help/html/calculations/quality.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Alignment Quality Annotation</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>Alignment Quality Annotation</strong></p>
  39 <p>Alignment Quality is one of the automatically calculated
  40 quantitative alignment
  41 annotations displayed below the columns of a multiple sequence
  42 alignment (and can be used to shade the alignment). It is an ad-hoc
  43 measure of the likelihood of observing the mutations (if any) in a
  44 particular column of the alignment.</p>
  45 <p>
  46 More precisely, the quality score is inversely proportional to the
  47 average cost of all pairs of mutations oberved in a particular column
  48 of the alignment - a high alignment quality score for a column would
  49 suggest that there are no mutations, or most mutations observed are
  50 favourable.
  51 </p>
  52
  53 <p><em>The Algorithm</em><br>
  54 The quality score is calculated for each column in an alignment by
  55 summing, for all mutations, the ratio of the two BLOSUM 62 scores for
  56 a mutation pair and each residue's conservered BLOSUM62 score (which
  57 is higher). This valueis normalised for each column, and then plotted
  58 on a scale from 0 to 1.
  59 </p>
  60 <p>
  61 Multiple alignment algorithms using the BLOSUM 62 substition matrices
  62 should, in theory, maximise alignment quality for an un-gapped
  63 alignment, and locally maximise quality for gapped alignments.
  64 </p>
  65 </body>
  66 </html>