3528           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3529           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3530             mode</li>
3531           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3532             changes one row&#39;s threshold</li>
3533           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3534             doesn&#39;t open</li>
3535           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3536             quality histograms</li>
3537         </ul>
3538       </td>
3539     </tr>
3540     <tr>
3541       <td><div align="center">
3542           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3543         </div></td>
3544       <td><em>Application</em>
3545         <ul>
3546           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3547             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3548           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3549             preferences</li>
3550           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3551             in Jalview alignment window</li>
3552           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3553             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3554           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3555             RNA and ambiguity codes</li>
3556
3557           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3558           <li>Support fetching and database reference look up
3559             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3560             refs')</li>
3561           <li>Jalview project improvements
3562             <ul>
3563               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3564                 flag for annotation</li>
3565               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3566                 alignment</li>
3567               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3568                 Jalview project</li>
3569
3570             </ul>
3571           </li>
3572           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3573           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3574             running</li>
3575           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3576           <li>visual indication that web service results are still
3577             being retrieved from server</li>
3578           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3579             starts up for first time</li>
3580           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3581             services</li>
3582           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3583             client library</li>
3584           <li>Examples directory and Groovy library included in
3585             InstallAnywhere distribution</li>
3586         </ul> <em>Applet</em>
3587         <ul>
3588           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3589             visualization applet example</li>
3590         </ul> <em>General</em>
3591         <ul>
3592           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3593           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3594             defaults</li>
3595           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3596             calculation</li>
3597           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3598             matrices
3599           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3600             in HTML</li>
3601           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3602             structure contacts</li>
3603           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3604           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3605           <li>Parse sequence associated secondary structure
3606             information in Stockholm files</li>
3607           <li>HTML Export database accessions and annotation
3608             information presented in tooltip for sequences</li>
3609           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3610             style RNA alignment files</li>
3611           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3612             alignment</li>
3613           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3614             shade each sequence according to its associated alignment
3615             annotation</li>
3616           <li>New Jalview Logo</li>
3617         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3618         <ul>
3619           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3620           <li>New Website!</li>
3621         </ul></td>
3622       <td><em>Application</em>
3623         <ul>
3624           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3625             wsdbfetch REST service</li>
3626           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3627           <li>Filetype associations not installed for webstart
3628             launch</li>
3629           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3630             job execution in full once it is complete</li>
3631           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3632             uploaded via ali_file parameter</li>
3633           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3634           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3635           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3636             submitted for prediction</li>
3637           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3638             desktop window</li>
3639           <li>Putting fractional value into integer text box in
3640             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3641           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3642             windows 7</li>
3643           <li>View all structures fails with exception shown in
3644             structure view</li>
3645           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3646             escaped in a platform independent way</li>
3647           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3648             using proxy</li>
3649           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3650             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3651           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3652             failure when java web start temporary file caching is
3653             disabled</li>
3654           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3655             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3656           <li>Errors during processing of command line arguments
3657             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3658           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3659             DAS sources in sequence fetcher</li>
3660           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3661             dialog is shown</li>
3662           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3663           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3664           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3665           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3666             on OSX Mountain Lion</li>
3667           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3668             sequences with alignment annotation are pasted into the
3669             alignment</li>
3670           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3671             when loaded from Jalview project</li>
3672           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3673           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3674             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3675           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3676             associated with all views</li>
