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   1 <html>
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  20 <head><title>Clustal Colour Scheme</title>
  21 <style type="text/css">
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  23 td {
  24         text-align: center;
  25 }
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  27 </style>
  28 </head>
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  30 <body>
  31 <p><em>Clustal X Colour Scheme</em></p>
  32   <p>This is an emulation of the default colourscheme used for alignments in
  33   Clustal X, a graphical interface for the ClustalW multiple sequence alignment
  34     program. Each residue in the alignment is assigned a colour if the
  35     amino acid profile of the alignment at that position
  36     meets some minimum criteria specific for the residue type.</p>
  37     <p>The table below gives these criteria as clauses: {+X%,xx,y},
  38      where X is the minimum percentage presence for any of the xx (or y) residue types.</p>
  39 <div align="center">
  40   <p>&nbsp;</p><table border="1">
  41 <tr><th>Clustal X Default Colouring</th></tr>
  42     <tr>
  43       <td><table border="1">
  44 <tr><th>Residue at position</th><th>Applied Colour</th><th>{ Threshhold, Residue group }</th></tr>
  45 <tr><td>A,I,L,M,F,W,V</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
  46 <tr><td>R,K</td><td bgcolor="#f01505">RED</td><td>{+60%,KR},{+80%, K,R,Q}</td></tr>
  47 <tr><td>N</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+50%, N}, {+85%, N,Y}</td></tr>
  48 <tr><td>C</td><td bgcolor="#80a0f0">BLUE</td>
  49 <td>{+60%, WLVIMAFCHP}</td></tr>
  50 <tr><td>C</td><td bgcolor="#f08080">PINK</td>
  51 <td>{100%, C}</td></tr>
  52 <tr><td>Q</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,Q,E,K,R}</td></tr>
  53 <tr><td>E</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR},{+50%,QE},{+85%,E,Q,D}</td></tr>
  54 <tr><td>D</td><td bgcolor="#c048c0">MAGENTA</td><td>{+60%,KR}, {+85%, K,R,Q}, {+50%,ED}</td></tr>
  55 <tr><td>G</td><td bgcolor="#f09048">ORANGE</td><td>{+0%, G}</td></tr>
  56 <tr><td>H,Y</td><td bgcolor="#15a4a4">CYAN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+85%, W,Y,A,C,P,Q,F,H,I,L,M,V}</td></tr>
  57 <tr><td>P</td><td bgcolor="#c0c000">YELLOW</td><td>{+0%, P}</td></tr>
  58 <tr><td>S,T</td><td bgcolor="#15c015">GREEN</td><td>{+60%, WLVIMAFCHP}, {+50%, TS}, {+85%,S,T}</td></tr>
  59 </table>
  60 </td></tr></table>
  61 </div>
  62 </body>
  63 </html>