help/html/calculations/structureconsensus.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Alignment RNA Structure Consensus Annotation</strong>
  28   </p>
  29
  30   <p>The RNA structure consensus displayed below the alignment gives
  31     the percentage of valid base pairs per column for the first
  32     secondary structure annotation shown on the annotation panel. These
  33     values are shown as a histogram labeled &quot;StrucConsensus&quot;,
  34     where a symbol below each bar indicates whether the majority of base
  35     pairs are:
  36   <ul>
  37     <li>'(' - Watson-Crick (C:G, A:U/T)</li>
  38     <li>'[' - Non-canonical (a.ka. wobble) (G:U/T)</li>
  39     <li>'{' - Invalid (a.k.a. tertiary) (the rest)</li>
  40   </ul>
  41   <p>Mousing over the column gives the fraction of pairs classified
  42     as Watson-Crick, Canonical or Invalid.</p>
  43
  44   <p>
  45     By default this calculation includes gaps in columns. You can choose
  46     to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label
  47     &quot;StrucConsensus&quot; to the left of the structure consensus
  48     bar chart.<br>
  49   <p>
  50     <strong>RNA Structure logo</strong><br /> Right-clicking on the
  51     label allows you to enable the structure logo. It is very similar to
  52     a sequence logo but instead shows the distribution of base pairs.
  53     There are two residues per column, the actual column and the
  54     interacting base. The opening bracket is always the one on the left
  55     side. <br> Like <a href="consensus.html#logo">sequence
  56       logos</a>, the relative amount of a specific base pair can be
  57     estimated by its size in the logo, and this can be made more obvious
  58     by <em>normalising</em> the logo (enabled via the popup menu). When
  59     the logo is displayed, the tool tip for a column gives the exact
  60     percentages for all base pairs at that position.
  61   </p>
  62 </body>
  63 </html>