help/html/calculations/structureconsensus.html

   1 <html>
   2 <!--
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong>
  28   </p>
  29
  30   <p>The RNA structure consensus displayed below the alignment gives
  31     the percentage of valid base pairs per column for the first
  32     secondary structure annotation shown on the annotation panel. The
  33     symbol below each histogram indicates whether the majority of base
  34     pairs are:
  35   <ul>
  36     <li>'(' - Watson-Crick (A:C, G:T)</li>
  37     <li>'[' - Canonical Pairs (A:C, G:U, A:U)</li>
  38     <li>'{' - Invalid Pairs (the rest)</li>
  39   </ul>
  40   <p>Mousing over the column gives the fraction of pairs classified as Watson-Crick, Canonical or Invalid.</p>
  41
  42 <p>By default
  43     this calculation includes gaps in columns. You can choose to ignore
  44     gaps in the calculation by right clicking on the label
  45     &quot;StrConsensus&quot; to the left of the structure consensus bar
  46     chart.<br>
  47   <p>
  48     <strong>Structure logo</strong>
  49   </p>
  50   Right-clicking on the label allows you to enable the structure logo.
  51   It is very similar to a sequence logo but instead shows the
  52   distribution of base pairs. There are two residues per column, the
  53   actual column and the interacting base. The opening bracket is always
  54   the one on the left side.
  55   <br> Like sequence logos the relative amount of a specific base pair
  56   can be estimated by its size in the logo. When the logo is displayed,
  57   the tool tip of a column gives the exact numbers for all occurring
  58   valid base pairs.
  59   </p>
  60 </body>
  61 </html>