3 <title>Colour Schemes</title>
4 <style type="text/css">
7 font-family: "Courier New", Courier, mono;
15 <p><strong>Colour schemes</strong></p>
16 <p>Jalview allows the user to set a background colour for the whole
17 alignment view or for each group defined on regions within it.</p>
18 <p>To change the background colour, simply select the colour from
19 the "Colour" menu.</p>
20 <p>To change the colour of a group, right click on any residue
21 within a group and use the popup menu to define the group colour.</p>
22 <p>At the top of the "Colour" menu the tick box
23 "Apply Background Colour to all groups". This is ticked by
24 default so that a chosen colour scheme will be applied to all existing
25 groups. If you wish to maintain the colour scheme for defined groups,
26 make sure you deselect this option before changing the background
28 <p>The <strong>"Colour→<a
29 href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour Text...</a>"</strong> entry
30 opens a dialog box to set a different text colour for light and dark
31 background, and the intensity threshold for transition between them.</p>
32 <p>The default colour schemes are summarised in the table below:
66 <td height="24">Clustal</td>
67 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
68 <td bgcolor="#f01505"></td>
69 <td bgcolor="#00ff00"></td>
70 <td bgcolor="#c048c0"></td>
71 <td bgcolor="#f08080"></td>
72 <td bgcolor="#00ff00"></td>
73 <td bgcolor="#c048c0"></td>
74 <td bgcolor="#f09048"></td>
75 <td bgcolor="#15a4a4"></td>
76 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
77 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
78 <td bgcolor="#f01505"></td>
79 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
80 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
81 <td bgcolor="#ffff00"></td>
82 <td bgcolor="#00ff00"></td>
83 <td bgcolor="#00ff00"></td>
84 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
85 <td bgcolor="#15a4a4"></td>
86 <td bgcolor="#80a0f0"></td>
92 <td height="24">Zappo</td>
93 <td bgcolor="#ffafaf"></td>
94 <td bgcolor="#6464ff"></td>
95 <td bgcolor="#00ff00"></td>
96 <td bgcolor="#ff0000"></td>
97 <td bgcolor="#ffff00"></td>
98 <td bgcolor="#00ff00"></td>
99 <td bgcolor="#ff0000"></td>
100 <td bgcolor="#ff00ff"></td>
101 <td bgcolor="#6464ff"></td>
102 <td bgcolor="#ffafaf"></td>
103 <td bgcolor="#ffafaf"></td>
104 <td bgcolor="#6464ff"></td>
105 <td bgcolor="#ffafaf"></td>
106 <td bgcolor="#ffc800"></td>
107 <td bgcolor="#ff00ff"></td>
108 <td bgcolor="#00ff00"></td>
109 <td bgcolor="#00ff00"></td>
110 <td bgcolor="#ffc800"></td>
111 <td bgcolor="#ffc800"></td>
112 <td bgcolor="#ffafaf"></td>
119 <td bgcolor="#ccff00"></td>
120 <td bgcolor="#0000ff"></td>
121 <td bgcolor="#cc00ff"></td>
122 <td bgcolor="#ff0000"></td>
123 <td bgcolor="#ffff00"></td>
124 <td bgcolor="#ff00cc"></td>
125 <td bgcolor="#ff0066"></td>
126 <td bgcolor="#ff9900"></td>
127 <td bgcolor="#0066ff"></td>
128 <td bgcolor="#66ff00"></td>
129 <td bgcolor="#33ff00"></td>
130 <td bgcolor="#6600ff"></td>
131 <td bgcolor="#00ff00"></td>
132 <td bgcolor="#00ff66"></td>
133 <td bgcolor="#ffcc00"></td>
134 <td bgcolor="#ff3300"></td>
135 <td bgcolor="#ff6600"></td>
136 <td bgcolor="#00ccff"></td>
137 <td bgcolor="#00ffcc"></td>
138 <td bgcolor="#99ff00"></td>
144 <td>Hydrophobicity</td>
145 <td bgcolor="#ad0052"></td>
146 <td bgcolor="#0000ff"></td>
147 <td bgcolor="#0c00f3"></td>
148 <td bgcolor="#0c00f3"></td>
149 <td bgcolor="#c2003d"></td>
150 <td bgcolor="#0c00f3"></td>
151 <td bgcolor="#0c00f3"></td>
152 <td bgcolor="#6a0095"></td>
