help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Annotation Colouring</title></head>
  37
  38 <body>
  39 <p><strong> Annotation Colouring </strong></p>
  40 <p>Jalview 2.08 allows an alignment to be coloured on a per-column basis based
  41   on any numerical annotation added to that alignment. </p>
  42 Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;..
  43   by Annotation&quot; to bring up the Colour by Annotation settings window. <br>
  44   <br><div align="center">
  45   <img src="annotationColourSetting.jpg" width="426" height="140"> </div>
  46 <ul>
  47   <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using the top left
  48     selection box.</li>
  49   <li> If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the colouring
  50     scheme will use the colouring scheme present on the alignment before the Annotation
  51     Colour Settings window was displayed. </li>
  52   <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour representing
  53     the minimum value in the selected annotation to a colour representing the
  54     maximum value in the selected annotation. Use the &quot;Min Colour&quot; and
  55     &quot;Max Colour&quot; to set the colour gradient range.</li>
  56   <li>Select whether to colour the alignment above or below an adjustable threshold
  57     with the selection box center left of the window. </li>
  58   <li>Change the threshold value with the slider, or enter the exact value in
  59     the text box. </li>
  60 </ul>
  61 <p align="center"><img src="annotationColours.jpg" width="475" height="262"> </p>
  62 </body>
  63 </html>