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[jalview.git] / help / html / colourSchemes / abovePID.html
1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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22 <head>
23 <title>Above PID Colours</title>
24 <style type="text/css">
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26 td {
27         text-align: center;
28 }
29 -->
30 </style>
31 </head>
32
33 <body>
34   <p>
35     <strong>Colouring above a percentage identity threshold</strong>
36   </p>
37   <p>Selecting this option causes the colour scheme to be applied to
38     only those residues that occur in that column more than a certain
39     percentage of the time. For instance selecting the threshold to be
40     100 will only colour those columns with 100 % identity. This
41     threshold option can be applied to the Zappo, Taylor, Hydrophobicity
42     and User colour schemes.</p>
43 </body>
44 </html>