3677           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3678             annotation rows to new window</li>
3679         </ul> <em>Applet</em>
3680         <ul>
3681           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3682             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3683           <li>loading features via javascript API automatically
3684             enables feature display</li>
3685           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3686             work</li>
3687         </ul> <em>General</em>
3688         <ul>
3689           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3690           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3691             and then deselected</li>
3692           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3693           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3694             coloured with clustalx</li>
3695           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3696             exceptions and redraw errors</li>
3697           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3698             reconfigured view</li>
3699           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3700             colour</li>
3701           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3702             for lots of labels</li>
3703         </ul>
3704     </tr>
3705     <tr>
3706       <td>
3707         <div align="center">
3708           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3709         </div>
3710       </td>
3711       <td><em>Application</em>
3712         <ul>
3713           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3714           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3715           <li>View/alignment association menu to enable user to
3716             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3717             its colours/correspondences from</li>
3718           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3719           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3720             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3721           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3722           <li>Annotation row column label formatting attributes
3723             stored in project file</li>
3724           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3725             rows preserved in Jalview project file</li>
3726           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3727             saved using Desktop window menu</li>
3728           <li>Visual indication that command line arguments are
3729             still being processed</li>
3730           <li>Groovy script execution from URL</li>
3731           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3732             preferences</li>
3733           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3734             alignment with sequences that have high similarity and
3735             matching IDs</li>
3736           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3737           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3738             structures in same window</li>
3739           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3740           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3741             analysis function in its own submenu</li>
3742         </ul> <em>Applet</em>
3743         <ul>
3744           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3745             groups</li>
3746           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3747           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3748           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3749           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3750           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3751             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3752           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3753           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3754             parameters are treated as such</li>
3755           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3756             <ul>
3757               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3758               <li>Javascript callbacks for
3759                 <ul>
3760                   <li>Applet initialisation</li>
3761                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3762                 </ul>
3763               </li>
3764               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3765                 functions</li>
3766               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3767               <li>javascript structure viewer harness to pass
3768                 messages between Jmol and Jalview when running as
3769                 distinct applets</li>
3770               <li>sortBy method</li>
3771               <li>Set of applet and application examples shipped
3772                 with documentation</li>
3773               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3774                 javascript message exchange</li>
3775             </ul>
3776         </ul> <em>General</em>
3777         <ul>
3778           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3779             multiple alignments</li>
3780           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3781           <li>User configurable link to enable redirects to a
3782             www.Jalview.org mirror</li>
3783           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3784           <li>Configurable newline string when writing alignment
3785             and other flat files</li>
3786           <li>Allow alignment annotation description lines to
3787             contain html tags</li>
3788         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3789         <ul>
3790           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3791             examples</li>
3792           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3793             using a web service before displaying the result in the
3794             Jalview desktop</li>
3795           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3796           <li>Ant target to publish example html files with applet
3797             archive</li>
3798           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3799           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3800         </ul></td>
3801       <td><em>Application</em>
3802         <ul>
3803           <li>User defined colourscheme throws exception when
3804             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3805           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3806             dialog for valid filename/format</li>
3807           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3808           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3809             P37173</li>
3810           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3811             which sequence is to be associated with the file</li>
3812           <li>Find All raises null pointer exception when query
3813             only matches sequence IDs</li>
3814           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3815           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3816             2.4 cannot be loaded</li>
3817           <li>Filetype associations not installed for webstart
3818             launch</li>
3819           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3820             with sequences in different alignments do not get coloured
3821             by their associated sequence</li>
3822           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3823             not preserved when project is loaded</li>
