help/html/calculations/quality.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Quality Annotation</title></head>\r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Alignment Quality Annotation</strong></p>\r
   5 <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated\r
   6 quantitative alignment\r
   7 annotations displayed below the columns of a multiple sequence\r
   8 alignment (and can be used to shade the alignment). It is an ad-hoc\r
   9 measure of the likelihood of observing the mutations (if any) in a\r
  10 particular column of the alignment.</p>\r
  11 <p>\r
  12 More precisely, the quality score is inversely proportional to the\r
  13 average cost of all pairs of mutations oberved in a particular column\r
  14 of the alignment - a high alignment quality score for a column would\r
  15 suggest that there are no mutations, or most mutations observed are\r
  16 favourable.\r
  17 </p>\r
  18 \r
  19 <p><em>The Algorithm</em><br>\r
  20 The quality score is calculated for each column in an alignment by\r
  21 summing, for all mutations, the ratio of the two BLOSUM 62 scores for\r
  22 a mutation pair and each residue's conservered BLOSUM62 score (which\r
  23 is higher). This valueis normalised for each column, and then plotted\r
  24 on a scale from 0 to 1.\r
  25 </p>\r
  26 <p>\r
  27 Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substition matrices\r
  28 should, in theory, maximise alignment quality for an un-gapped\r
  29 alignment, and locally maximise quality for gapped alignments.\r
  30 </p>\r
  31 </body>\r
  32 </html>\r