help/html/colourSchemes/index.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <title>Colour Schemes</title>\r
   4 <style type="text/css">\r
   5 <!--\r
   6 td {\r
   7         font-family: "Courier New", Courier, mono;\r
   8         font-style: normal;\r
   9         font-size: medium;\r
  10 }\r
  11 -->\r
  12 </style>\r
  13 </head>\r
  14 <body>\r
  15 <p><strong>Colour schemes</strong></p>\r
  16 <p>Jalview allows the user to set a background colour for the whole alignment\r
  17   and also set the colour of defined groups within the alignment. </p>\r
  18 <p>To change the background colour, simply select the colour from the &quot;Colour&quot;\r
  19   menu.</p>\r
  20 <p>To change the colour of a group, right click on any residue within a group\r
  21   and use the popup menu to define the group colour. </p>\r
  22 <p>At the top of the &quot;Colour&quot; menu the tick box &quot;Apply Background \r
  23   Colour to all groups&quot;. This is automatically ticked as default and means \r
  24   the chosen colour will be applied to all existing groups. If you wish to maintain \r
  25   the colour scheme for defined groups, make sure you deselect this option before \r
  26   changing the background colour.</p>\r
  27   \r
  28 <div align="center"> \r
  29   <p>&nbsp;</p><table border="1">\r
  30     <tr> \r
  31       <td><table border="0">\r
  32           <tr> \r
  33             <td nowrap></td>\r
  34             <td>A</td>\r
  35             <td>R</td>\r
  36             <td>N</td>\r
  37             <td>D</td>\r
  38             <td>C</td>\r
  39             <td>Q</td>\r
  40             <td>E</td>\r
  41             <td>G</td>\r
  42             <td>H</td>\r
  43             <td>I</td>\r
  44             <td>L</td>\r
  45             <td>K</td>\r
  46             <td>M</td>\r
  47             <td>F</td>\r
  48             <td>P</td>\r
  49             <td>S</td>\r
  50             <td>T</td>\r
  51             <td>W</td>\r
  52             <td>Y</td>\r
  53             <td>V</td>\r
  54             <td>B</td>\r
  55             <td>X</td>\r
  56             <td>Z</td>\r
  57           </tr>\r
  58           <tr> \r
  59             <td height="24">Clustal</td>\r
  60             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  61             <td bgcolor="#f01505"></td>\r
  62             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
  63             <td bgcolor="#c048c0"></td>\r
  64             <td bgcolor="#f08080"></td>\r
  65             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
  66             <td bgcolor="#c048c0"></td>\r
  67             <td bgcolor="#f09048"></td>\r
  68             <td bgcolor="#15a4a4"></td>\r
  69             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  70             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  71             <td bgcolor="#f01505"></td>\r
  72             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  73             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  74             <td bgcolor="#ffff00"></td>\r
  75             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
  76             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
  77             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  78             <td bgcolor="#15a4a4"></td>\r
  79             <td bgcolor="#80a0f0"></td>\r
  80             <td></td>\r
  81             <td></td>\r
  82             <td></td>\r
  83           </tr>\r
  84           <tr> \r
  85             <td height="24">Zappo</td>\r
  86             <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
  87             <td bgcolor="#6464ff"></td>\r
  88             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
  89             <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
  90             <td bgcolor="#ffff00"></td>\r
  91             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
  92             <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
  93             <td bgcolor="#ff00ff"></td>\r
  94             <td bgcolor="#6464ff"></td>\r
