Merge branch 'docs/2_8_1_Release' into Release_2_8_1_Branch
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / user.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
19 -->
20 <head><title>User Defined Colours</title></head>
21 <body>
22 <p><em>User Defined Colours</em></p>
23 <p><img src="userDefined.gif" width="719" height="368"> </p>
24 <p>You may define any number of new colour schemes, each with a unique name. <br>
25   <br>
26   Each of the residues in a new colour scheme may be assigned a new user defined 
27   colour. <br>
28   <br>
29   Click &quot;Apply&quot; or &quot;OK&quot; to set your new colours on the active 
30   alignment window. </p>
31 <p>Click &quot;Cancel&quot; to undo your changes if you pressed the &quot;Apply&quot; 
32   button. <br>
33   <br>
34   If you save your colour scheme with a unique name the colour scheme name will 
35   be added to the &quot;Colour&quot; menu on each new alignment window.<br>
36   <br>
37   Any saved colour schemes will be automatically loaded the next time you use 
38   Jalview.</p>
39 </body>
40 </html>