help/html/calculations/redundancy.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Removing Redundancy</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26 <p><strong>Removing redundancy</strong></p>
  27 <p>Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
  28 menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
  29 asking you to select a threshold. If the percentage identity between the
  30 aligned positions of any two sequences in the visible alignment exceeds
  31 this value, the shorter sequence is discarded.<br><em>Note:</em> The redundancy
  32 calculation is done when the dialog box is opened. For large numbers
  33 of sequences this can take a long time as all pairs have to be compared.
  34 </p>
  35 </body>
  36 </html>