3824           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3825             stored in Jalview project</li>
3826           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3827             Jalview project</li>
3828           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3829           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3830             by conservation</li>
3831           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3832             created on new view</li>
3833           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3834             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3835           <li>Alignment quality not updated after alignment
3836             annotation row is hidden then shown</li>
3837           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3838             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3839           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3840             properly</li>
3841           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3842             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3843           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3844           <li>Structures imported from file and saved in project
3845             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3846           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3847             job execution in full once it is complete</li>
3848         </ul> <em>Applet</em>
3849         <ul>
3850           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3851             annotation rows are displayed</li>
3852           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3853             codebase</li>
3854           <li>View follows highlighting does not work for positions
3855             in sequences</li>
3856           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3857           <li>Export features raises exception when no features
3858             exist</li>
3859           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3860             for javascript api is modified when separator string
3861             provided as parameter</li>
3862           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3863             alignment with no existing selection</li>
3864           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3865             to applet&#39;s codebase</li>
3866           <li>Status bar not updated after finished searching and
3867             search wraps around to first result</li>
3868           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3869             several Jalview applets causes race conditions and memory
3870             leaks</li>
3871           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3872             not sent from Jmol in applet</li>
3873           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3874             applet API fatally hang browser</li>
3875         </ul> <em>General</em>
3876         <ul>
3877           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3878             position with wrapped view and hidden regions</li>
3879           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3880             with/without hidden columns</li>
3881           <li>Sequence length given in alignment properties window
3882             is off by 1</li>
3883           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3884             import PDB like structure files</li>
3885           <li>Positional search results are only highlighted
3886             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3887           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3888           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3889             given sequence position</li>
3890           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3891             output</li>
3892           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3893             from nucleotide chains correctly</li>
3894           <li>Structure colours not updated when tree partition
3895             changed in alignment</li>
3896           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3897             parsed in interleaved stockholm</li>
3898           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3899             state</li>
3900           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3901             properly</li>
3902           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3903             properly associated with their pdb files</li>
3904         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3905         <ul>
3906           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3907             ApplyCopyright tool</li>
3908         </ul></td>
3909     </tr>
3910     <tr>
3911       <td>
3912         <div align="center">
3913           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3914         </div>
3915       </td>
3916       <td><em>Application</em>
3917         <ul>
3918           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3919             contact web services</li>
3920           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3921             service job window</li>
3922           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3923         </ul></td>
3924       <td>
3925         <ul>
3926           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3927             pir file emitted by Jalview</li>
3928           <li>Existing feature settings transferred to new
3929             alignment view created from cut'n'paste</li>
3930           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3931             parsing PDB files</li>
3932           <li>Consensus and conservation annotation rows
3933             occasionally become blank for all new windows</li>
3934           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3935             in wrapped view mode</li>
3936         </ul> <em>Application</em>
3937         <ul>
3938           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3939             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3940           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3941             parameter names</li>
3942           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3943             is down</li>
3944         </ul>
3945       </td>
3946     </tr>
3947     <tr>
3948       <td>
3949         <div align="center">
3950           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3951         </div>
3952       </td>
3953       <td><em>Application</em>
3954         <ul>
3955           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3956             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3957             (JABAWS)
3958           </li>
3959           <li>Web Services preference tab</li>
3960           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3961             preferences</li>
3962           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3963           <li>Superpose structures using associated sequence
3964             alignment</li>
3965           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3966             viewer</li>
3967         </ul> <em>Applet</em>
3968         <ul>
3969           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3970             link out mechanism</li>
3971         </ul> <em>Other</em>
3972         <ul>
3973           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3974             series 12</li>
3975           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3976             require Java 1.5</li>
3977           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3978             sequence annotation files</li>
