help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

   1 <html>
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   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Annotation Colouring</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong> Annotation Colouring </strong>
  29   </p>
  30   <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
  31     any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
  32   Select &quot;Colour&quot;
  33   <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
  34   Colour by Annotation settings window.
  35   <br>
  36   <br>
  37   <div align="center">
  38     <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
  39   </div>
  40   <ul>
  41     <li>Select which annotation to base the colouring scheme on
  42       using the top left selection box.<br />If the <strong>Per-sequence
  43         only</strong> tick box is not greyed out, then ticking it will limit the
  44       available annotation rows to just those that are sequence
  45       associated (e.g. T-COFFEE scores and <a
  46       href="../webServices/proteinDisorder.html"
  47     >protein disorder predictions</a>), which will colour each sequence
  48       according to its own per-residue scores.<br /> <em>Per-sequence
  49         associated annotation colouring was introduced in Jalview 2.8</em>
  50     </li>
  51     <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected,
  52       the colouring scheme will use the colouring scheme present on the
  53       alignment before the Annotation Colour Settings window was
  54       displayed. <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no
  55         colour scheme was applied previously, then the colours for lines
  56         and labels at each position in the annotation row will be used,
  57         for secondary structure symbols and graphs, this may be black by
  58         default, so your alignment will be coloured black.</em>
  59     </li>
  60     <li><em>Secondary structure annotation colouring</em><br />By
  61       default, Jalview will employ the helix or sheet colours to shade
  62       sequences and columns by available secondary structure annotation
  63       tracks. In the case of RNA, each structure is processed to
  64       identify distinct RNA helices and rendered in the same way as the
  65       <a href="rnahelicesColouring.html">RNA Helices shading scheme</a>.
  66       <em>Structure based sequence shading was added in Jalview
  67         2.8.2</em></li>
  68     <li>The colour scheme can display a colour gradient from a
  69       colour representing the minimum value in the selected annotation
  70       to a colour representing the maximum value in the selected
  71       annotation. Use the &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max
  72       Colour&quot; to set the colour gradient range.
  73       <ul>
  74         <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the
  75           minimum and maximum colours to their default settings (these
  76           are configured in the applet's parameters or the <a
  77           href="../features/preferences.html"
  78         >application's user preferences</a>.).<br /> <em>Default min
  79             and max colours were introduced in Jalview 2.7</em>
  80       </ul>
  81     </li>
  82
  83     <li>Select whether to colour the alignment above or below an
  84       adjustable threshold with the selection box center left of the
  85       window.</li>
  86     <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
  87       exact value in the text box.</li>
  88     <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
  89       assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
  90       values, otherwise the scale will be defined by the range of values
  91       in the annotation row.</li>
  92   </ul>
  93   <p align="center">
  94     <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
  95   </p>
  96 </body>
  97 </html>