Merge branch 'docs/2_8_1_Release' into Release_2_8_1_Branch
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / blosum.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
19 -->
20 <head><title>Blosum Colour Scheme</title>
21 <style type="text/css">
22 <!--
23 td {
24         text-align: center;
25 }
26 -->
27 </style>
28 </head>
29
30 <body>
31
32 <p><em>Blosum62</a></em> </p>
33 <p>Gaps are coloured white. If a residue matches the consensus sequence residue
34   at that position it is coloured dark blue. If it does not match the consensus
35   residue but the 2 residues have a positive Blosum62 score, it is coloured light
36   blue.</p>
37 </body>
38 </html>