help/html/calculations/pairwise.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Pairwise Alignment</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This calculation is performed on the selected sequences only. Java
  31     is not the fastest language in the world and aligning more than a
  32     handful of sequences will take a fair amount of time. <br> For
  33     each pair of sequences the best global alignment is found using
  34     BLOSUM62 as the scoring matrix. The scores reported are the raw
  35     scores. The sequences are aligned using a dynamic programming
  36     technique and using the following gap penalties :
  37   </p>
  38   <p>
  39     Gap open : 12 <br> Gap extend : 2
  40   </p>
  41   <p>When you select the pairwise alignment option, a new window will
  42     come up which displays the alignments in a text format, for example:</p>
  43   <p style="font-family:'Lucida Console', monospace">
  44     <pre>
  45     FER1_SPIOL/5-13 TTMMGMAT<br/>
  46                     |. .. ||<br/>
  47     FER1_MESCR/5-15 TAALSGAT
  48     </pre>shows the aligned sequences, where '|' links identical residues, and (for peptide) '.' links residues that have a positive PAM250 score.
  49   <p>The window also shows information about the alignment such as alignment score, length and percentage identity between the sequences.</p>
  50   <p>A button is also provided to allow you to view the sequences as an alignment.</p>
  51 </body>
  52 </html>