help/help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Jalview 2.11 - major and minor new features</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview 2.11 introduces support for loading VCF files, and new
  30     filters and shading models for sequence features. Under the hood,
  31     we've addressed many bugs, and also made some important changes in
  32     the way the Jalview desktop is installed and launched.</p>
  33   <ul>
  34     <li><em>VCF Support</em>. Proteins and genomic contigs with
  35       chromosomal location annotation (such as protein coding genes
  36       retrieved from Ensembl) can be annotated with variants imported
  37       from a local VCF file.</li>
  38     <li><em>The Jalview Launcher and Update System</em><br />
  39       Jalview's new installation model means you'll only need to
  40       download and install Jalview once. After installation, Jalview
  41       will automatically keep itself up to date. The launcher also sets
  42       Jalview's memory automatically, so you'll never again have to
  43       manually configure Java's memory settings.<br />We are grateful to
  44       Install4J who provided us with a free license for their
  45       installation system, and Jalview's over the air update system is
  46       via Getdown.</li>
  47   </ul>
  48   <p>
  49     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
  50       href="releases.html#Jalview.2.11">2.11 Release Notes</a>.
  51   </p>
  52   <p>
  53     <strong>Jalview and Java 11, 13, and onwards</strong>
  54   </p>
  55   <p>Java 11 provides improved performance and better OS
  56     integration, so we now recommend users select our Java 11 Jalview
  57     distribution rather than the legacy Java 8 build.</p>
  58   <em>Known Issues - update for 211 </em>
  59   <ul>
  60     <li>OSX: The 'Open File' dialog for Jalview's Groovy Console
  61       appears with the title 'Save As', and attempting to select a file
  62       to load yields a FileNotFound exception.</br>The workaround is to first
  63       clear the 'Untitled' filename before selecting the file you wish
  64       to load.
  65     </li>
  66     <li>OSX: Links don't open when clicked on or via the Sequence
  67       or Alignment window popup menu.</li>
  68     <li>OSX (Webstart): Jalview only displays old news feed items</li>
  69   </ul>
  70 </body>
  71 </html>