153 <td bgcolor="#1500ea"></td>
154 <td bgcolor="#ff0000"></td>
155 <td bgcolor="#ea0015"></td>
156 <td bgcolor="#0000ff"></td>
157 <td bgcolor="#b0004f"></td>
158 <td bgcolor="#cb0034"></td>
159 <td bgcolor="#4600b9"></td>
160 <td bgcolor="#5e00a1"></td>
161 <td bgcolor="#61009e"></td>
162 <td bgcolor="#5b00a4"></td>
163 <td bgcolor="#4f00b0"></td>
164 <td bgcolor="#f60009"></td>
165 <td bgcolor="#0c00f3"></td>
166 <td bgcolor="#680097"></td>
167 <td bgcolor="#0c00f3"></td>
170 <td>Helix Propensity</td>
171 <td bgcolor="#e718e7"></td>
172 <td bgcolor="#6f906f"></td>
173 <td bgcolor="#1be41b"></td>
174 <td bgcolor="#778877"></td>
175 <td bgcolor="#23dc23"></td>
176 <td bgcolor="#926d92"></td>
177 <td bgcolor="#ff00ff"></td>
178 <td bgcolor="#00ff00"></td>
179 <td bgcolor="#758a75"></td>
180 <td bgcolor="#8a758a"></td>
181 <td bgcolor="#ae51ae"></td>
182 <td bgcolor="#a05fa0"></td>
183 <td bgcolor="#ef10ef"></td>
184 <td bgcolor="#986798"></td>
185 <td bgcolor="#00ff00"></td>
186 <td bgcolor="#36c936"></td>
187 <td bgcolor="#47b847"></td>
188 <td bgcolor="#8a758a"></td>
189 <td bgcolor="#21de21"></td>
190 <td bgcolor="#857a85"></td>
191 <td bgcolor="#49b649"></td>
192 <td bgcolor="#758a75"></td>
193 <td bgcolor="#c936c9"></td>
196 <td nowrap>Strand Propensity</td>
197 <td bgcolor="#5858a7"></td>
198 <td bgcolor="#6b6b94"></td>
199 <td bgcolor="#64649b"></td>
200 <td bgcolor="#2121de"></td>
201 <td bgcolor="#9d9d62"></td>
202 <td bgcolor="#8c8c73"></td>
203 <td bgcolor="#0000ff"></td>
204 <td bgcolor="#4949b6"></td>
205 <td bgcolor="#60609f"></td>
206 <td bgcolor="#ecec13"></td>
207 <td bgcolor="#b2b24d"></td>
208 <td bgcolor="#4747b8"></td>
209 <td bgcolor="#82827d"></td>
210 <td bgcolor="#c2c23d"></td>
211 <td bgcolor="#2323dc"></td>
212 <td bgcolor="#4949b6"></td>
213 <td bgcolor="#9d9d62"></td>
214 <td bgcolor="#c0c03f"></td>
215 <td bgcolor="#d3d32c"></td>
216 <td bgcolor="#ffff00"></td>
217 <td bgcolor="#4343bc"></td>
218 <td bgcolor="#797986"></td>
219 <td bgcolor="#4747b8"></td>
222 <td>Turn Propensity</td>
223 <td bgcolor="#2cd3d3"></td>
224 <td bgcolor="#708f8f"></td>
225 <td bgcolor="#ff0000"></td>
226 <td bgcolor="#e81717"></td>
227 <td bgcolor="#a85757"></td>
228 <td bgcolor="#3fc0c0"></td>
229 <td bgcolor="#778888"></td>
230 <td bgcolor="#ff0000"></td>
231 <td bgcolor="#708f8f"></td>
232 <td bgcolor="#00ffff"></td>
233 <td bgcolor="#1ce3e3"></td>
234 <td bgcolor="#7e8181"></td>
235 <td bgcolor="#1ee1e1"></td>
236 <td bgcolor="#1ee1e1"></td>
237 <td bgcolor="#f60909"></td>
238 <td bgcolor="#e11e1e"></td>
239 <td bgcolor="#738c8c"></td>
240 <td bgcolor="#738c8c"></td>
241 <td bgcolor="#9d6262"></td>
242 <td bgcolor="#07f8f8"></td>
243 <td bgcolor="#f30c0c"></td>
244 <td bgcolor="#7c8383"></td>
245 <td bgcolor="#5ba4a4"></td>
248 <td>Buried Index</td>
249 <td bgcolor="#00a35c"></td>
250 <td bgcolor="#00fc03"></td>
251 <td bgcolor="#00eb14"></td>
252 <td bgcolor="#00eb14"></td>
253 <td bgcolor="#0000ff"></td>
254 <td bgcolor="#00f10e"></td>
255 <td bgcolor="#00f10e"></td>
256 <td bgcolor="#009d62"></td>
257 <td bgcolor="#00d52a"></td>
258 <td bgcolor="#0054ab"></td>
259 <td bgcolor="#007b84"></td>
260 <td bgcolor="#00ff00"></td>
261 <td bgcolor="#009768"></td>
262 <td bgcolor="#008778"></td>
263 <td bgcolor="#00e01f"></td>
264 <td bgcolor="#00d52a"></td>
265 <td bgcolor="#00db24"></td>
266 <td bgcolor="#00a857"></td>
267 <td bgcolor="#00e619"></td>
268 <td bgcolor="#005fa0"></td>
269 <td bgcolor="#00eb14"></td>
270 <td bgcolor="#00b649"></td>
271 <td bgcolor="#00f10e"></td>
278 <p align="center"> </p>