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1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>The Alignment Calculations Dialog</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>The Alignment Calculations Dialog</strong>
28   </p>
29   <img
30     alt="Alignment Calculations dialog box - opened via Calculations->Tree or PCA..."
31     src="calculatedialog.png" width="350" height="241">
32   <p>
33     The <strong>Calculations Dialog</strong> (shown above) is opened via
34     the <strong>Calculations&#8594;Calculate Tree or PCA...</strong>
35     menu entry.
36   </p>
37   <p>
38     It allows you to select the type of alignment analysis calculation (<a
39       href="pca.html">PCA</a> or <a href="tree.html">Tree</a>), and the
40     sequence similarity score model that will be used to perform the
41     analysis.
42   </p>
43   <p>
44     <strong>Adding additional score models</strong><br />Jalview can
45     import substitution matrices in both <a
46       href="http://www.genome.jp/aaindex/aaindex_help.html">AAindex</a>
47     and NCBI format (see e.g. <a
48       href="http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/</a>).
49     In Jalview 2.10.2, the easiest way to import new models is to drag
50     the score model file onto any alignment window. See the <a
51       href="scorematrices.html">Substitution Matrices Documentation</a>
52     for more information.
53   </p>
54 </body>
55 </html>