help/html/calculations/conservation.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Alignment Conservation Annotation</title></head>
  37 <body><p><strong>Alignment Conservation Annotation</strong></p>
  38 <p>This is an automatically calculated quantitative alignment
  39 annotation which measures the number of conserved physico-chemical
  40 properties conserved for each column of the alignment. Its calculation
  41 is based on the one used in
  42   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis :<br>
  43 <ul>Livingstone
  44   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  45   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.<em>CABIOS</em> Vol. <b>9</b>
  46   No. 6 (745-756)).
  47 </ul>
  48 </p>
  49 <p>Conservation is measured as a numerical index reflecting the conservation of
  50   <a href="../misc/aaproperties.html">physico-chemical
  51   properties</a> in the alignment: Identities score highest, and the next most
  52   conserved group contain substitutions to amino acids lying in the same physico-chemical
  53   class.</p>
  54
  55 <p><em>Colouring an alignment by conservation</em><br>
  56 Conservation scores can be used to colour an alignment.  This is
  57 explained further in the help page for <a
  58 href="../colourSchemes/conservation.html">conservation colouring</a>.
  59 </p>
  60 </body>
  61 </html>