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[jalview.git] / help / html / colourSchemes / blosum.html
1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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22 <head>
23 <title>Blosum Colour Scheme</title>
24 <style type="text/css">
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26 td {
27         text-align: center;
28 }
29 -->
30 </style>
31 </head>
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33 <body>
34
35   <p>
36     <strong>Blosum62</a></strong>
37   </p>
38   <p>Gaps are coloured white. If a residue matches the consensus
39     sequence residue at that position it is coloured dark blue. If it
40     does not match the consensus residue but the 2 residues have a
41     positive Blosum62 score, it is coloured light blue.</p>
42 </body>
43 </html>