help/html/colourSchemes/hydrophobic.html

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   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  36 <head><title>Hydrophobic Colour Scheme</title>
  37 <style type="text/css">
  38 <!--
  39 td {
  40         text-align: center;
  41 }
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  43 </style>
  44 </head>
  45
  46 <body>
  47 <p><em>Hydrophobicity</em></p>
  48 <p>According to the hydrophobicity table of Kyte, J., and Doolittle, R.F., J.
  49   Mol. Biol. 1157, 105-132, 1982. The most hydrophobic residues according to this
  50   table are coloured red and the most hydrophilic ones are coloured blue.</p>
  51 <div align="center">
  52   <table width="400" border="1">
  53     <tr>
  54       <td bgcolor="#ff0000">I</td>
  55       <td bgcolor="#f60009">V</td>
  56       <td bgcolor="#ea0015">L</td>
  57       <td bgcolor="#cb0034">F</td>
  58       <td bgcolor="#c2003d">C</td>
  59     </tr>
  60     <tr>
  61       <td bgcolor="#b0004f">M</td>
  62       <td bgcolor="#ad0052">A</td>
  63       <td bgcolor="#6a0095">G</td>
  64       <td bgcolor="#680097">X</td>
  65       <td bgcolor="#61009e">T</td>
  66     </tr>
  67     <tr>
  68       <td bgcolor="#5e00a1">S</td>
  69       <td bgcolor="#5b00a4">W</td>
  70       <td bgcolor="#4f00b0">Y</td>
  71       <td bgcolor="#4600b9">P</td>
  72       <td bgcolor="#1500ea">H</td>
  73     </tr>
  74     <tr>
  75       <td bgcolor="#0c00f3">E</td>
  76       <td bgcolor="#0c00f3">Z</td>
  77       <td bgcolor="#0c00f3">Q</td>
  78       <td bgcolor="#0c00f3">D</td>
  79       <td bgcolor="#0c00f3">B</td>
  80     </tr>
  81     <tr> </td>
  82       <td bgcolor="#0c00f3">N</td>
  83       <td bgcolor="#0000ff">K</td>
  84       <td bgcolor="#0000ff">R</td>
  85     </tr>
  86   </table>
  87 </div>
  88 </body>
  89 </html>