Merge branch 'docs/2_8_1_Release' into Release_2_8_1_Branch
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / conservation.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
19 -->
20 <head><title>Colouring by Conservation</title></head>
21 <body>
22 <p><em>Colouring by Conservation</em></p>
23 <p>This is an approach to alignment colouring which highlights
24   regions of an alignment where physicochemical properties are
25   conserved. It is based on the one used in
26   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis (Livingstone
27   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy 
28   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9
29   No. 6 (745-756)). See the <a href="../calculations/conservation.html">conservation calculation</a> help page for
30   a more thorough explanation of the calculation.
31 </p>
32 <p>For an already coloured alignment, the conservation index at each
33   alignment position is used to modify the shading intensity of the
34   colour at that position. This means that the most conserved columns
35   in each group have the most intense colours, and the least conserved
36   are the palest. The slider controls the contrast between these
37   extremes.</p>
38 <p>Conservation can be calculated over all sequences in an alignment, or just
39   within specific groups (such as those defined by
40   <a href="../calculations/tree.html">phylogenetic tree partitioning</a>).
41   The option 'apply to all groups' controls whether the contrast
42   slider value will be applied to the indices for the currently
43   selected group, or all groups defined over the alignment.</p>
44 </body>
45 </html>