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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Consensus Annotation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Alignment Consensus Annotation</strong>
  28   </p>
  29   <p>The consensus displayed below the alignment is the percentage
  30     of the modal residue per column. By default this calculation
  31     includes gaps in columns. You can choose to ignore gaps in the
  32     calculation by right clicking on the label &quot;Consensus&quot; to
  33     the left of the consensus bar chart.
  34   <p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a
  35     &quot;+&quot; symbol is used in the display for the simple reason
  36     that it is not possible to display multiple characters in a single
  37     character space.
  38   <p>
  39     <strong>Copying the consensus sequence</strong>
  40   </p>
  41   <p>
  42     Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong>
  43     entry from the consensus annotation label to copy the alignment's
  44     consensus sequence to the clipboard.
  45   <p>
  46     <a name="logo"><strong>Sequence logo</strong></a>
  47   </p>
  48   By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
  49   indicates the relative amount of residues per column which can be
  50   estimated by its size in the logo. The tooltip of a column gives the
  51   exact numbers for all occurring residues.
  52   <br />If columns of the alignment are very diverse, then it can
  53   sometimes be difficult to see the sequence logo - in this case, right
  54   click on the annotation row label and select
  55   <strong>Normalise Consensus Logo</strong> to scale all columns of the
  56   logo to the same height.
  57
  58   <p>
  59     <strong>Group Consensus</strong><br> If sequence groups have
  60     been defined, then selecting option 'Group Consensus' in the <a
  61       href="../menus/alwannotation.html">Annotations menu</a> will
  62     result in Consensus being calculated for each group, as well as the
  63     alignment as a whole.
  64   </p>
  65   <p>
  66     <strong>cDNA Consensus</strong>
  67   </p>
  68   A
  69   <a href="../features/splitView.html">Split Frame View</a> of cDNA and
  70   Protein alignments will show the consensus for cDNA below the protein
  71   alignment.
  72   <br /> This may provide additional information on mutations in DNA
  73   that is not visible in the peptide alignment.
  74 </body>
  75 </html>