help/html/calculations/treeviewer.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>The Tree Viewing Window</title>
   4 </head>
   5 <body>
   6 <p><strong>The Tree Viewing Window</strong></p>
   7 <p>
   8   When a tree has been calculated from an alignment, or imported via a
   9   file or web service it is displayed by Jalview's tree viewing
  10   window. Trees can be rearranged, used to select sequences and groups
  11   in the associated alignment, saved in Newick format or exported as an
  12   image or postscript file.</p>
  13 <p>
  14   Selecting sequence ids at the leaves of the tree selects the
  15   corresponding sequences in the original alignment. These selections
  16   are also reflected in any other analysis windows associated with the
  17   alignment, such as another tree viewer.</p>
  18
  19 <p>
  20   Clicking on an internal node of the tree will rearrange the tree
  21   diagram, inverting the ordering of the branches at that node.
  22 </p>
  23 <p>
  24   Clicking anywhere along the extent of the tree (but not on a leaf or
  25   internal node) defines a tree 'partition', by cutting every branch
  26   of the tree spanning the depth where the mouse-click occurred. Groups
  27   are created containing sequences at the leaves of each connected
  28   sub tree. These groups are each given a different colour, which are
  29   reflected in other windows in the same way as if the sequence ids
  30   were selected, and can be edited in the same way as user defined
  31   sequence groups.
  32 </p>
  33 <p>Tree partitions are useful for comparing clusters produced by
  34 different methods and measures. They are also an effective way of
  35 identifying specific patterns of conservation and mutation
  36 corresponding to the overall phylogenetic structure, when combined
  37 with the <a href="../colourSchemes/conservation.html">conservation
  38 based colour scheme</a>.</p>
  39 <p><strong>File Menu</strong></p>
  40 <p>This menu allows the displayed tree to be saved as a Newick tree
  41 file (Save-&gt;Newick File), printed or exported as an image (PNG) or
  42 Postscript file.
  43 </p>
  44 <p><strong>View Menu</strong></p>
  45 <p>When the tree viewer is opened, it displays all the annotation
  46 associated with a tree. Trees calculated by Jalview have branch
  47 lengths, which correspond to the distance measure used to construct
  48 the tree. Tree imported from outside may also contain bootstrap information,
  49 or additional leaves from sequences not present in the associated
  50 alignment.
  51 </p>
  52 <p>The view menu contains options controlling the way a tree is
  53 rendered and labelled:</p>
  54 <p><ul>
  55 <li><strong>Fit to Window</strong><p>
  56 The tree layout will be scaled to fit in the  display
  57 window. You may need to reduce the font size to minimise the leaf
  58 label overlap when this option is selected.
  59 </p></li>
  60 <li><strong>Font Size -</strong><em>n</em><p>
  61 Brings up a dialog box to set the font size for the leaf
  62 names. <em>n</em> is the current font size.
  63 </p></li>
  64 <li><strong>Show Distances</strong><p>
  65 Labels each branch or leaf with its associated branch length.
  66 </p></li>
  67 <li><strong>Show Bootstrap values</strong><p>
  68 Labels each branch or leaf with its associated bootstrap value.
  69 </p></li>
  70 <li><strong>Mark unlinked leaves</strong><p>
  71 Toggles the display of a '*' at the beginning of a leaf label to
  72 indicate that there is no sequence corresponding to that leaf in the associated alignment.
  73 </p></li>
  74 </ul>
  75 </p>
  76 </body>
  77 </html>