3979           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3980             type colour specification</li>
3981           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3982             script to check if it being run in an interactive session or
3983             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3984         </ul></td>
3985       <td>
3986         <ul>
3987           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3988             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3989         </ul> <em>Application</em>
3990         <ul>
3991           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3992             selected Regions menu item</li>
3993           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3994             part of a valid accession ID</li>
3995           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3996             runs out of memory</li>
3997           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3998             analysis results</li>
3999           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
4000             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
4001           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
4002         </ul> <em>Applet</em>
4003         <ul>
4004           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
4005             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
4006             defined.</li>
4007         </ul>
4008       </td>
4009     </tr>
4010     <tr>
4011       <td>
4012         <div align="center">
4013           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
4014         </div>
4015       </td>
4016       <td></td>
4017       <td>
4018         <ul>
4019           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
4020             sequence IDs</li>
4021           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
4022             both D+E are present in over 50% of the column</li>
4023           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
4024             import correctly</li>
4025           <li>More columns get selected than were clicked on when a
4026             number of columns are hidden</li>
4027           <li>annotation label popup menu not providing correct
4028             add/hide/show options when rows are hidden or none are
4029             present</li>
4030           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
4031             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
4032           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
4033             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
4034
4035         </ul> <em>Applet</em>
4036         <ul>
4037           <li>annotation panel disappears when annotation is
4038             hidden/removed</li>
4039         </ul> <em>Application</em>
4040         <ul>
4041           <li>Alignment view not redrawn properly when new
4042             alignment opened where annotation panel is visible but no
4043             annotations are present on alignment</li>
4044           <li>pasted region containing hidden columns is
4045             incorrectly displayed in new alignment window</li>
4046           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
4047             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
4048           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
4049             selected Rregions menu item.</li>
4050           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
4051             'Un' or 'Non'conserved</li>
4052           <li>Sequence feature settings are being shared by
4053             multiple distinct alignments</li>
4054           <li>group annotation not recreated when tree partition is
4055             changed</li>
4056           <li>double click on group annotation to select sequences
4057             does not propagate to associated trees</li>
4058           <li>Mac OSX specific issues:
4059             <ul>
4060               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
4061                 window background</li>
4062               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
4063                 name set correctly</li>
4064               <li>sequence feature settings not wide enough for the
4065                 save feature colourscheme button</li>
4066             </ul>
4067           </li>
4068         </ul>
4069       </td>
4070     </tr>
4071     <tr>
4072
4073       <td>
4074         <div align="center">
4075           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
4076         </div>
4077       </td>
4078       <td><em>New Capabilities</em>
4079         <ul>
4080           <li>URL links generated from description line for
4081             regular-expression based URL links (applet and application)
4082
4083           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
4084             menu</li>
4085           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
4086             structures</li>
4087           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
4088             the currently highlighted region of an alignment.</li>
4089           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
4090             average score or total feature count for each sequence.</li>
4091           <li>Shading features by score or associated description</li>
4092           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
4093             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
4094           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
4095             hide everything but the currently selected region.</li>
4096           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
4097         </ul> <em>Application</em>
4098         <ul>
4099           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
4100             support retrieval from DAS sequence sources</li>
4101           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
4102             command line or via the Add local source dialog box.</li>
4103           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
4104             database references and protein_name is parsed as
4105             description line (BioSapiens terms).</li>
4106           <li>Enable or disable non-positional feature and database
4107             references in sequence ID tooltip from View menu in
4108             application.</li>
4109           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
4110       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
4111           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
4112             conservation plots</li>
4113           <li>Symbol distributions for each column can be exported
4114             and visualized as sequence logos</li>
4115           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
4116             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
4117           </li>
4118           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
4119             when a new tree is opened.</li>
4120           <li>Jalview Java Console</li>
4121           <li>Better placement of desktop window when moving
4122             between different screens.</li>
4123           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
4124             consensus annotation</li>
4125           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
4126             Workflows</li>
4127           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
4128             <ul>
4129               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
4130                 used to preserve views, structures, and tree display
4131                 settings)</li>
4132               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
4133                 command line</li>