  95             <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
  96             <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
  97             <td bgcolor="#6464ff"></td>\r
  98             <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
  99             <td bgcolor="#ffc800"></td>\r
 100             <td bgcolor="#ff00ff"></td>\r
 101             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
 102             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
 103             <td bgcolor="#ffc800"></td>\r
 104             <td bgcolor="#ffc800"></td>\r
 105             <td bgcolor="#ffafaf"></td>\r
 106             <td></td>\r
 107             <td></td>\r
 108             <td></td>\r
 109           </tr>\r
 110           <tr> \r
 111             <td>Taylor</td>\r
 112             <td bgcolor="#ccff00"></td>\r
 113             <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
 114             <td bgcolor="#cc00ff"></td>\r
 115             <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
 116             <td bgcolor="#ffff00"></td>\r
 117             <td bgcolor="#ff00cc"></td>\r
 118             <td bgcolor="#ff0066"></td>\r
 119             <td bgcolor="#ff9900"></td>\r
 120             <td bgcolor="#0066ff"></td>\r
 121             <td bgcolor="#66ff00"></td>\r
 122             <td bgcolor="#33ff00"></td>\r
 123             <td bgcolor="#6600ff"></td>\r
 124             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
 125             <td bgcolor="#00ff66"></td>\r
 126             <td bgcolor="#ffcc00"></td>\r
 127             <td bgcolor="#ff3300"></td>\r
 128             <td bgcolor="#ff6600"></td>\r
 129             <td bgcolor="#00ccff"></td>\r
 130             <td bgcolor="#00ffcc"></td>\r
 131             <td bgcolor="#99ff00"></td>\r
 132             <td></td>\r
 133             <td></td>\r
 134             <td></td>\r
 135           </tr>\r
 136           <tr> \r
 137             <td>Hydrophobicity</td>\r
 138             <td bgcolor="#ad0052"></td>\r
 139             <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
 140             <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
 141             <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
 142             <td bgcolor="#c2003d"></td>\r
 143             <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
 144             <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
 145             <td bgcolor="#6a0095"></td>\r
 146             <td bgcolor="#1500ea"></td>\r
 147             <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
 148             <td bgcolor="#ea0015"></td>\r
 149             <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
 150             <td bgcolor="#b0004f"></td>\r
 151             <td bgcolor="#cb0034"></td>\r
 152             <td bgcolor="#4600b9"></td>\r
 153             <td bgcolor="#5e00a1"></td>\r
 154             <td bgcolor="#61009e"></td>\r
 155             <td bgcolor="#5b00a4"></td>\r
 156             <td bgcolor="#4f00b0"></td>\r
 157             <td bgcolor="#f60009"></td>\r
 158             <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
 159             <td bgcolor="#680097"></td>\r
 160             <td bgcolor="#0c00f3"></td>\r
 161           </tr>\r
 162           <tr> \r
 163             <td>Helix Propensity</td>\r
 164             <td bgcolor="#e718e7"></td>\r
 165             <td bgcolor="#6f906f"></td>\r
 166             <td bgcolor="#1be41b"></td>\r
 167             <td bgcolor="#778877"></td>\r
 168             <td bgcolor="#23dc23"></td>\r
 169             <td bgcolor="#926d92"></td>\r
 170             <td bgcolor="#ff00ff"></td>\r
 171             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
 172             <td bgcolor="#758a75"></td>\r
 173             <td bgcolor="#8a758a"></td>\r
 174             <td bgcolor="#ae51ae"></td>\r
 175             <td bgcolor="#a05fa0"></td>\r
 176             <td bgcolor="#ef10ef"></td>\r
 177             <td bgcolor="#986798"></td>\r
 178             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
