help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Conservation Annotation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Alignment Conservation Annotation</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This is an automatically calculated quantitative alignment
  31     annotation which measures the number of conserved physico-chemical
  32     properties conserved for each column of the alignment. Its
  33     calculation is based on the one used in the AMAS method of multiple
  34     sequence alignment analysis :<br>
  35   <ul>
  36     Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence
  37     Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue
  38     Conservation.
  39     <em>CABIOS</em> Vol.
  40     <b>9</b> No. 6 (745-756)).
  41   </ul>
  42   <em><a
  43     href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/papers/amas/amas3d.html">View
  44       an HTML version of the paper</a></em>
  45   </p>
  46   <p>
  47     Conservation is measured as a numerical index reflecting the
  48     conservation of <a href="../misc/aaproperties.html">physico-chemical
  49       properties</a> in the alignment: Identities score highest, and the
  50     next most conserved group contain substitutions to amino acids lying
  51     in the same physico-chemical class.
  52   </p>
  53   <p>Conservation is visualised on the alignment or a sequence group
  54     as a histogram giving the score for each column. Conserved columns
  55     are indicated by '*' (score of 11 with default amino acid property
  56     grouping), and columns with mutations where all properties are
  57     conserved are marked with a '+' (score of 10, indicating all
  58     properties are conserved).</p>
  59   <p>
  60     Mousing over a conservation histogram reveals a tooltip which
  61     contains a series of symbols corresponding to the physicochemical
  62     properties that are conserved amongst the amino acids observed at
  63     each position. In these tooltips, the presence of <em>!</em> implies
  64     that the lack of a particular physicochemical property is conserved
  65     (e.g. !proline).
  66   </p>
  67   <p>
  68     <strong>Colouring an alignment by conservation</strong><br>
  69     Conservation scores can be used to colour an alignment. This is
  70     explained further in the help page for <a
  71       href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  72       colouring</a>.
  73   </p>
  74   <p>
  75     <strong>Group conservation</strong><br> If sequence groups have
  76     been defined, then selecting option 'Group Conservation' in the <a
  77       href="../menus/alwannotation.html">Annotations menu</a> will
  78     result in Conservation being calculated for each group, as well as
  79     the alignment as a whole.
  80   </p>
  81 </body>
  82 </html>