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[jalview.git] / help / html / calculations / structureconsensus.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong>
28   </p>
29
30   <p>The RNA structure consensus displayed below the alignment gives
31     the percentage of valid base pairs per column for the first
32     secondary structure annotation shown on the annotation panel. These
33     values are shown as a histogram labeled &quot;StrucConsensus&quot;,
34     where a symbol below each bar indicates whether the majority of base
35     pairs are:
36   <ul>
37     <li>'(' - Watson-Crick (C:G, A:U/T)</li>
38     <li>'[' - Non-canonical (a.ka. wobble) (G:U/T)</li>
39     <li>'{' - Invalid (a.k.a. tertiary) (the rest)</li>
40   </ul>
41   <p>Mousing over the column gives the fraction of pairs classified
42     as Watson-Crick, Canonical or Invalid.</p>
43
44   <p>
45     By default this calculation includes gaps in columns. You can choose
46     to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
47     &quot;StrucConsensus&quot; to the left of the structure consensus
48     bar chart.<br>
49   <p>
50     <strong>RNA Structure logo</strong><br /> Right-clicking on the
51     label allows you to enable the structure logo. It is very similar to
52     a sequence logo but instead shows the distribution of base pairs.
53     There are two residues per column, the actual column and the
54     interacting base. The opening bracket is always the one on the left
55     side. <br> Like <a href="consensus.html#logo">sequence
56       logos</a>, the relative amount of a specific base pair can be
57     estimated by its size in the logo, and this can be made more obvious
58     by <em>normalising</em> the logo (enabled via the popup menu). When
59     the logo is displayed, the tool tip for a column gives the exact
60     percentages for all base pairs at that position.
61   </p>
62 </body>
63 </html>