4134               <li>Sharing of selected regions between views and
4135                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
4136               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
4137             </ul></li>
4138         </ul> <em>Applet</em>
4139         <ul>
4140           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
4141           <li>New Parameters
4142             <ul>
4143               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
4144                 associated alignment view by the tree when a new tree is
4145                 opened.</li>
4146               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
4147                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
4148               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
4149                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
4150               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
4151                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
4152                 view</li>
4153               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
4154                 increase the height or width of a cell in the alignment
4155                 grid relative to the current font size.</li>
4156             </ul>
4157           </li>
4158           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
4159             tooltip</li>
4160         </ul> <em>Other</em>
4161         <ul>
4162           <li>Features format: graduated colour definitions and
4163             specification of feature scores</li>
4164           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
4165             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
4166             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
4167           <li>XML formats extended to support graduated feature
4168             colourschemes, group associated annotation, and profile
4169             visualization settings.</li></td>
4170       <td>
4171         <ul>
4172           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
4173             rather than description</li>
4174           <li>Non-positional features are now included in sequence
4175             feature and gff files (controlled via non-positional feature
4176             visibility in tooltip).</li>
4177           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
4178           <li>Added URL embedding instructions to features file
4179             documentation.</li>
4180           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
4181             'X' in peptide product</li>
4182           <li>Match case switch in find dialog box works for both
4183             sequence ID and sequence string and query strings do not
4184             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
4185           <li>AMSA files only contain first column of
4186             multi-character column annotation labels</li>
4187           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
4188             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
4189             exported and re-imported)</li>
4190           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
4191             name</li>
4192           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
4193             as subsequence matches, and correctly reports total number
4194             of both.</li>
4195           <li>Application:
4196             <ul>
4197               <li>Better handling of exceptions during sequence
4198                 retrieval</li>
4199               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
4200                 link text excludes the start_end suffix</li>
4201               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
4202                 when fetch or registry operations in progress.</li>
4203               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
4204               <li>Sequence description lines properly shared via
4205                 VAMSAS</li>
4206               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4207                 data sources</li>
4208               <li>Ensured that command line das feature retrieval
4209                 completes before alignment figures are generated.</li>
4210               <li>Reduced time taken when opening file browser for
4211                 first time.</li>
4212               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
4213                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
4214               <li>User defined group colours properly recovered
4215                 from Jalview projects.</li>
4216             </ul>
4217           </li>
4218         </ul>
4219       </td>
4220
4221     </tr>
4222     <tr>
4223       <td>
4224         <div align="center">
4225           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
4226         </div>
4227       </td>
4228       <td>
4229         <ul>
4230           <li>Experimental support for google analytics usage
4231             tracking.</li>
4232           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
4233         </ul>
4234       </td>
4235       <td>
4236         <ul>
4237           <li>Race condition in applet preventing startup in
4238             jre1.6.0u12+.</li>
4239           <li>Exception when feature created from selection beyond
4240             length of sequence.</li>
4241           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
4242           <li>Sequence associated annotation rows associate with
4243             all sequences with a given id</li>
4244           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
4245             ID string searches</li>
4246           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
4247             alignment to fail with exception</li>
4248         </ul> <em>Application Issues</em>
4249         <ul>
4250           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
4251           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
4252             data sources</li>
4253         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
4254         <ul>
4255           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
4256             issue with installAnywhere mechanism)</li>
4257           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
4258             version (java class versioning error fixed)</li>
4259         </ul>
4260       </td>
4261     </tr>
4262     <tr>
4263       <td>
4264
4265         <div align="center">
4266           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
4267         </div>
4268       </td>
4269       <td><em>User Interface</em>
4270         <ul>
4271           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
4272             translation and protein products</li>
4273           <li>Linked highlighting of structure associated with
4274             residue mapping to codon position</li>
4275           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
4276             and 'clear' button</li>
4277           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
4278             Tools menu</li>
4279           <li>Extract score function to parse whitespace separated
4280             numeric data in description line</li>
4281           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
4282           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
4283             of sequence</li>
4284         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
4285         <ul>
4286           <li>JPred3 web service</li>
4287           <li>Prototype sequence search client (no public services
4288             available yet)</li>
4289           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
4290             PFAM</li>
4291           <li>URL Links created for matching database cross