 179             <td bgcolor="#36c936"></td>\r
 180             <td bgcolor="#47b847"></td>\r
 181             <td bgcolor="#8a758a"></td>\r
 182             <td bgcolor="#21de21"></td>\r
 183             <td bgcolor="#857a85"></td>\r
 184             <td bgcolor="#49b649"></td>\r
 185             <td bgcolor="#758a75"></td>\r
 186             <td bgcolor="#c936c9"></td>\r
 187           </tr>\r
 188           <tr> \r
 189             <td nowrap>Strand Propensity</td>\r
 190             <td bgcolor="#5858a7"></td>\r
 191             <td bgcolor="#6b6b94"></td>\r
 192             <td bgcolor="#64649b"></td>\r
 193             <td bgcolor="#2121de"></td>\r
 194             <td bgcolor="#9d9d62"></td>\r
 195             <td bgcolor="#8c8c73"></td>\r
 196             <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
 197             <td bgcolor="#4949b6"></td>\r
 198             <td bgcolor="#60609f"></td>\r
 199             <td bgcolor="#ecec13"></td>\r
 200             <td bgcolor="#b2b24d"></td>\r
 201             <td bgcolor="#4747b8"></td>\r
 202             <td bgcolor="#82827d"></td>\r
 203             <td bgcolor="#c2c23d"></td>\r
 204             <td bgcolor="#2323dc"></td>\r
 205             <td bgcolor="#4949b6"></td>\r
 206             <td bgcolor="#9d9d62"></td>\r
 207             <td bgcolor="#c0c03f"></td>\r
 208             <td bgcolor="#d3d32c"></td>\r
 209             <td bgcolor="#ffff00"></td>\r
 210             <td bgcolor="#4343bc"></td>\r
 211             <td bgcolor="#797986"></td>\r
 212             <td bgcolor="#4747b8"></td>\r
 213           </tr>\r
 214           <tr> \r
 215             <td>Turn Propensity</td>\r
 216             <td bgcolor="#2cd3d3"></td>\r
 217             <td bgcolor="#708f8f"></td>\r
 218             <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
 219             <td bgcolor="#e81717"></td>\r
 220             <td bgcolor="#a85757"></td>\r
 221             <td bgcolor="#3fc0c0"></td>\r
 222             <td bgcolor="#778888"></td>\r
 223             <td bgcolor="#ff0000"></td>\r
 224             <td bgcolor="#708f8f"></td>\r
 225             <td bgcolor="#00ffff"></td>\r
 226             <td bgcolor="#1ce3e3"></td>\r
 227             <td bgcolor="#7e8181"></td>\r
 228             <td bgcolor="#1ee1e1"></td>\r
 229             <td bgcolor="#1ee1e1"></td>\r
 230             <td bgcolor="#f60909"></td>\r
 231             <td bgcolor="#e11e1e"></td>\r
 232             <td bgcolor="#738c8c"></td>\r
 233             <td bgcolor="#738c8c"></td>\r
 234             <td bgcolor="#9d6262"></td>\r
 235             <td bgcolor="#07f8f8"></td>\r
 236             <td bgcolor="#f30c0c"></td>\r
 237             <td bgcolor="#7c8383"></td>\r
 238             <td bgcolor="#5ba4a4"></td>\r
 239           </tr>\r
 240           <tr> \r
 241             <td>Buried Index</td>\r
 242             <td bgcolor="#00a35c"></td>\r
 243             <td bgcolor="#00fc03"></td>\r
 244             <td bgcolor="#00eb14"></td>\r
 245             <td bgcolor="#00eb14"></td>\r
 246             <td bgcolor="#0000ff"></td>\r
 247             <td bgcolor="#00f10e"></td>\r
 248             <td bgcolor="#00f10e"></td>\r
 249             <td bgcolor="#009d62"></td>\r
 250             <td bgcolor="#00d52a"></td>\r
 251             <td bgcolor="#0054ab"></td>\r
 252             <td bgcolor="#007b84"></td>\r
 253             <td bgcolor="#00ff00"></td>\r
 254             <td bgcolor="#009768"></td>\r
 255             <td bgcolor="#008778"></td>\r
 256             <td bgcolor="#00e01f"></td>\r
 257             <td bgcolor="#00d52a"></td>\r
 258             <td bgcolor="#00db24"></td>\r
 259             <td bgcolor="#00a857"></td>\r
 260             <td bgcolor="#00e619"></td>\r
 261             <td bgcolor="#005fa0"></td>\r
 262             <td bgcolor="#00eb14"></td>\r
 263             <td bgcolor="#00b649"></td>\r
 264             <td bgcolor="#00f10e"></td>\r
 265           </tr>\r
 266         </table></td>\r
 267     </tr>\r
 268   </table>\r
 269 </div>\r
 270 <p align="center">&nbsp; </p>\r
 271 </body>\r
 272 </html>\r