JAL-1705 fetch Uniprot and PDB xrefs for Ensembl protein products
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / user.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>User Defined Colours</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>User Defined Colours</strong>
28   </p>
29   <p>
30     <img src="userDefined_java6.gif" width="815" height="402">
31   </p>
32   <p>
33     You may define any number of new colour schemes, each with a unique
34     name. <br> <br> Each of the residues in a colour scheme
35     may be assigned any chosen colour. <br> Select one or more
36     residues, then select the desired colour.<br /> Use Ctrl-click to
37     select multiple residues, or click then Shift-click to select a
38     block.<br /> Note that the currently selected buttons are
39     highlighted by a lighter text colour.
40   <p>
41     The <strong>Case Sensitive</strong> option allows you to choose
42     distinct colours for upper and lower case residue codes.
43   <p>
44     Click <strong>Apply</strong> or <strong>OK</strong> to set your new
45     colours on the active alignment window.<br /> Click <strong>Cancel</strong>
46     to undo your changes if you pressed the <strong>Apply</strong>
47     button.
48   </p>
49   If you save your colour scheme with a unique name, the colour scheme
50   name will be added to the
51   <strong>Colour</strong> menu on each new alignment window.
52   <br>
53   <br> Any saved colour schemes will be automatically loaded the
54   next time you use Jalview.
55   <br>
56   <br>
57   <em>Note: the screenshot shows the appearance when running Java
58     version 6. For Java 7 (from Jalview 2.8.2) only the Swatches colour
59     chooser is currently supported (for reasons of available screen
60     space).</em>
61   <p />
62 </body>
63 </html>