JAL-3675 whats new, logging and release notes tidying for 2.11.1.1.
[jalview.git] / help / help / html / webServices / AACon.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>AACon Web Service</title>
24 </head>
25 <body>
26   <strong>AACon Alignment Conservation Calculation Service</strong>
27   <p>The JABAWS AACon service implements 17 different conservation
28     scores for protein sequence alignments.</p>
29   <p>
30     The majority of these scores were described by Valdar in 2002
31     (Scoring residue conservation. <em>Proteins: Structure,
32       Function, and Genetics</em> 43(2): 227-241. <a
33       href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12112692">PubMed</a>
34     or available on the <a
35       href="http://valdarlab.unc.edu/publications">Valdar
36       Group publications page</a>), but the SMERFs score was developed later
37     and described by Manning et al. in 2008 (<a
38       href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/51">BMC
39       Bioinformatics 2008, 9:51 doi:10.1186/1471-2105-9-51</a>).
40   </p>
41   <p>
42     <strong>Enabling and disabling AACon calculations</strong><br />
43     When the <strong>AACon Calculation</strong> entry in the <strong>Web
44       Services&rarr;Conservation</strong> is ticked, AACon calculations will be
45     performed every time the alignment is modified. Selecting the menu
46     item will enable or disable automatic recalculation.
47   </p>
48   <p>
49     <strong>Configuring which AACon calculations are performed</strong><br />
50     The <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Change
51       AACon Settings ...</strong> menu entry will open a <a
52       href="webServicesParams.html">web services parameter
53       dialog</a> for the currently configured AACon server. Standard presets
54     are provided for quick and more expensive conservation calculations,
55     and parameters are also provided to change the way that SMERFS
56     calculations are performed.<br /> <em>AACon settings for an
57       alignment are saved in <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
58         projects</a> along with the latest calculation results.
59     </em>
60   </p>
61   <p>
62     <strong>Changing the server used for AACon calculations</strong><br />
63     If you are working with alignments too large to analyse with the
64     public JABAWS server, then you will most likely have already
65     configured <a href="webServicesPrefs.html">additional JABAWS
66       servers</a>. By default, Jalview will chose the first AACon service
67     available from the list of JABAWS servers available. If available,
68     you can switch to use another AACon service by selecting it from the
69     <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Switch Server</strong>
70     submenu.
71   </p>
72 </body>
73 </html>