help/html/colourSchemes/abovePID.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head><title>Above PID Colours</title>
  21 <style type="text/css">
  22 <!--
  23 td {
  24         text-align: center;
  25 }
  26 -->
  27 </style>
  28 </head>
  29
  30 <body>
  31 <p> <em>Colouring above a percentage identity threshold</em></p>
  32 <p> Selecting this option causes the colour scheme to be applied to only those
  33   residues that occur in that column more than a certain percentage of the time.
  34   For instance selecting the threshold to be 100 will only colour those columns
  35   with 100 % identity. This threshold option can be applied to the Zappo, Taylor,
  36   Hydrophobicity and User colour schemes. </p>
  37 </body>
  38 </html>