JAL-1961 added link to GFF3 format as well as GFF2
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1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Removing Redundancy</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Removing redundancy</strong>
28   </p>
29   <p>
30     Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
31     menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
32     asking you to select a threshold. If the percentage identity between
33     the aligned positions of any two sequences in the visible alignment
34     exceeds this value, the shorter sequence is discarded.<br> <em>Note:</em>
35     The redundancy calculation is done when the dialog box is opened.
36     For large numbers of sequences this can take a long time as all
37     pairs have to be compared.
38   </p>
39 </body>
40 </html>