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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Reference Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Reference Sequence Alignment Views</strong>
  28   </p>
  29   <p>Many alignment analysis tasks concern a query, or reference
  30     sequence. For instance, when searching for sequences from other
  31     organisms that are similar to a newly sequenced gene, or when
  32     searching for structurally similar sequences for use in homology
  33     modelling.</p>
  34   <p>
  35     <strong>What happens when a reference sequence is defined ?</strong>
  36   </p>
  37   <p>The reference sequence for an alignment is indicated by its ID
  38     being shown in bold. In addition:</p>
  39   <ul>
  40     <li><strong>Reference sequence numbering</strong>. Instead of
  41       column numbers, the alignment ruler shows the reference sequence
  42       positions at each column. At each tick mark, either the reference
  43       sequence symbol and position is given, or the column number when a
  44       gap is present at that position in the reference sequence.</li>
  45     <li><strong>Format&#8594;Show unconserved</strong> highlights
  46       mutations with respect to the reference sequence, rather than the
  47       alignment's consensus sequence.</li>
  48   </ul>
  49   <p>
  50     <strong>Defining the reference sequence</strong>
  51   </p>
  52   <p>Each alignment view can have its own reference sequence.</p>
  53   <ul>
  54     <li><strong>Manually assigning a reference sequence</strong><br />
  55       A sequence can be marked as the reference sequence by
  56       right-clicking on its ID to open the popup menu, and selecting the
  57       "<strong>(Sequence ID)&#8594;Mark as Reference</strong>" entry.</li>
  58     <li><strong>Defining a reference when importing
  59         annotation</strong><br />Jalview automatically assigns a reference
  60       sequence when importing analysis results, such as those returned
  61       from <a href="../webServices/jnet.html">JPred</a> . A reference
  62       sequence can also be assigned via the <a
  63       href="../features/annotationsFormat.html#refsandviews">SET_REF</a>
  64       command in an alignment annotation file.</li>
  65   </ul>
  66   <p>
  67     <em>Reference sequence based alignment visualisation was
  68       introduced in Jalview 2.9, and support for storage and retrieval
  69       of reference sequence views in 2.10.</em>
  70   </p>
  71 </html>