help/html/calculations/sorting.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Sorting Sequences</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>Sorting Sequences</strong></p>
   7 <p>Any group of selected sequences may be reordered by pressing the
   8 up or down arrow keys. The whole alignment may also be reordered by
   9 the use of the functions in the Sort menu (<em>Calculate->Sort</em>):
  10 </p>
  11 <ul>
  12 <li><p><strong>Sort by ID</strong></p>
  13 <p>Orders the sequences by the alphanumeric (0-9A-Za-z)
  14 precedence of their names.</p><p>
  15 </li>
  16 <li><p><strong>Sort by Group</strong></p>
  17 <p>Places sequences in the same group adjacent to eachother.</p><p>
  18 </li>
  19 <li><p><strong>Sort by Pairwise Identity</strong></p>
  20 <p>Sequences are ordered by decreasing fraction of conserved residues
  21 with respect to the first sequence in the alignment.
  22 </p><p>
  23 </li>
  24 <li><p><strong>Sort by Tree Order</strong></p>
  25 <p>The leaf ordering of a particular phylogenetic tree is used to
  26 order the sequences corresponding to those leaves in the
  27 alignment.<br>
  28 If a tree has been calculated from or associated with the current
  29 alignment, its name will appear in the submenu <em>Sort-&gt;By Tree Order</em>.</p><p>
  30 </li>
  31 <li><p><strong>Sort by alignment ordering</strong></p>
  32 <p>Multiple alignment methods often order the sequences in their
  33 alignments by some measure of sequence identity.<br>
  34 If the current alignment has been generated by one of Jalview's
  35 alignment web services, the alignment ordering can be recovered by
  36 its corresponding entry in the Sort menu:
  37 </li>
  38 </ul>
  39 <strong>Reversing the Order</strong>
  40 <p>If a sort is re-applied (by selecting the same menu item once again), the sequences will be sorted in the inverse
  41 order for that property. In the case of trees and alignment orderings, Jalview will
  42 remember your last choice for sorting the alignment and only apply the
  43 inverse ordering if you select the same tree or alignment ordering
  44 item again.</p>
  45
  46 </body>
  47 </html>