help/html/colourSchemes/conservation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head><title>Colouring by Conservation</title></head>
  21 <body>
  22 <p><em>Colouring by Conservation</em></p>
  23 <p>This is an approach to alignment colouring which highlights
  24   regions of an alignment where physicochemical properties are
  25   conserved. It is based on the one used in
  26   the AMAS method of multiple sequence alignment analysis (Livingstone
  27   C.D. and Barton G.J. (1993), Protein Sequence Alignments: A Strategy
  28   for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation.CABIOS Vol. 9
  29   No. 6 (745-756)). See the <a href="../calculations/conservation.html">conservation calculation</a> help page for
  30   a more thorough explanation of the calculation.
  31 </p>
  32 <p>For an already coloured alignment, the conservation index at each
  33   alignment position is used to modify the shading intensity of the
  34   colour at that position. This means that the most conserved columns
  35   in each group have the most intense colours, and the least conserved
  36   are the palest. The slider controls the contrast between these
  37   extremes.</p>
  38 <p>Conservation can be calculated over all sequences in an alignment, or just
  39   within specific groups (such as those defined by
  40   <a href="../calculations/tree.html">phylogenetic tree partitioning</a>).
  41   The option 'apply to all groups' controls whether the contrast
  42   slider value will be applied to the indices for the currently
  43   selected group, or all groups defined over the alignment.</p>
  44 </body>
  45 </html>