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[jalview.git] / help / html / colourSchemes / rnahelicesColouring.html
1 <html>
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3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>RNA Helices Colouring</title>
24 </head>
25
26 <body>
27   <p>
28     <strong> RNA Helices Colouring </strong>
29   </p>
30   <p>
31     An RNA alignment loaded from a Stockholm file can be coloured based
32     on its helices. The helices are determined from the secondary
33     structure line in the Stockholm file (#GC SS_cons) written in WUSS
34     notation that specifies base pairing. See <a
35       href="http://en.wikipedia.org/wiki/Stockholm_format"
36     > Wikipedia</a> or <a
37       href="http://jalview-rnasupport.blogspot.com/2010/06/parsing-wuss-notation-of-rna-secondary.html"
38     > Jalview RNA Support Blog</a> for more information about Stockholm
39     files and WUSS notation.
40   </p>
41   Select &quot;Colour&quot;
42   <strong>&#8594;</strong> &quot; By RNA Helices&quot; to colour the
43   alignment by RNA helices.
44   <br>
45   <br>
46   <p>
47     <em>Features</em>
48   </p>
49   <ul>
50     <li>Colours are generated randomly for the number of helices
51       present. Reselect the "By RNA Helices" option to generate another
52       set of random colors.</li>
53     <li>Sequence logo is in <a href="purinepyrimidine.html">
54         Purine/Pyrimidine colour scheme</a>.
55     </li>
56     <li>Line above the "Secondary Structure" line in annotation
57       panel is WUSS notation present in the input file.</li>
58   </ul>
59
60
61
62   <div align="center">
63     <img src="rnahelicescoloring.png" width="600" height="140">
64   </div>
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66
67 </body>
68 </html>