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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Sorting Sequences</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Sorting Sequences</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Any group of selected sequences may be reordered by pressing the up
  31     or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by the
  32     use of the functions in the Sort menu (<strong>Calculate&#8594;Sort</strong>):
  33   </p>
  34   <ul>
  35     <li><p>
  36         <strong>Sort by ID</strong>
  37       </p>
  38       <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  39         precedence of their names.</p>
  40       <p></li>
  41     <li><p>
  42         <strong>Sort by Group</strong>
  43       </p>
  44       <p>Places sequences in the same group adjacent to each other.</p>
  45       <p></li>
  46     <li><p>
  47         <strong>Sort by Pairwise Identity</strong>
  48       </p>
  49       <p>Places pairs of sequences together that align with the
  50         greatest fraction of conserved residues.</p>
  51       <p></li>
  52     <li><p>
  53         <strong>Sort by Tree Order</strong>
  54       </p>
  55       <p>
  56         The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  57         order the sequences corresponding to those leaves in the
  58         alignment.<br> If a tree has been calculated from or
  59         associated with the current alignment, its name will appear in
  60         the submenu <strong>Sort&#8594;By Tree Order</strong>.
  61       </p>
  62       <p></li>
  63     <li><p>
  64         <strong>Sort by alignment ordering</strong>
  65       </p>
  66       <p>
  67         Multiple alignment methods often order the sequences in their
  68         alignments by some measure of sequence identity.<br> If the
  69         current alignment has been generated by one of Jalview's
  70         alignment web services, the alignment ordering can be recovered
  71         by its corresponding entry in the Sort menu.
  72       </p></li>
  73     <li><p>
  74         <strong>Sort by Score</strong>
  75       </p>
  76       <p>
  77         This menu appears if the alignment contains any <a
  78           href="../features/annotationsFormat.html">sequence
  79           associated alignment annotation</a> with associated score values.
  80         Each entry is the label for a distinct group of sequence
  81         associated annotation scores which can be used for sorting.
  82       </p>
  83   </ul>
  84   <p>
  85     <strong>Sorting according to sequence features</strong><br />
  86     Additional sort operations for alignments containing sequence
  87     features are provided in the <strong><a
  88       href="../features/featuresettings.html#sortbyfeature">Feature
  89         Settings</a></strong> dialog, opened via <strong>View&#8594;Feature
  90       Settings...</strong>
  91   <p>
  92     <strong>Reversing the Order</strong>
  93   </p>
  94   <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an
  95     ascending order according to the property defining the sort. If the
  96     same sort is re-applied, the sequences will be sorted in the inverse
  97     order. In both cases, for sequences which are equivalent under the
  98     sort operation, their order will be preserved (since version 2.10).
  99     In the case of trees and alignment orderings, Jalview will remember
 100     your last choice for sorting the alignment and only apply the
 101     inverse ordering if you select the same tree or alignment ordering
 102     item again.</p>
 103
 104 </body>
 105 </html>