help/html/calculations/conservation.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Conservation Annotation</title></head>\r
   3 <body><p><strong>Alignment Conservation Annotation</strong></p>\r
   4 <p>This is an automatically calculated quantitative alignment\r
   5 annotation which measures the number of conserved physico-chemical\r
   6 properties conserved for each column of the alignment. Its calculation\r
   7 is based on the one used in\r
   8   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis :<br>\r
   9 <ul>Livingstone\r
  10   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy \r
  11   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.<em>CABIOS</em> Vol. <b>9</b>\r
  12   No. 6 (745-756)).\r
  13 </ul>\r
  14 </p>\r
  15 <p>Conservation is measured as a numerical index reflecting the conservation of \r
  16   <a href="../misc/aaproperties.html">physico-chemical \r
  17   properties</a> in the alignment: Identities score highest, and the next most \r
  18   conserved group contain substitutions to amino acids lying in the same physico-chemical \r
  19   class.</p>\r
  20 \r
  21 <p><em>Colouring an alignment by conservation</em><br>\r
  22 Conservation scores can be used to colour an alignment.  This is\r
  23 explained further in the help page for <a\r
  24 href="../colourSchemes/conservation.html">conservation colouring</a>.\r
  25 </p>\r
  26 </body>\r
  27 </html>\r