help/html/calculations/quality.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Quality Annotation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Alignment Quality Annotation</strong>
  28   </p>
  29   <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
  30     quantitative alignment annotations displayed below the columns of a
  31     multiple sequence alignment (and can be used to shade the
  32     alignment). It is an ad-hoc measure of the likelihood of observing
  33     the mutations (if any) in a particular column of the alignment.</p>
  34   <p>More precisely, the quality score is inversely proportional to
  35     the average cost of all pairs of mutations observed in a particular
  36     column of the alignment - a high alignment quality score for a
  37     column would suggest that there are no mutations, or most mutations
  38     observed are favourable.</p>
  39
  40   <p>
  41     <em>The Algorithm</em><br> The quality score is calculated for
  42     each column in an alignment by summing, for all mutations, the ratio
  43     of the two BLOSUM 62 scores for a mutation pair and each residue's
  44     conserved BLOSUM62 score (which is higher). This value is normalised
  45     for each column, and then plotted on a scale from 0 to 1.
  46   </p>
  47   <p>Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substitution
  48     matrices should, in theory, maximise alignment quality for an
  49     un-gapped alignment, and locally maximise quality for gapped
  50     alignments.</p>
  51 </body>
  52 </html>