help/html/calculations/calculations.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>The Alignment Calculations Dialog</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>The Alignment Calculations Dialog</strong>
  28   </p>
  29   <img
  30     alt="Alignment Calculations dialog box - opened via Calculations->Tree or PCA..."
  31     src="calculatedialog.png" width="350" height="241">
  32   <p>
  33     The <strong>Calculations Dialog</strong> (shown above) is opened via
  34     the <strong>Calculations&#8594;Calculate Tree or PCA...</strong>
  35     menu entry.
  36   </p>
  37   <p>
  38     It allows you to select the type of alignment analysis calculation (<a
  39       href="pca.html">PCA</a> or <a href="tree.html">Tree</a>), and the
  40     sequence similarity score model that will be used to perform the
  41     analysis.
  42   </p>
  43   <p>
  44     <strong>Adding additional score models</strong><br />Jalview can
  45     import substitution matrices in both <a
  46       href="http://www.genome.jp/aaindex/aaindex_help.html">AAindex</a>
  47     and NCBI format (see e.g. <a
  48       href="http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/matrices/</a>).
  49     In Jalview 2.10.2, the easiest way to import new models is to drag
  50     the score model file onto any alignment window. See the <a
  51       href="scorematrices.html">Substitution Matrices Documentation</a>
  52     for more information.
  53   </p>
  54 </body>
  55 </html>