JAL-2392 formatting
[jalview.git] / help / html / calculations / pairwise.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Pairwise Alignment</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong>
28   </p>
29   <p>
30     This calculation is performed on the selected sequences only. Java
31     is not the fastest language in the world and aligning more than a
32     handful of sequences will take a fair amount of time. <br> For
33     each pair of sequences the best global alignment is found using
34     BLOSUM62 as the scoring matrix. The scores reported are the raw
35     scores. The sequences are aligned using a dynamic programming
36     technique and using the following gap penalties :
37   </p>
38   <p>
39     Gap open : 12 <br> Gap extend : 2
40   </p>
41   <p>When you select the pairwise alignment option a new window will
42     come up which will display the alignments in a text format as they
43     are calculated. Also displayed is information about the alignment
44     such as alignment score, length and percentage identity between the
45     sequences.</p>
46   <p>&nbsp;</p>
47 </body>
48 </html>