merge
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / pid.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Percentage Identity Colour Scheme</title>
24 <style type="text/css">
25 <!--
26 td {
27         text-align: center;
28 }
29 -->
30 </style>
31 </head>
32
33 <body>
34   <p>
35     <strong>PID Colours</strong><br> <br> The PID option
36     colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage
37     of the residues in each column that agree with the consensus
38     sequence. Only the residues that agree with the consensus residue
39     for each column are coloured.
40   </p>
41   <div align="center">
42     <table width="200" border="1">
43       <tr>
44         <td bgcolor="#6464FF">&gt; 80 %</td>
45       </tr>
46       <tr>
47         <td bgcolor="#9999FF">&gt; 60 %</td>
48       </tr>
49       <tr>
50         <td bgcolor="#CCCCFF">&gt; 40%</td>
51       </tr>
52       <tr>
53         <td>&lt; 40%</td>
54       </tr>
55     </table>
56   </div>
57 </body>
58 </html>