4292             references as well as sequence ID</li>
4293           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
4294         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
4295         <ul>
4296           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
4297             databases</li>
4298           <li>Generalised database reference retrieval and
4299             validation to all fetchable databases</li>
4300           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
4301             sequence command</li>
4302         </ul> <em>Import and Export</em>
4303         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
4304         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
4305           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
4306         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
4307           File</li>
4308         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
4309           triplet as name of colourscheme</li>
4310         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
4311         <ul>
4312           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
4313           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
4314             alignments (experimental)</li>
4315           <li>Create new or select existing session to join</li>
4316           <li>load and save of vamsas documents</li>
4317         </ul> <em>Application command line</em>
4318         <ul>
4319           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
4320             from applet)</li>
4321           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
4322             of DAS servers to query for alignment features</li>
4323           <li>-dasserver command line argument to add new servers
4324             that are also automatically queried for features</li>
4325           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
4326             script after all input data has been loaded and parsed</li>
4327         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
4328         <ul>
4329           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
4330             application (when using &quot;View in full
4331             application&quot;)</li>
4332         </ul> <em>Applet Parameters</em>
4333         <ul>
4334           <li>feature group display control parameter</li>
4335           <li>debug parameter</li>
4336           <li>showbutton parameter</li>
4337         </ul> <em>Applet API methods</em>
4338         <ul>
4339           <li>newView public method</li>
4340           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
4341           <li>Feature display control methods</li>
4342           <li>get list of currently selected sequences</li>
4343         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
4344         <ul>
4345           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
4346           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
4347             Jalview release.</li>
4348           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
4349             property controls execution of obfuscator</li>
4350           <li>Build target for generating source distribution</li>
4351           <li>Debug flag for javacc</li>
4352           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
4353             jalview.bin.Cache</li>
4354           <li>Continuous Build Integration for stable and
4355             development version of Application, Applet and source
4356             distribution</li>
4357         </ul></td>
4358       <td>
4359         <ul>
4360           <li>selected region output includes visible annotations
4361             (for certain formats)</li>
4362           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
4363             for editing</li>
4364           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
4365           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
4366           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
4367           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
4368             comments</li>
4369           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
4370             filenames containing a ':'</li>
4371           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
4372             global sequence features</li>
4373           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
4374             references from alignment sequences goes to zero</li>
4375           <li>Close of tree branch colour box without colour
4376             selection causes cascading exceptions</li>
4377           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
4378           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
4379             file parsing fails.</li>
4380           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
4381           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
4382             not a valid output format</li>
4383           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
4384             vamsas</li>
4385           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
4386           <li>error messages passed up and output when data read
4387             fails</li>
4388           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
4389             sequence is edited</li>
4390           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
4391             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
4392           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
4393             filetype</li>
4394           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
4395             import fixed for PFAM records</li>
4396           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
4397             window list</li>
4398           <li>annotation consisting of sequence associated scores
4399             can be read and written correctly to annotation file</li>
4400           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
4401             correctly</li>
4402           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
4403             non-italic font for representatives in Applet</li>
4404           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
4405             Macs.</li>
4406           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
4407             Applet)</li>
4408           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
4409             due to null pointer exceptions</li>
4410           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
4411             first column of alignment</li>
4412           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
4413             July 2008</li>
4414           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
4415             file is case-insensitive</li>
4416           <li>Sequence features read from Features file appended to
4417             all sequences with matching IDs</li>
4418           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
4419             containing a sub-sequence</li>
4420           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
4421           <li>feature and annotation file applet parameters
4422             referring to different directories are retrieved correctly</li>
4423           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
4424           <li>Fixed application hang whilst waiting for
4425             splash-screen version check to complete</li>
4426           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
4427             when passing them to the launchApp service</li>
4428           <li>display name and local features preserved in results
4429             retrieved from web service</li>
4430           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
4431             sequence fetcher initialisation</li>
