merge
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / conservation.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Colouring by Conservation</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Colouring by Conservation</strong>
28   </p>
29   <p>
30     This is an approach to alignment colouring which highlights regions
31     of an alignment where physicochemical properties are conserved. It
32     is based on the one used in the AMAS method of multiple sequence
33     alignment analysis (Livingstone C.D. and Barton G.J. (1993), Protein
34     Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of
35     Residue Conservation.CABIOS Vol. 9 No. 6 (745-756)). See the <a
36       href="../calculations/conservation.html"
37     >conservation calculation</a> help page for a more thorough
38     explanation of the calculation.
39   </p>
40   <p>For an already coloured alignment, the conservation index at
41     each alignment position is used to modify the shading intensity of
42     the colour at that position. This means that the most conserved
43     columns in each group have the most intense colours, and the least
44     conserved are the palest. The slider controls the contrast between
45     these extremes.</p>
46   <p>
47     Conservation can be calculated over all sequences in an alignment,
48     or just within specific groups (such as those defined by <a
49       href="../calculations/tree.html"
50     >phylogenetic tree partitioning</a>). The option 'apply to all groups'
51     controls whether the contrast slider value will be applied to the
52     indices for the currently selected group, or all groups defined over
53     the alignment.
54   </p>
55 </body>
56 </html>