JAL-2392 formatting
[jalview.git] / help / html / calculations / consensus.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Consensus Annotation</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Alignment Consensus Annotation</strong>
28   </p>
29   <p>The consensus displayed below the alignment is the percentage
30     of the modal residue per column. By default this calculation
31     includes gaps in columns. You can choose to ignore gaps in the
32     calculation by right clicking on the label &quot;Consensus&quot; to
33     the left of the consensus bar chart.
34   <p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a
35     &quot;+&quot; symbol is used in the display for the simple reason
36     that it is not possible to display multiple characters in a single
37     character space.
38   <p>
39     <strong>Copying the consensus sequence</strong>
40   </p>
41   <p>
42     Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong>
43     entry from the consensus annotation label to copy the alignment's
44     consensus sequence to the clipboard.
45   <p>
46     <a name="logo"><strong>Sequence logo</strong></a>
47   </p>
48   By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
49   indicates the relative amount of residues per column which can be
50   estimated by its size in the logo. The tooltip of a column gives the
51   exact numbers for all occurring residues.
52   <br />If columns of the alignment are very diverse, then it can
53   sometimes be difficult to see the sequence logo - in this case, right
54   click on the annotation row label and select
55   <strong>Normalise Consensus Logo</strong> to scale all columns of the
56   logo to the same height.
57
58   <p>
59     <strong>Group Consensus</strong><br> If sequence groups have
60     been defined, then selecting option 'Group Consensus' in the <a
61       href="../menus/alwannotation.html">Annotations menu</a> will
62     result in Consensus being calculated for each group, as well as the
63     alignment as a whole.
64   </p>
65   <p>
66     <strong>cDNA Consensus</strong>
67   </p>
68   A
69   <a href="../features/splitView.html">Split Frame View</a> of cDNA and
70   Protein alignments will show the consensus for cDNA below the protein
71   alignment.
72   <br /> This may provide additional information on mutations in DNA
73   that is not visible in the peptide alignment.
74 </body>
75 </html>