4432           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
4433             dasobert DAS client</li>
4434           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
4435             association</li>
4436           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
4437             sequences
4438           </li>
4439         </ul>
4440       </td>
4441     </tr>
4442     <tr>
4443       <td>
4444         <div align="center">
4445           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
4446         </div>
4447       </td>
4448       <td>
4449         <ul>
4450           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
4451           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
4452           <li>Slide sequences</li>
4453           <li>Edit sequence in place</li>
4454           <li>EMBL CDS features</li>
4455           <li>DAS Feature mapping</li>
4456           <li>Feature ordering</li>
4457           <li>Alignment Properties</li>
4458           <li>Annotation Scores</li>
4459           <li>Sort by scores</li>
4460           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
4461         </ul>
4462       </td>
4463       <td>
4464         <ul>
4465           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
4466           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
4467           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
4468           <li>Feature group display state in XML</li>
4469           <li>Feature ordering in XML</li>
4470           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
4471           <li>Stockholm alignment properties</li>
4472           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
4473           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4474           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4475           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4476         </ul>
4477       </td>
4478
4479     </tr>
4480     <tr>
4481       <td>
4482         <div align="center">
4483           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4484         </div>
4485       </td>
4486       <td>
4487         <ul>
4488           <li>Non standard characters can be read and displayed
4489           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4490             applet via textbox
4491           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4492             name &amp; description
4493           <li>Preference setting to display sequence name in
4494             italics
4495           <li>Annotation file format extended to allow
4496             Sequence_groups to be defined
4497           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4498             specified in preferences
4499           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4500             sequences
4501         </ul>
4502       </td>
4503       <td>
4504         <ul>
4505           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4506             installed
4507           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4508           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4509         </ul>
4510       </td>
4511     </tr>
4512     <tr>
4513       <td>
4514         <div align="center">
4515           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4516         </div>
4517       </td>
4518       <td>
4519         <ul>
4520           <li>Multiple views on alignment
4521           <li>Sequence feature editing
4522           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4523           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4524           <li>Background dependent text colour
4525           <li>Right align sequence ids
4526           <li>User-defined lower case residue colours
4527           <li>Format Menu
4528           <li>Select Menu
4529           <li>Menu item accelerator keys
4530           <li>Control-V pastes to current alignment
4531           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4532           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4533           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4534
4535           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4536         </ul>
4537       </td>
4538       <td>
4539         <ul>
4540           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4541           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4542             calculations
4543           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4544             edits
4545           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4546             of alignment)
4547           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4548
4549           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4550             display correctly
4551           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4552           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4553             analysis results
4554           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4555             &#8739;
4556           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4557           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4558           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4559
4560         </ul>
4561       </td>
4562     </tr>
4563     <tr>
4564       <td>
4565         <div align="center">
4566           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4567         </div>
4568       </td>
4569       <td>
4570         <ul>
4571           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4572         </ul>
4573       </td>
4574       <td>
4575         <ul>
4576           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4577             sequence id panel has been resized</li>
4578           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4579             rendered</li>
4580           <li>Annotation files with sequence references - all
4581             elements in file are relative to sequence position</li>
4582           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4583         </ul>
4584       </td>
4585     </tr>
4586     <tr>
4587       <td>
4588         <div align="center">
4589           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4590         </div>
4591       </td>
4592       <td>
4593         <ul>
4594           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4595           <li>DAS Feature fetching</li>
4596           <li>Hide sequences and columns</li>
4597           <li>Export Annotations and Features</li>
4598           <li>GFF file reading / writing</li>
4599           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4600             files</li>
4601           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4602           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4603           <li>Applet can launch the full application</li>
4604           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4605             required)</li>
4606           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4607           <li>Applet can load sequences from parameter
4608             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4609           </li>
4610         </ul>
4611       </td>
4612       <td>
4613         <ul>
4614           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4615           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4616           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4617         </ul>
4618       </td>
4619     </tr>
4620     <tr>
4621       <td>
4622         <div align="center">
4623           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4624         </div>
4625       </td>
4626       <td>
4627         <ul>
4628           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4629           <li>Choose to match case when searching</li>
