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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>AACon Web Service</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <strong>AACon Alignment Conservation Calculation Service</strong>
  27   <p>The JABAWS AACon service implements 17 different conservation
  28     scores for protein sequence alignments.</p>
  29   <p>
  30     The majority of these scores were described by Valdar in 2002
  31     (Scoring residue conservation. <em>Proteins: Structure,
  32       Function, and Genetics</em> 43(2): 227-241. <a
  33       href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12112692">PubMed</a>
  34     or available on the <a
  35       href="http://valdarlab.unc.edu/publications">Valdar
  36       Group publications page</a>), but the SMERFs score was developed later
  37     and described by Manning et al. in 2008 (<a
  38       href="http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/51">BMC
  39       Bioinformatics 2008, 9:51 doi:10.1186/1471-2105-9-51</a>).
  40   </p>
  41   <p>
  42     <strong>Enabling and disabling AACon calculations</strong><br />
  43     When the <strong>AACon Calculation</strong> entry in the <strong>Web
  44       Services&rarr;Conservation</strong> is ticked, AACon calculations will be
  45     performed every time the alignment is modified. Selecting the menu
  46     item will enable or disable automatic recalculation.
  47   </p>
  48   <p>
  49     <strong>Configuring which AACon calculations are performed</strong><br />
  50     The <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Change
  51       AACon Settings ...</strong> menu entry will open a <a
  52       href="webServicesParams.html">web services parameter
  53       dialog</a> for the currently configured AACon server. Standard presets
  54     are provided for quick and more expensive conservation calculations,
  55     and parameters are also provided to change the way that SMERFS
  56     calculations are performed.<br /> <em>AACon settings for an
  57       alignment are saved in <a href="../features/jalarchive.html">Jalview
  58         projects</a> along with the latest calculation results.
  59     </em>
  60   </p>
  61   <p>
  62     <strong>Changing the server used for AACon calculations</strong><br />
  63     If you are working with alignments too large to analyse with the
  64     public JABAWS server, then you will most likely have already
  65     configured <a href="webServicesPrefs.html">additional JABAWS
  66       servers</a>. By default, Jalview will chose the first AACon service
  67     available from the list of JABAWS servers available. If available,
  68     you can switch to use another AACon service by selecting it from the
  69     <strong>Web Services&rarr;Conservation&rarr;Switch Server</strong>
  70     submenu.
  71   </p>
  72 </body>
  73 </html>