New images
[jalview.git] / help / html / calculations / treeviewer.html
1 <html>
2 <head>
3 <title>The Tree Viewing Window</title>
4 </head>
5 <body>
6 <p><strong>The Tree Viewing Window</strong></p>
7 <p>
8   When a tree has been calculated from an alignment, or imported via a
9   file or web service it is displayed by Jalview's tree viewing
10   window. Trees can be rearranged, used to select sequences and groups
11   in the associated alignment, saved in Newick format or exported as an
12   image or postscript file.</p>
13 <p>
14   Selecting sequence ids at the leaves of the tree selects the
15   corresponding sequences in the original alignment. These selections
16   are also reflected in any other analysis windows associated with the
17   alignment, such as another tree viewer.</p>
18
19 <p>
20   Clicking on an internal node of the tree will rearrange the tree
21   diagram, inverting the ordering of the branches at that node.
22 </p>
23 <p>
24   Clicking anywhere along the extent of the tree (but not on a leaf or
25   internal node) defines a tree 'partition', by cutting every branch
26   of the tree spanning the depth where the mouse-click occurred. Groups
27   are created containing sequences at the leaves of each connected
28   sub tree. These groups are each given a different colour, which are
29   reflected in other windows in the same way as if the sequence ids
30   were selected, and can be edited in the same way as user defined
31   sequence groups.
32 </p>
33 <p>Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
34 different methods and measures. They are also an effective way of
35 identifying specific patterns of conservation and mutation
36 corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
37 with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
38 based colour scheme</a>.</p>
39 <p><strong>File Menu</strong></p>
40 <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick tree
41 file (Save-&gt;Newick File), printed or exported as an image (PNG) or
42 Postscript file.
43 </p>
44 <p><strong>View Menu</strong></p>
45 <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
46 associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
47 lengths, which correspond to the distance measure used to construct
48 the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap information,
49 or additional leaves from sequences not present in the associated
50 alignment.
51 </p>
52 <p>The view menu contains options controlling the way a tree is
53 rendered and labelled:</p>
54 <p><ul>
55 <li><strong>Fit to Window</strong><p>
56 The tree layout will be scaled to fit in the  display
57 window. You may need to reduce the font size to minimise the leaf
58 label overlap when this option is selected.
59 </p></li>
60 <li><strong>Font Size -</strong><em>n</em><p>
61 Brings up a dialog box to set the font size for the leaf
62 names. <em>n</em> is the current font size.
63 </p></li>
64 <li><strong>Show Distances</strong><p>
65 Labels each branch or leaf with its associated branch length.
66 </p></li>
67 <li><strong>Show Bootstrap values</strong><p>
68 Labels each branch or leaf with its associated bootstrap value.
69 </p></li>
70 <li><strong>Mark unlinked leaves</strong><p>
71 Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf label to
72 indicate that there is no sequence corresponding to that leaf in the associated alignment.
73 </p></li>
74 </ul>
75 </p>
76 </body>
77 </html>