help/html/calculations/sorting.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sorting Sequences</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sorting Sequences</strong></p>
   7 <p>Any group of selected sequences may be reordered by pressing the
   8 up or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by
   9 the use of the functions in the Sort menu (<strong>Calculate&#8594;Sort</strong>):
  10 </p>
  11 <ul>
  12 <li><p><strong>Sort by ID</strong></p>
  13 <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  14 precedence of their names.</p><p>
  15 </li>
  16 <li><p><strong>Sort by Group</strong></p>
  17 <p>Places sequences in the same group adjacent to each other.</p><p>
  18 </li>
  19 <li><p><strong>Sort by Pairwise Identity</strong></p>
  20 <p>Places pairs of sequences together that align with the greatest
  21 fraction of conserved residues.
  22 </p><p>
  23 </li>
  24 <li><p><strong>Sort by Tree Order</strong></p>
  25 <p>The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  26 order the sequences corresponding to those leaves in the
  27 alignment.<br>
  28 If a tree has been calculated from or associated with the current
  29 alignment, its name will appear in the submenu <strong>Sort&#8594;By Tree Order</strong>.</p><p>
  30 </li>
  31 <li><p><strong>Sort by alignment ordering</strong></p>
  32 <p>Multiple alignment methods often order the sequences in their
  33 alignments by some measure of sequence identity.<br>
  34 If the current alignment has been generated by one of Jalview's
  35 alignment web services, the alignment ordering can be recovered by
  36 its corresponding entry in the Sort menu.
  37 </p><p>
  38 </li>
  39 </ul>
  40 <p><strong>Reversing the Order</strong></p>
  41 <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an
  42 ascending order according to the property defining the sort. If the
  43 same sort is re-applied, the sequences will be sorted in the inverse
  44 order. In the case of trees and alignment orderings, Jalview will
  45 remember your last choice for sorting the alignment and only apply the
  46 inverse ordering if you select the same tree or alignment ordering
  47 item again.</p>
  48
  49 </body>
  50 </html>