JAL-2392 formatting
[jalview.git] / help / html / calculations / conservation.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment Conservation Annotation</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Alignment Conservation Annotation</strong>
28   </p>
29   <p>
30     This is an automatically calculated quantitative alignment
31     annotation which measures the number of conserved physico-chemical
32     properties conserved for each column of the alignment. Its
33     calculation is based on the one used in the AMAS method of multiple
34     sequence alignment analysis :<br>
35   <ul>
36     Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence
37     Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue
38     Conservation.
39     <em>CABIOS</em> Vol.
40     <b>9</b> No. 6 (745-756)).
41   </ul>
42   <em><a
43     href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/papers/amas/amas3d.html">View
44       an HTML version of the paper</a></em>
45   </p>
46   <p>
47     Conservation is measured as a numerical index reflecting the
48     conservation of <a href="../misc/aaproperties.html">physico-chemical
49       properties</a> in the alignment: Identities score highest, and the
50     next most conserved group contain substitutions to amino acids lying
51     in the same physico-chemical class.
52   </p>
53   <p>Conservation is visualised on the alignment or a sequence group
54     as a histogram giving the score for each column. Conserved columns
55     are indicated by '*' (score of 11 with default amino acid property
56     grouping), and columns with mutations where all properties are
57     conserved are marked with a '+' (score of 10, indicating all
58     properties are conserved).</p>
59   <p>
60     Mousing over a conservation histogram reveals a tooltip which
61     contains a series of symbols corresponding to the physicochemical
62     properties that are conserved amongst the amino acids observed at
63     each position. In these tooltips, the presence of <em>!</em> implies
64     that the lack of a particular physicochemical property is conserved
65     (e.g. !proline).
66   </p>
67   <p>
68     <strong>Colouring an alignment by conservation</strong><br>
69     Conservation scores can be used to colour an alignment. This is
70     explained further in the help page for <a
71       href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
72       colouring</a>.
73   </p>
74   <p>
75     <strong>Group conservation</strong><br> If sequence groups have
76     been defined, then selecting option 'Group Conservation' in the <a
77       href="../menus/alwannotation.html">Annotations menu</a> will
78     result in Conservation being calculated for each group, as well as
79     the alignment as a whole.
80   </p>
81 </body>
82 </html>