4630           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4631             expand the visible width and height of the alignment</li>
4632         </ul>
4633       </td>
4634       <td>
4635         <ul>
4636           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4637         </ul>
4638       </td>
4639     </tr>
4640     <tr>
4641       <td>
4642         <div align="center">
4643           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4644         </div>
4645       </td>
4646       <td>&nbsp;</td>
4647       <td>
4648         <ul>
4649           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4650           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4651             value</li>
4652         </ul>
4653       </td>
4654     </tr>
4655     <tr>
4656       <td>
4657         <div align="center">
4658           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4659         </div>
4660       </td>
4661       <td>
4662         <ul>
4663           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4664           <li>Keyboard editing</li>
4665           <li>Create sequence features from searches</li>
4666           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4667             alignments</li>
4668           <li>Features file allows grouping of features</li>
4669           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4670           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4671           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4672         </ul>
4673       </td>
4674       <td>
4675         <ul>
4676           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4677           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4678             descriptions saved.</li>
4679         </ul>
4680       </td>
4681     </tr>
4682     <tr>
4683       <td>
4684         <div align="center">
4685           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4686         </div>
4687       </td>
4688       <td>
4689         <ul>
4690           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4691           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4692           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4693             name for file output</li>
4694           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4695           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4696             used for HTML form input</li>
4697         </ul>
4698       </td>
4699       <td>
4700         <ul>
4701           <li>HTML output writes groups and features</li>
4702           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4703           <li>File IO bugs</li>
4704         </ul>
4705       </td>
4706     </tr>
4707     <tr>
4708       <td>
4709         <div align="center">
4710           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4711         </div>
4712       </td>
4713       <td>
4714         <ul>
4715           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4716           <li>More options for PCA viewer</li>
4717         </ul>
4718       </td>
4719       <td>
4720         <ul>
4721           <li>GUI bugs resolved</li>
4722           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4723         </ul>
4724       </td>
4725     </tr>
4726     <tr>
4727       <td height="63">
4728         <div align="center">
4729           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4730         </div>
4731       </td>
4732       <td>
4733         <ul>
4734           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4735           <li>Jar files are executable</li>
4736           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4737         </ul>
4738       </td>
4739       <td>
4740         <ul>
4741           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4742           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4743           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4744         </ul>
4745       </td>
4746     </tr>
4747     <tr>
4748       <td>
4749         <div align="center">
4750           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4751         </div>
4752       </td>
4753       <td>
4754         <ul>
4755           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4756         </ul>
4757       </td>
4758       <td>
4759         <ul>
4760           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4761         </ul>
4762       </td>
4763     </tr>
4764     <tr>
4765       <td>
4766         <div align="center">
4767           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4768         </div>
4769       </td>
4770       <td>
4771         <ul>
4772           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4773             size</li>
4774         </ul>
4775       </td>
4776       <td>
4777         <ul>
4778           <li>Improved JPred client reliability</li>
4779           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4780         </ul>
4781       </td>
4782     </tr>
4783     <tr>
4784       <td>
4785         <div align="center">
4786           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4787         </div>
4788       </td>
4789       <td>
4790         <ul>
4791           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4792           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4793           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4794             to Colour Menu</li>
4795           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4796           <li>Unix users can set default web browser</li>
4797           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4798           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4799         </ul>
4800       </td>
4801       <td>
4802         <ul>
4803           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4804         </ul>
4805       </td>
4806     </tr>
4807     <tr>
4808       <td>
4809         <div align="center">
4810           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4811         </div>
4812       </td>
4813       <td>&nbsp;</td>
4814       <td>
4815         <ul>
4816           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4817             alignment order.</li>
4818         </ul>
4819       </td>
4820     </tr>
4821     <tr>
4822       <td>
4823         <div align="center">
4824           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4825         </div>
4826       </td>
4827       <td>
4828         <ul>
4829           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4830           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4831           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4832             annotations.</li>
4833           <li>Version and build date written to build properties
4834             file.</li>
4835           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4836             at launch of Jalview.</li>
4837         </ul>
4838       </td>
4839       <td>
4840         <ul>
4841           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4842           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4843           <li>Can remove groups one by one.</li>
4844           <li>Filechooser icons installed.</li>
4845           <li>Finder ignores return character when searching.
4846             Return key will initiate a search.<br>
4847           </li>
4848         </ul>
4849       </td>
4850     </tr>
4851     <tr>
4852       <td>
4853         <div align="center">
4854           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4855         </div>
4856       </td>
4857       <td>
4858         <ul>
4859           <li>New codebase</li>
4860         </ul>
4861       </td>
4862       <td>&nbsp;</td>
4863     </tr>
4864   </table>
4865   <p>&nbsp;</p>
4866 </body>
4867 </html>